最新《成人呼吸道感染病原诊断核酸检测技术临床应用专家共识》

2023年8月，由中国医学科学院北京协和医院检验科徐英春教授、上海交通大学附属瑞金医院呼吸与危重症医学科瞿介明教授为通信作者的《成人呼吸道感染病原诊断核酸检测技术临床应用专家共识（2023）》发布。

该共识专家组由中华检验医学培训工程专家委员会和中华医学会呼吸病学分会委员推荐产生。

该共识对不同分子诊断技术的特点和适用范围，以及该类技术在不同类型成人呼吸道感染疾病中的应用策略给出了明确推荐意见，以期更好地指导临床实践。

概要

呼吸道感染性疾病是临床常见疾病类型，可分为上呼吸道感染和下呼吸道感染。上呼吸道感染主要累及鼻腔、咽/喉部等，而下呼吸道感染多为喉以下的气管支气管感染及肺部感染。根据世界卫生组织（WHO）发布的2019年全球前10位死亡原因中，下呼吸道感染位居第4位，导致260万人死亡；且在低、中、中高和高收入国家组中，下呼吸道感染是唯一一类均位列前10位死亡原因的感染性疾病。病原体的快速检测和准确诊断是感染性疾病有效治疗的重要前提，但仅依靠传统微生物学及免疫学技术，近70%左右患者无法明确病原学诊断。

近年来，随着病原体单靶标聚合酶链反应（polymerase chain reaction，PCR）、以症候群为基础的病原体多重PCR技术、微流控芯片技术、数字PCR技术、宏基因组高通量测序（metagenomics next generation sequencing，mNGS）技术以及多重病原靶向测序（targeted next-generation sequencing，tNGS）技术的应用，大幅提高了呼吸道感染性疾病的病原诊断能力，在病原体致病因子、耐药基因检测等方面也取得了重要进展。

核心推荐意见

见下表1

病原体高通量测序技术

病原体高通量测序技术是采用高通量测序技术对临床标本中的核酸进行测序，通过与微生物参考基因组比对获取标本中的微生物物种组成、物种丰度等信息。目前该技术主要分为三类：无偏倚检测的mNGS、检测多重病原体及其耐药基因或毒力基因的tNGS和获取某一种或多种病原体全基因组数据的高通量测序技术（whole-genome sequencing，WGS）。 

应用场景

由于病原体高通量测序技术复杂、结果解读难度大且价格昂贵，建议根据临床需求在传统微生物检测的基础上选择性使用，例如，需尽快明确病原学诊断时、目前可及的微生物检验手段无法明确诊断时、出现聚集性呼吸道传染性病例需进行病原体溯源时。

技术特点

病原体高通量测序技术可对标本中的核酸片段进行物种鉴定，但其物种、耐药基因和毒力基因鉴定的准确性受标本采样、实验操作流程、病原体参考基因组数据库和生物信息学分析等多种因素影响。在临床报告的解读过程中，除深入分析测序数据外，结合患者临床信息及其他实验室数据综合判断和鉴别定植菌与责任病原体亦十分关键。

性能验证要求

实验室在开展病原体高通量测序临床检测前，需参考实验室自建方法的相关要求完成方法学建立和性能确认，结合预期临床用途确立预期性能指标，包括：

（1）生信流程评估：最低测序数据量、准确率、召回率、精确率和F1-Score等；

（2）全流程性能确认：背景核酸数据模型、阳性阈值、重复性、最低检测限、抗干扰力、稳定性等；

（3）临床评估：对一定数量的真实临床标本进行检测，确定阴性预测价值和阳性预测价值。

病原体高通量测序技术在成人呼吸道感染病原体诊断中的应用场景

如何理解mNGS在临床诊断HAP/VAP患者中的价值？

患者常见病原体为细菌，病原学诊断以传统培养为主，必要时可联合多重PCR、微流控芯片等多靶标病原体核酸检测，无需常规进行mNGS。仅在患者存在免疫缺陷、3 d内未通过传统微生物学检测获得明确病原学依据，且经验性抗感染治疗无效时，考虑进行以DNA检测为主的mNGS。

如何选择结核特异性PCR或tNGS /mNGS进行结核分枝杆菌检测？

结核特异性PCR与tNGS /mNGS对结核分枝杆菌的诊断能力相似。与传统方法相比，tNGS /mNGS比结核特异性PCR联合检测更具优势，能显著改善结核和其他病原体的病原学诊断，tNGS检测能够提供结核耐药基因的支持。

对免疫功能受损宿主是否推荐进行BALF核酸检测？

在经验治疗的同时，应尽早开展支气管镜检查及支气管肺泡灌洗进行包括PCR或mNGS等在内的病原体检测，减少初始经验性治疗对病原学检测结果的影响。对BALF样本进行的其他微生物检查项目取决于患者临床表现、影像学特征以及特定病原体感染的危险因素，进行包括细菌涂片和培养、真菌涂片和培养、细胞学分析、组织病理学等在内的病原学检查。

对免疫受损宿主合并肺部感染宿主，有必要开展血标本mNGS吗？

免疫受损宿主肺部感染伴发菌血症的机会为5%~10%，明显高于免疫功能健全宿主，此类患者出现重症CAP时，可同时进行BALF及血标本mNGS，以协助明确可能的致病菌；血标本mNGS检测特异度略高于BALF，灵敏度低于BALF。

总结

成人呼吸道感染类型多样，不同感染类型及不同基础疾病患者病原谱各具特点，在临床常规诊疗过程中，应以患者临床症状体征为基础，联合应用影像学、传统微生物学、免疫学和分子生物学等检测技术（表3），依据相应检测标准作出快速、精准诊断。分子生物学诊断技术在临床的应用目前仍有较多问题亟待解决，尤其是对临床结果的正确解读。不同检测技术所提供的结果具有不同临床意义，联合应用可进一步提高病原学检测的灵敏度和特异度，更好的解释患者的病程发展并进行治疗监测。

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