时空日报 | 免疫特征基质细胞调控早期妊娠的时空洞察力

大家好，欢迎观看《时空日报》第57期。本期追踪到时空/单细胞组学相关研究文章共计13篇。以下是应用时空云平台STOmics Cloud的StereoCopilot模块生成的文章概要，并辅以人工审核，供了解参考。

1免疫特征基质细胞调控早期妊娠的时空洞察力

Spatiotemporal insight into early pregnancy governed by immune-featured stromal cells

Cell; IF:64.500; DOI: 10.1016/j.cell.2023.08.020

内容概要：使用单细胞转录组及华大自主研发的时空组学技术Stereo-seq对早期妊娠小鼠中不同的免疫细胞、内皮细胞、滋养细胞和蜕膜基质细胞（decidual stromal cells，DSCs）组成的动态功能性蜕膜中心进行空间可视化和定义，揭示了DSC的转分化轨迹，并发现了一种具有双重特征的免疫特征DSCs。

2空间转录组学揭示急性胃肠移植物抗宿主病中与类固醇反应性相关的不同组织生态位

Spatial transcriptomics reveals distinct tissue niches linked with steroid responsiveness in acute gastrointestinal GVHD

Blood; IF:20.300; DOI: 10.1182/blood.2023020644

内容概要：通过空间转录组技术，分析了基因标签的差异表达和空间解析相关性，证明了急性移植物抗宿主病（acute graft-versus-host disease，aGVHD）患者下消化道组织中具有独特基因表达特征的独特组织生态位，并为潜在的预后生物标志物提供了证据。

3Alk1作用于非内皮的血管内皮钙粘蛋白+的神经束膜细胞以维持毛发稳态期间的神经分支

Alk1 acts in non-endothelial VE-cadherin+ perineurial cells to maintain nerve branching during hair homeostasis

Nature Communications; IF:16.600; DOI: 10.1038/s41467-023-40761-5

内容概要：利用小鼠的单细胞转录组学，谱系示踪和基因打靶，表征了毛发稳态期间皮肤血管内皮钙粘蛋白+（vascular endothelial-cadherin+，VE-cadherin+）细胞的细胞和分子动力学。描述了血管和淋巴管特异性的VE-cadherin+内皮细胞的动态变化，并发现了非典型的VE-cadherin+细胞群。研究表明，VE-cadherin/Alk1二聚体（传统上称为内皮-血管特异性）在神经周围-神经稳态中发挥作用。

4SiGra：通过图像增强的图形转换器进行单细胞空间分析

SiGra: single-cell spatial elucidation through an image-augmented graph transformer

Nature Communications; IF:16.600; DOI: 10.1038/s41467-023-41437-w

内容概要：开发了一种通过图像增强图转换器进行单细胞空间解析（single-cell spatial elucidation through image-augmented Graph transformer，SiGra）的方法，利用这种成像信息来揭示空间域，并大幅增强稀疏和有噪音的转录组学数据。SiGra改善了瘤内异质性和细胞间通讯的特征，并恢复了已知的显微解剖。

5SARS-CoV-2感染诱导一个长期促炎转录谱

SARS-CoV-2 infection induces a long-lived pro-inflammatory transcriptional profile

Genome Medicine; IF:12.300; DOI: 10.1186/s13073-023-01227-x

内容概要：利用靶向单细胞多组学分析，发现SARS-CoV-2感染导致循环T、B、NK细胞和单核细胞基因表达谱的长期改变。一些受影响的基因与IL-2诱导的抗炎基因表达特征中存在的基因相同，但受到相反方向的调节，这意味着促炎状态，这可能使急性期后患者易发生长期健康后果，包括自身免疫性疾病、其他病毒重新激活和宿主免疫系统-微生物组生态系统破坏。

6克里米亚-刚果出血热病毒感染的系统水平时间免疫-代谢特征

Systems-level temporal immune-metabolic profile in Crimean-Congo hemorrhagic fever virus infection

Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America; IF:11.100; DOI: 10.1073/pnas.2304722120

内容概要：报告了克里米亚-刚果出血热病毒（Crimean-Congo hemorrhagic fever virus，CCHFV）感染后的发病机制的时间谱。血细胞转录组学和单细胞蛋白质组学研究发现，在恢复期，5种免疫细胞（CD4+和CD8+ T细胞，CD14+单核细胞，B细胞和NK细胞）的代谢过程下调，可能是由于急性期过度活动引起的恢复期代谢重组导致病毒后疲劳综合征。

7紫杉类药物化疗诱导基质损伤导致乳腺癌休眠逃逸

Taxane chemotherapy induces stromal injury that leads to breast cancer dormancy escape

PLoS Biology; IF:9.800; DOI: 10.1371/journal.pbio.3002275

内容概要：通过单细胞转录组学分析，显示了觉醒的癌细胞的重编程，包括几个生存线索，如干性，在肿瘤间质类器官模型中的化疗耐药性，以及在同系小鼠乳腺癌模型中改变的肿瘤微环境和增强的肿瘤免疫信号。针对肿瘤细胞因子（IL-6, G-CSF）的抗体或通过MEK/ERK通路在多西他赛治疗前使用司美替尼抑制细胞因子信号通路可预防肿瘤休眠生长，提示了预防肿瘤复发的新治疗策略。

8未接种疫苗的孕妇出现轻度/无症状COVID-19会损害新生儿的免疫应答

Mild/asymptomatic COVID-19 in unvaccinated pregnant mothers impairs neonatal immune responses

JCI Insight; IF:8.000; DOI: 10.1172/jci.insight.172658

内容概要：利用流式细胞术、scRNA-seq和功能性readouts研究了免疫细胞的重组，揭示了即使在没有垂直传播或新生儿无症状的情况下，母亲轻度/无症状COVID-19也改变了循环中的胎儿免疫细胞和胎盘中的转录和功能状态。

9scRNA-seq揭示了纤维软骨附着点形成的细胞和分子异质性

Single-cell RNA sequencing reveals cellular and molecular heterogeneity in fibrocartilaginous enthesis formation

eLife; IF:7.700; DOI: 10.7554/eLife.85873

内容概要：应用scRNA-seq描绘了从出生后第1天到出生后第8周的全面的出生后肩袖（rotator cuff，RC）附着点生长和时间图谱，揭示了纤维软骨分化过程中的细胞异质性和分子动力学。该研究提供了一个转录资源，将支持未来在机制水平上研究纤维软骨附着点发育，并可能为增强RC愈合结局的策略提供线索。

10通过mTORC1-TFEB轴持续感知营养物质和生长因子

Continuous sensing of nutrients and growth factors by the mTORC1-TFEB axis

eLife; IF:7.700; DOI: 10.7554/eLife.74903

内容概要：开发了一系列荧光蛋白-TFEB融合和多重免疫荧光方法，以研究刺激组合如何在单细胞水平共同调节mTORC1信号，发现mTORC1-TFEB信号连续地对氨基酸和生长因子胰岛素单独、连续或同时处理产生反应。

11MoleculeExperiment为生物导体中分子解析的空间组学数据提供一致的基础架构

MoleculeExperiment enables consistent infrastructure for molecule-resolved spatial omics data in Bioconductor

Bioinformatics; IF:5.800; DOI: 10.1093/bioinformatics/btad550

内容概要：开发了一个名为MolecularExperiment的R/Bioconductor工具包，它可以在分子水平上存储分子和细胞分割边界信息，并通过不同的基于成像的空间转录组（spatial transcriptome，ST）技术对这些分子水平的信息进行标准化，简化从MolecularExperiment对象到SpatialExperiment对象的转换。总之，MoleculeExperiment可以作为一个数据基础架构，用于分子解析的空间组学数据的一致性分析。

12实验性脑型疟疾的脑干CD8+ T细胞浸润和增殖

CD8+ T cell infiltration and proliferation in the brainstem during experimental cerebral malaria

CNS Neuroscience and Therapeutics; IF:5.500; DOI: 10.1111/cns.14431

内容概要：根据scRNA-seq、免疫荧光和流式细胞术分析，脑浸润的CD8+ T细胞高度活化，揭示了脑浸润的CD8+ T细胞与实验性脑疟疾（experimental cerebral malaria，ECM）脑干实质细胞之间的新型相互作用，提示PD-1/PD-L1信号通路有望成为针对ECM过度激活的CD8+ T细胞的辅助治疗策略。

13深隐窝分泌细胞在结肠生理学中的新兴作用

The emerging roles of deep crypt secretory cells in colonic physiology

American Journal of Physiology. Gastrointestinal and Liver Physiology; IF:4.500; DOI: 10.1152/ajpgi.00093.2023

内容概要：单细胞转录组分析的最新进展提示深隐窝分泌（deep crypt secretory，DCS）细胞可能具有其他的上皮和免疫作用，并有助于阐明它们的发育谱系。该综述强调了支持DCS细胞在肠道生理中的重要作用的新证据和它们的调节机制，以及它们在结肠疾病中的潜在作用。

《时空日报》是华大时空基于时空云平台STOmics Cloud的StereoCopilot功能板块，推出的聚焦于时空组学领域学术前沿的栏目。该栏目以实时、精准追踪时空组学前沿为目标，共享最新时空知识，助力生命科学和临床医学发展。

审校 | 沙金

题图 | 彭卫

排版 | 小飞鱼

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