内参蛋白(即内部标准蛋白)一般由管家基因负责编码,在待检测样本里,这类蛋白的表达水平较高且稳定。
内参蛋白(即内部标准蛋白)一般由管家基因负责编码,在待检测样本里,这类蛋白的表达水平较高且稳定。在实验过程中,内参蛋白的作用是提供一条不受实验条件变化干扰的稳定参考基准线,进而用于对目标蛋白的表达量进行正常化处理。所以,在挑选合适的内参时,要依据实验的具体环境以及目标蛋白的分子量,遵循以下原则进行选择。
表达稳定性:内参基因需在所有样本中维持高水平的稳定表达,其表达量不应随实验处理方式或生物条件的变化而波动。常用的内参基因涵盖GAPDH、β-actin以及tubulin等。
分子量差异:为确保内参蛋白与目标蛋白在检测中易于区分,并避免成像时信号重叠,原则上内参蛋白的分子量应与目标蛋白存在至少5 kDa的差异。这一差异有助于在SDS-PAGE和Western blot分析中实现两者的有效分离与检测。
实验条件适应性:不同实验环境对内参基因的选择可能提出不同要求。例如,在细胞应激条件下,某些常用的管家基因表达可能受到影响,因此在此类实验中,需选择对特定实验条件无响应的内参基因。
一、基于亚细胞定位的蛋白内参分类
在实验中,选择最合适的内参蛋白至关重要,特别是在针对特定亚细胞结构或局部分子表达的研究中。以下是根据亚细胞定位对常用内参蛋白进行的分类:
细胞质/全细胞:β-actin (43 kDa)、α-actin (43 kDa)、β-tubulin (50 kDa)、α-tubulin (55 kDa)、GAPDH (37 kDa)、Vinculin (116 kDa)、Cofilin (19 kDa)、Cyclophilin A (18 kDa)、Cyclophilin B (24 kDa)、HSP 70 (70 kDa)、HSP 90 (90 kDa)。
线粒体:HSP 60 (60 kDa)、COX IV (17 kDa)、VDAC1/Porin (31 kDa)、Cytochrome oxidase (12 kDa)。
细胞核:Lamin B1 (66 kDa)、Lamin C (75 kDa)、Histone H2A (14 kDa)、Histone H3 (17 kDa)、PCNA (29 kDa)、HDAC1 (65 kDa)、TATA Binding Protein (38 kDa)、PARP1 (113 kDa)、YY1。
细胞膜:Sodium Potassium ATPase (100 kDa)、Caveolin-1 (20 kDa)。
血清:Transferrin (83 kDa)。
附加说明:
①选择内参的关键因素:应根据实验的具体需求,选择与研究任务紧密相关的内参蛋白,确保其在所有实验组中均能保持稳定表达,且不受实验条件的影响。
②多靶标检测:为提高实验的可靠性,建议在多靶标检测实验中同时选用多个内参蛋白进行比较。
③实验优化:在进行正式实验前,可通过小规模预实验来验证所选内参蛋白的适应性和稳定性,从而确保后续实验结果的准确性和一致性。
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