FFPE切片还是ctDNA?靶向药基因检测取样可不简单(下)

2020
09/03

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承启医学
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虽然有大量的证据表明液体活检在肿瘤领域有一定价值,但目前很多方面还不够成熟,进入临床仍困难

刚被诊断出肺腺癌的老刘在前往预约测序样本的路上,被专业人士告知ctDNA并不推荐(前情回顾:https://www.cn-healthcare.com/articlewm/20200421/content-1106004.html),这不一到医院,老刘便赶紧向医生求解:“王主任,我这靶向药基因检测您可建议做ctDNA?”

通常,当肿瘤患者无法获得足够的合格的组织标本时,医生往往会建议患者采用创伤小的液体活检,现在临床应用最成熟的当属ctDNA检测,因其创伤小、可重复性、实时判断疗效、动态调整治疗决策等优势而备受关注。

但王主任笑着说:“这还是个新技术,不过问的人倒是不少。虽然有大量的证据表明液体活检在肿瘤领域有一定价值,但目前很多方面还不够成熟,进入临床仍困难重重。”

1 严苛的样本量

ctDNA检测的是游离在血清中的无细胞DNA (cell-free DNA),主要来源于死亡(准确来说是凋亡)的细胞DNA,其中绝大部分是正常细胞释放出来的。癌细胞再多,也只占身体细胞中的一小部分,所以癌细胞释放出的ctDNA通常只占血清无细胞DNA的0.01~5%,远低于肿瘤组织中动辄高达60-80%的癌细胞DNA比例。再加上血清无细胞DNA的浓度很低,因此需要大量的血液(建议约15-20ml全血)。虽然组织活检的高质量样本较难取得,但15-20ml全血也不是人人都能承受的抽血量。

2 堪忧的准确性

ctDNA结果的准确性无疑是阻碍它进一步落地于临床应用的一大关键点——大量的假阴性、假阳性,而造成这样不精确结果的原因可不止一个。

首先,由于无细胞DNA中来源于肿瘤的细胞比例非常低(很多情况下只有1%左右,甚至都不到),因此对测序和数据分析的错误率要求非常严苛。但现在的测序仪标称的错误率都有0.5~1%,实际错误率还会更高,想测不到1%的肿瘤突变不是不可能,但会比较困难。就好比拿着一把最小刻度是厘米的尺子想准确测量几个毫米的长度一样,不是不可能,但很多情况下不那么靠谱。2020年,华南理工大学杜红丽教授团队就发表了一篇论文,用高精度的标准样品数据证明了1%的突变率很难用测序的手段进行准确鉴定,即便疯狂提高测序通量也无济于事,大部分突变无法可靠地检出。[1]

其次,由于行业内长期没有一个行之有效的质控标准体系,做得靠不靠谱很难进行及时监控和评价,就更导致了结果的不可靠。2017年国际权威医学期刊JAMA Oncology 做了一项测试,将40个病人的ctDNA送到两家国际知名的测序公司测序,突变检测结果相同的仅占12%,突变检测结果完全不同的竟占了64%![2] 可见ctDNA的检测目前还不是很稳定。

此外,除了假阴性外还有更令人头疼的假阳性,即患者本没有这种突变,检测结果却表明有突变。2019年,顶级科学期刊Nature Medicine 上发表了一项研究,发现血清无细胞DNA中所检测到的突变,大部分来源于白细胞,而并不来源于肿瘤。[3] 所以检测到的ctDNA突变可能根本不是肿瘤上的。当医者满心欢喜根据这个信息给患者选了昂贵的靶向药,可能不仅疗效不佳,还耽误了治疗。

看来,还得老老实实预约组织样本。

老刘心想:取样注意事项多,是麻烦了点,不过取完样本交给测序公司,等出结果就好了,后面应该就好办了!可老刘没想到的是,两次检测却得到了不一样的结果!这是怎么回事?测序还有哪些不为人知的“陷阱”?下回接着聊~

参考文献

[1].Chen, Z., Yuan, Y., Chen, X. et al. Systematic comparison of somatic variant calling performance among different sequencing depth and mutation frequency. Sci Rep 10, 3501 (2020)..

[2].Torga, G. and K.J. Pienta, Patient-Paired Sample Congruence Between 2 Commercial Liquid Biopsy Tests. JAMA Oncol, 2018. 4(6): p. 868-870.

[3].Razavi, P., Li, B.T., Brown, D.N, et al. High-intensity sequencing reveals the sources of plasma circulating cell-free DNA variants[J]. Nature medicine, 2019. doi:10.1038/s41591-019-0652-7

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关键词:
ctDNA,FFPE,癌细胞,错误率,基因,检测,靶向药

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