NGS分析晚期尿路上皮癌维恩妥尤单抗单药疗效预测标志物

维恩妥尤单抗（EV）单药或联合帕博利珠单抗治疗晚期尿路上皮癌（aUC），但关于 EV 结局相关生物标志物的数据有限。在 UNITE 研究中，识别了 170 例接受 EV 单药治疗且有分子生物标志物数据的患者。比较了有和无特定生物标志物的患者的结局，使用 logistic 回归（未调整）评估客观缓解率（ORR），使用对数秩检验和 Cox 比例风险模型（CPHMs）评估 EV 开始后的无进展生存期（PFS）和总生存期（OS）。分子生物标志物也在考虑了临床特征的 CPHM 多变量分析中进行了评估。患者中位年龄为 70 岁；78% 的患者为男性，65% 的患者为纯 UC 组织学。CDKN2A 突变患者（4.6 vs 6 个月；p = 0.024）和 CDKN2B 突变患者（4.4 vs 6 个月；p = 0.008）的中位 PFS 较短。高肿瘤突变负荷患者的中位 OS 较长（13.6 vs 8.3 个月；p = 0.014）。TSC1 突变患者的 ORR 较高（87% vs 51%；p = 0.018）。在多变量分析中，CDKN2A 和 CDKN2B 改变与较差的中位 PFS 相关。这项针对 aUC 患者的多机构回顾性研究识别了与 EV 单药治疗结局相关的潜在生物标志物，应进一步探索。

研究背景

晚期尿路上皮癌（aUC）是一种侵袭性恶性肿瘤，但近年来的新疗法为许多患者带来了更好的结局。维恩妥尤单抗（EV）是一种靶向NECTIN4的抗体-药物偶联物，单药或联合帕博利珠单抗治疗难治性 aUC 有可靠的数据。然而，关于 EV 结局相关生物标志物的数据有限。临床前研究表明，在膀胱癌细胞系中，NECTIN4表达对于 EV 敏感性既必要又充分，并且较低的 NECTIN4 表达与较差的临床结局相关。预测 EV 疗效的基因组生物标志物，例如下一代测序（NGS）平台中包含的改变，仅在一小部分单机构数据集中报道。我们的目标是通过分析多中心 UNITE 研究患者 NGS 平台的基因组生物标志物，解决这一知识空缺。虽然本研究未直接探究因果关系，但它可能有助于阐明这些生物标志物与 EV 结局的关联。

研究方法

UNITE（Urothelial Cancer Network to Investigate Therapeutic Experiences）是一项回顾性队列研究，针对在美国多个地点接受新型靶向药物治疗（包括 EV）的 aUC 患者。在这项研究中，每个地点根据机构审查委员会协议，从电子病历中提取人口统计学、临床、生物标志物、治疗反应和结局数据，并将去身份信息的数据记录在安全的 Redcap 数据库中。每个地点的研究人员评估了接受至少 1 个周期 EV 的患者的最佳治疗反应。先前对真实世界 aUC 患者的 UNITE 分析表明，结局与 EV 前瞻性临床试验的数据相似，并且在一部分在临床试验中被排除或占比较低的患者中显示出强大的活性。

为了探索与 EV 单药治疗结局相关的分子生物标志物，我们分析了一组有 EV 治疗前肿瘤样本 NGS 数据以及临床结局数据的患者。评估的分子生物标志物包括该队列中肿瘤体细胞改变率 ≥10% 的基因（TERTp、TP53、ARID1A、CDKN2A、CDKN2B、FGFR3、ERBB2、CCND1、KDM6A、PIK3CA、RB1、TSC1），至少有一个突变的 DNA 损伤反应基因（BRCA1、BRCA2、ATM、BARD1、CDK12、CHEK2、PALB2、PPP2R2A 和 RAD51B）和肿瘤突变负荷（TMB），其中高 TMB 定义为 ≥10 个突变/Mb，低 TMB 定义为<10 个突变/Mb。共同主要终点是 EV 治疗开始后的无进展生存期（PFS）和总生存期（OS）。使用 Kaplan-Meier 方法和 Cox 比例风险模型比较各组终点。PFS 定义为从 EV 治疗开始到 UC 进展或死亡的时间；在最后一次随访日期对无疾病进展的存活患者进行删失。患者在每次随访时接受进展评估。OS 定义为从 EV 治疗开始到死亡的时间；最后一次随访时存活的患者在该日期被删失。使用纳入相关临床变量的多变量 Cox 比例风险模型探索基因组生物标志物对 OS 和 PFS 的独立影响。根据其临床相关性和单变量分析结果，选择了 5 个预先指定的变量进行多变量分析：年龄、组织学、肝转移的存在、东部肿瘤协作组体能状态和既往糖尿病。客观缓解率（ORR）是次要终点，使用 logistic 回归在各组之间进行比较。

研究结果

16 个机构 170 例患者接受了 EV 单药治疗且有 NGS 数据。中位年龄为 70 岁。大多数患者为男性（78%）和白人（85%），原发性肿瘤位于膀胱（69%）、纯 UC 组织学（65%）以及内脏转移（79%）和骨转移（39%）占比较高。EV 治疗的 ORR 为 47%（8% 完全缓解和 39% 部分缓解）。中位随访 8.3 个月时，中位 PFS 为 6.0 个月（95% 置信区间 [CI] 5.3-7.4），中位 OS 为 12.0 个月（95% CI 8.8-未达到）。高 TMB 患者的中位 OS 长于低 TMB 患者（风险比 [HR] 0.4，95% CI 0.2-0.9；p = 0.014；图 1A）。CDKN2A（HR 1.73；p = 0.024）和 CDKN2B（HR 2.01；p = 0.008）突变患者的中位 PFS 短于野生型基因患者（图 1D，F）。TSC1 突变患者的 ORR 较高（87% vs 51%；OR 6.30；p = 0.002）。表 1 展示了与所有研究的生物标志物相关的结局。考虑相关临床变量的多变量分析支持这些发现，显示 CDKN2A（HR 1.93，95% CI 1.18-3.15；p = 0.009）和 CDKN2B（HR 2.54，95% CI 1.46-4.43；p = 0.001）改变与较短的 PFS 独立相关。未观察到高 TMB 与 OS 的显著关联（HR 0.54，95% CI 0.25-1.15；p = 0.11）。

图1

表1

讨 论

在生物标志物数据有限的临床背景下，本研究是率先探索在进行商业和机构 NGS 检测、接受 EV 单药治疗的患者中，生物标志物与临床结局相关性的研究之一。既往研究表明，在接受免疫检查点抑制剂（ICI）治疗的 aUC 患者中，高 TMB 与更好的结局相关。在本研究中，高 TMB 患者预后较好，提示免疫原性与 EV 治疗存在潜在关联，EV+帕博利珠单抗联合疗法的强大抗肿瘤活性支持这一点。该队列中 CDKN2A 和 CDKN2B 改变与较差结局的关联引发了对 EV 原发耐药的其他潜在机制的可能性。CDKN2A 和 CDKN2B 基因位于 9p 染色体，其缺失在 UC 中很常见，与化疗和 ICI 治疗结局较差相关。在我们的队列中，CDKN2A 和 CDKN2B 共突变很常见，所有 CDKN2B 改变存在于也具有 CDKN2A 改变的肿瘤中。这些基因的缺失可能是更具侵袭性生物学的生物标志物，也可能是提示对 EV 疗法潜在原发耐药。尽管该患者队列的肿瘤免疫组化NECTIN4表达数据不可用，但我们在外部数据集中分析了 NECTIN4 扩增与 CDKN2A 改变的潜在关系。分析了纪念斯隆凯特琳/癌症基因组图谱 2020 队列的 294 个样本，发现 CDKN2A 纯合缺失和 NECTIN4 扩增在很大程度上是互斥的（p = 0.026，Fischer 精确检验；图 1G）。这提示 aUC 肿瘤中染色体 9p 缺失与较低 NECTIN4 表达的潜在关联。因此，正如我们的分析所观察到的，具有这种分子特征的肿瘤接受NECTIN4靶向治疗的结局可能较差。这一观察结果的潜在机制值得进一步探索。

本研究的局限性包括样本量相对较小，缺乏随机化，以及回顾性设计，引入了几个未测量的混杂因素和选择偏倚。使用具有不同基因panel、算法和性能特征的异质性 NGS 平台/检测，缺乏有关特定等位基因杂合性缺失的数据，以及缺乏集中病理学和影像学审查，这些都是其他显著的局限性。

总之，NGS 平台的基因组生物标志物为识别 EV 治疗的差异结果提供了一种有前途的方法。肿瘤组织NECTIN4免疫组化染色不作为 aUC 患者标准诊疗的一部分常规进行，与之相比，这些panel的可及性更高。虽然这些发现需要在更大的外部队列中进行验证，但它们提供了有价值的见解，可以为在适当环境中为临床决策提供信息，在进一步探索后可以指导未来的临床试验分层和设计。

参考文献：

T. Jindal, C. Jiang, O. Alhalabi et al., Genomic Biomarkers Associated with Enfortumab Vedotin Outcomes for Patients with Advanced Urothelial Carcinoma: Analysis of UNITE Study Data, Eur Urol Oncol, https://doi.org/10.1016/j.euo.2024.12.006