JCP：基于CRISPR-Cas9的选择性指数扩增检测晚期胰腺癌患者血浆中KRAS突变的性能评估

主要发现

Journal of Clinical Pathology期刊发表了一篇文章，研究在晚期胰腺导管腺癌（Pancreatic ductal adenocarcinoma，PDAC）患者中，利用选择性指数扩增方法（PASEA）检测血浆ctDNA中KRAS基因的突变情况。该研究的临床评估结果显示，PASEA在化疗前和化疗后的患者中，检出率分别为91.43%和44.83%。对于化疗前已发生肝转移的患者，检测灵敏度可达95.24%。该方法为PDAC患者的基因检测提供了一种可靠、经济、微创的新选择。

背景介绍

PDAC是一种恶性肿瘤，5年生存率仅为11％。由于超过90％的胰腺癌患者存在致癌KRAS突变，因此KRAS癌蛋白是PDAC的主要分子靶点。检测KRAS基因突变的方法分为组织活检和液体活检两种。组织活检无法触及深部肿瘤，例如胰腺癌；而液体活检技术的进步，使我们可以从血液中分析循环肿瘤DNA（ctDNA），进而对肿瘤基因进行分型。

目前，ctDNA的检测主要依赖下一代测序技术（NGS）和微滴式数字PCR技术（ddPCR）。虽然NGS和ddPCR具有高灵敏度和高特异性，但是其高成本和较长的周转时间阻碍了其广泛的临床应用。

主要研究

该研究团队最近开发了一种高度敏感的选择性指数扩增（PASEA）方法，用于检测稀有等位基因突变。相关方法的研究结果前期已发表在Clinical Chemistry, 2021, 67(11):1569-1571和Chinese Chemical Letter, 2022, 33(08):4126-4132中。先前的研究中，该团队对100余例癌症患者的组织标本进行了PASEA检测，结果显示PASEA的灵敏度、特异性、阳性预测值和阴性预测值均为100％，与NGS和ARMS-PCR结果一致。

此外，研究人员还使用连续稀释的cfDNA标准品对PASEA的检出限和重复性进行了评估。结果表明，PASEA具有较短的富集时间（20min）和较低的检出限（MAF为0.01%）（图2）。

该研究对115名晚期PDAC患者的组织样本进行了KRAS突变分析。结果显示，93名患者（占总样本数的80.87％）为KRAS突变型，而22名患者（占总样本数的19.13％）为KRAS野生型。随后，研究小组使用PASEA方法对这115例患者的血浆样本进行检测，发现KRAS突变型患者中有62.37%（58/93）为ctDNA阳性，而所有22名KRAS野生型患者均为ctDNA阴性。

研究人员进一步探讨了化疗、转移部位和根治性手术对ctDNA检出率的影响。结果表明，在未接受化疗的患者中，ctDNA的检出率较高 （91.43%，32/35）；肝转移患者的ctDNA检出率（~78%，43/55）和骨转移患者的ctDNA检出率（100%，4/4）也较高；未进行根治性手术的患者的ctDNA检出率（71%，49/69）较高（图4）；未接受化疗且肝转移的患者，ctDNA的检出率可达 ~95%（20/21）。

为了评估PASEA技术在监测PDAC治疗效果和预测疾病进展方面的潜力，研究小组进行了随访监测，共纳入12例患者。研究结果表明，PASEA检测的血液ctDNA状态（阳性或阴性）与RECIST标准下的PD或PR判断结果具有高度一致性（图5A）。在PDAC筛查和化疗疗效监测中，血清CA19-9仍是最常用的生物标志物。因此，研究小组将其与检测KRAS ctDNA的PASEA技术进行了比较。结果显示，PASEA技术所得到的ctDNA数据在监测PDAC患者化疗疗效方面具有更高的准确性和时效性（图5B和C）。

总结

为了评估PASEA技术在监测PDAC治疗效果和预测疾病进展方面的潜力，研究小组进行了随访监测，共纳入12例患者。研究结果表明，PASEA检测的血液ctDNA状态（阳性或阴性）与RECIST标准下的PD或PR判断结果具有高度一致性（图5A）。在PDAC筛查和化疗疗效监测中，血清CA19-9仍是最常用的生物标志物。因此，研究小组将其与检测KRAS ctDNA的PASEA技术进行了比较。结果显示，PASEA技术所得到的ctDNA数据在监测PDAC患者化疗疗效方面具有更高的准确性和时效性（图5B和C）。

*该方法由宋金召课题组构建，前期已发表在Clinical Chemistry, 2021, 67(11):1569-1571和Chinese Chemical Letter, 2022, 33(08):4126-4132。

作者简介

文章第一作者为申月，共同第一作者为张晓玲，通讯作者为宋金召教授，共同通讯作者为应杰儿主任医师。

宋金召，教授，中科院基础医学与肿瘤研究所特聘研究员、国科大杭州高等研究院双聘教授。长期致力于分子诊断新方法、新技术、新理论以及新肿瘤生物标志物方面的研究，在肿瘤液体活检领域具有丰富的研究经验。

应杰儿，主任医师，中国科学院大学附属肿瘤医院肝胆胰胃内科科主任，美国宾夕法尼亚大学访问学者。研究方向是腹部肿瘤（肝癌、胆道肿瘤、胰腺癌、胃癌以及结直肠癌）的临床诊治及科研工作。