宏基因组宏病毒组测序揭示早产儿肠道菌群与病毒组的互作时序图谱

早产儿（妊娠不满37周）由于免疫系统发育不成熟和胃肠道功能不完善，面临更高的感染与并发症风险。肠道菌群在新生儿营养吸收、免疫功能和病原体抵抗中发挥关键调控作用，但出生后早期肠道菌群与病毒组（virome）的时序变化仍未阐明。

近日，暨南大学/深圳人民医院主任医师黄进洁博士为第一作者、暨南大学/深圳市光明区人民医院吴本清教授为通讯作者，利用宏基因组测序和宏病毒组测序技术探讨了早产儿肠道噬菌体、菌群及临床变量之间的互作，以鉴定与健康结局相关的潜在微生物标志物。相关研究成果以“Temporal dynamics of gut microbiota and virome in preterm infants: insights from longitudinal metagenomic analysis”为题发表于《Frontiers in Cellular and Infection Microbiology》（FRONT CELL INFECT MI‌）期刊。易基因科技为本研究提供宏基因组和宏病毒组测序分析技术服务。标题：Temporal dynamics of gut microbiota and virome in preterm infants: insights from longitudinal metagenomic analysis（纵向宏基因组学研究揭示早产儿肠道菌群与病毒组的动态时序变化）

发表时间：2026年3月9日

发表期刊：FRONT CELL INFECT MI

影响因子：IF5.5

技术平台：宏基因组测序、宏病毒组测序

作者单位：暨南大学、深圳市人民医院、深圳市光明区人民医院

DOI:10.3389/fcimb.2026.1598786

本研究以 12 例早产儿为队列，在出生后 14 天（A 组）和 28 天（B 组）两个时间点采集粪便样本，采用宏基因组测序（metagenomic shotgun sequencing）与宏病毒组测序（viral metagenomic sequencing）对肠道微生物组（细菌和病毒）的定植动态及其与临床变量关联进行全面纵向分析。

分析结果显示，表皮葡萄球菌（Staphylococcus epidermidis）的相对丰度时序性显著下降，而粪肠球菌（Enterococcus faecalis）及其相关噬菌体逐渐富集并在第 28 天成为优势菌群；艰难梭菌（Clostridioides difficile）与肺炎克雷伯菌（Klebsiella pneumoniae）的相对丰度在两个时间点间保持相对稳定。该研究是探索性分析，为早产儿肠道微生态精准干预提供了初步微生物标志物线索。

结果图形

（1）微生物组结构分析

图1：早产儿肠道菌群的微生物组成

（2）微生物组多样性变化

图2：微生物组多样性变化

（3）组间微生物组成相对丰度分析

图3：组间微生物组成相对丰度分析

（4）早产儿第14天与第28天肠道菌群的组成与功能

图4：早产儿第14天与第28天的微生物组（细菌和病毒）组成分析

图5：早产儿第14天与第28天的微生物组（细菌和病毒）功能分析

（5）病毒组功能差异与噬菌体特征分析

图6：病毒组功能差异分析及噬菌体特征

（6）噬菌体-细菌互作及细菌与临床相关性网络分析

图7：噬菌体-细菌互作及细菌与临床相关性网络分析

结论和启示

本研究通过宏基因组测序+宏病毒组测序揭示了早产儿肠道细菌和病毒微生物组在出生后一个月内经历显著的时序性复杂变化，特别是噬菌体群落随其宿主细菌变化而发生的特异性响应。为理解早产儿肠道生态系统的早期建立提供了重要基石。观察到的特定微生物特征（如粪肠球菌及其噬菌体富集）可能作为潜在标志物或干预靶点。

未来，基于这些初步发现，可以设计精确的益生菌、益生元或噬菌体疗法，以引导早产儿肠道微生物组向更健康、更具抗逆性方向发展，改善这一高风险人群的临床结局。