财税〔2000〕42号是医疗卫生机构纳税的统领性文件

      《财政部、国家税务总局关于医疗卫生机构有关税收政策的通知》（财税〔2000〕42号，2000年7月10日发布）是医疗机构税收政策的奠基性、统领性文件，至今仍是判断医疗机构税务待遇的基础依据（部分条款随税制改革被替代，详见上一篇《公立医院纳税的依据是什么？》政策沿革）。其核心制度安排如下：

        一、非营利性医疗机构收入分为医疗服务收入和非医疗服务收入。医疗服务收入是按照国家规定的收费项目和收费价格取得的医疗服务收入，免征各项税收，不按照国家规定取得的医疗服务收入不享受免税优惠。非医疗服务收入是从事非医疗服务取得的收入，包括租赁、财产转让、培训、对外投资等，应按规定征收各项税收，其中，用于改善医疗卫生服务条件的部分，经税务部门审核后可抵扣应纳税所得额，就余额征收企业所得税。

同时需要关注：自产自用制剂，即非营利性医疗机构自产自用的制剂，免征增值税；自用财产，即对非营利性医疗机构自用的房产、土地、车船，免征房产税、城镇土地使用税和车船使用税（车船使用税现已被车船税替代）。

        二、营利性医疗机构和疾病控制、妇幼保健机构税务问题。营利性医疗机构取得的收入直接用于改善医疗卫生条件的，自取得执业登记之日起3年内给予优惠，期满后对营利性医疗机构取得的收入按规定征税，医疗服务收入免征营业税，营改增后对应免征增值税，自产自用制剂免征增值税，自用房产、土地、车船免征房产税、城镇土地使用税、车船使用税。

        疾病控制机构和妇幼保健机构等卫生机构按国家规定的医疗服务项目和收费价格取得的卫生服务收入，包含疫苗接种、调拨和销售等，免征各项税收；对其自用的房产、土地、车船免征房产税、城镇土地使用税和车船使用税。

         三、财税〔2000〕42号优惠一览表。一是医疗服务收入的营业税和增值税：非营利性医院（含公立医院）按国家规定项目和价格取得的免征；营利性医院自登记日起3年内免征，期满恢复征税，按照财税〔2016〕36号文件附件3，营改增后由免征增值税承接。二是自产自用制剂的增值税：非营利性医院（含公立医院）免征，营利性医院3年内免征，期满恢复征税；同时，仅限“自产自用”免税，对外销售制剂应该缴纳增值税。三是企业所得税：非营利性医院（含公立医院）按照国家规定的服务项目和价格获得的医疗服务收入实行免税，非医疗经营收入应税；营利性医院照章征收企业所得说；非营利组织免税资格另见财税〔2009〕122号、财税〔2018〕13号。

         四是房产税：非营利性医院（含公立医院）自用房产免征，营利性医院3年内自用免征，期满恢复征税，“自用”为限定性条件，出租房产一律缴纳房产税。五是城镇土地使用税：非营利性医院（含公立医院）自用土地免征，营利性医院3年内自用免征，期满恢复征收，“自用”为限定性条件，出租土地一律缴纳城镇土地使用税。六是车船税：非营利性医院（含公立医院）自用车船免征，营利性医院3年内自用免征，期满恢复征税，目前，车船税已替代车船使用税。七是印花税：非营利性医院（含公立医院）42号文件未单列减免，按照印花税法就应税凭证缴纳。但是按照《印花税法》（2022）第十二条规定，非营利性医院（含公立医院）采购药品和卫生材料合同法定免征印花税，营利性医院采购药品和卫生材料需要征收印花税。

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