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基因检测如何指导成釉细胞瘤的精准治疗?

2023-09-12 10:43   绘真医学

成釉细胞瘤临床结局文献回顾显示,大部分接受靶向治疗的患者至少达到部分缓解(7/12)。复杂成釉细胞瘤患者进行CGP有助于识别特定的驱动突变。

局部晚期、复发性和转移性成釉细胞瘤的治疗可能具有挑战性。全面基因组测序(CGP)能够识别可靶向治疗的基因变异。本研究分析了成釉细胞瘤样本CGP结果(包括318-327个癌症相关基因以及MSI和TMB状态),并对成釉细胞瘤靶向治疗相关文献进行了系统回顾。14例成釉细胞瘤检出以下突变:6例患者BRAF激活突变,5例PIK3CA,5例SMO,4例FGFR2,1例EGFR,1例ROS1。所有患者均MSS,中位TMB为2.5个突变/Mb。成釉细胞瘤临床结局文献回顾显示,大部分接受靶向治疗的患者至少达到部分缓解(7/12)。复杂成釉细胞瘤患者进行CGP有助于识别特定的驱动突变。靶向治疗成功带来缓解。

研究背景

成釉细胞瘤是一种罕见的颌骨牙源性上皮肿瘤。其汇总发病率为 0.92/百万人年(95% CI:0.57–1.49)。有两种主要的组织学亚型,治疗取决于诊断。单囊型成釉细胞瘤好发于青壮年,在组织学检查中表现为囊性。治疗包括保守手术措施,如刮治术。然而,侵犯囊壁的单囊型成釉细胞瘤通常表现为大的扩张性上颌骨或下颌骨肿瘤,可能毁容且复发风险较高。对于这些年轻患者,是否进行可能需要切除上颌骨或下颌骨的手术,还是复发风险较高的较为保守的手术,存在争议。

实性或多囊型成釉细胞瘤具有局部侵袭性和破坏性,需要切缘阴性的广泛切除。复发性成釉细胞瘤构成了重大的治疗挑战,因为其通常发生在颅底或附近,靠近关键的神经血管结构。接受广泛切除的实性成釉细胞瘤总体复发率约为10%。保守治疗时,复发风险显著更高,可高达60%-80%。对于转移或复发患者,治疗流程更为复杂。有复发或转移性患者接受了化疗和放疗,很少成功。

最近,有研究探索了成釉细胞瘤的突变图谱。有两种主要的分子通路与该疾病的发生发展有关。第一个是丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)级联反应,在高达40%-80%的患者中发现了BRAF V600E突变。另一个是Hedgehog通路,跨膜受体SMO突变。有多项研究识别了这些潜在的治疗靶点。此外,精准治疗为复杂成釉细胞瘤带来缓解。

本研究旨在阐明复杂成釉细胞瘤全面基因组测序(CGP)最常见的基因变异。此外,对已发表的文献进行了系统回顾,评估成釉细胞瘤精准治疗疗效。

研究结果

临床病理学特征

全面基因组测序

本研究共纳入14例临床晚期、不可切除或转移性成釉细胞瘤患者。8例(57%)为男性,6例(43%)为女性。中位年龄为62岁,范围为24-86岁。一半患者使用成釉细胞瘤原发灶样本进行了CGP,其余患者使用了转移灶样本。大多数转移灶样本来自肺(6/7,86%),1例来自纵隔。

文献回顾

系统文献回顾发现12篇相关文献有临床治疗数据(选择过程如图1所示),涉及14例患者,其中13例患者接受了靶向治疗。一例患者由于缺乏FDA批准的药物,没有进行治疗。因此,该患者仅包含在人口统计学和基因特征分析中。

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图1. 文献选择过程

2篇为I级证据,前瞻性篮子临床试验,其余10篇为回顾性研究,IV级证据。篮子试验不包括基本的人口统计数据。在其余文献中,12例患者有性别信息。7/12例患者为男性,5/12为女性。10篇文献涉及实性成釉细胞瘤成年患者,年龄范围为26-85岁,中位年龄40岁。2篇文献描述了单囊型成釉细胞瘤儿童患者接受靶向治疗,年龄范围为10-15岁,平均年龄为13岁(表1)。

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表1. 已发表文献的患者人口学、CGP和治疗数据

分析发现全面基因组测序

本研究中,14例晚期成釉细胞瘤样本进行了CGP(包括318-327个癌症相关基因以及MSI和TMB状态),每例样本平均有4.7个已知和可能的驱动基因变异。大多数变异(82%)是短变异,少数是拷贝数变异(CNA)(16%)和重排(2%)(图2)。

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图2. 成釉细胞瘤基因变异

6例(42%)样本检出BRAF激活突变(均为V600E),5例(36%)PIK3CA(4例SV和1例CNA),4例(29%)FGFR2(均为SV),1例(7%)EGFR(CNA)和1例(7%)ROS1(重排)。我们的CGP分析显示,BRAF V600E突变与SMO、FRGR2、KRAS和NRAS突变相互排斥(图3)。ROS1重排涉及内含子33,对ROS1信号通路激活和ROS1酪氨酸激酶抑制剂(TKI)潜在反应的意义未明。在5例患者中发现了SMO基因变异(SV,36%)。

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图3. CGP人群每例样本突变分析

文献回顾

对成釉细胞瘤精准治疗结局进行系统回顾,识别了12篇文献描述了晚期成釉细胞瘤患者接受靶向药物治疗,涉及14例患者。11例患者检出BRAF V600E突变,2例FGFR2/SMO共突变,1例原发性NRAS Q61R突变。在所有患者中,1例完全缓解,10例部分缓解,1例疾病稳定症状改善,1例疾病进展手术治疗成功。

系统文献回顾发现的可靶向治疗突变主要是BRAF V600E(11/14)。7例复发或转移性患者接受了BRAF靶向治疗。2例患者接受达拉非尼治疗,2例患者接受维莫非尼治疗,3项研究使用了达拉非尼联合曲美替尼治疗。1例患者疾病稳定持久,5例达到部分缓解,1例报告完全缓解(图4)。

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图4. 文献回顾每例患者的最佳疗效和持续时间

在2篇BRAF V600E新辅助靶向治疗文献中,4例浸润性单囊型成釉细胞瘤儿童患者接受了靶向治疗。3例患者接受基于体重的达拉非尼治疗,均在切除前实现部分缓解。1例患者接受了MEK抑制剂曲美替尼单药治疗,疾病进展,随后手术切除成功。

其他不太常见的突变包括2例患者检出FGFR2/SMO共突变。其中1例患者在FGFR抑制剂获批之前接受了仑伐替尼治疗,文献发表时仍维持部分缓解。1例患者由于缺乏可靶向治疗突变,未接受治疗。

剩余一篇文献是一项II期临床试验,报告了MEK抑制剂比美替尼成功治疗原发性NRAS Q61R突变,这是该篮子试验中唯一获得部分缓解的患者。

免疫组化

4/14例样本进行了PD-L1 IHC检测(Dako 22C3)。3/4例样本阳性,评分较低(TPS 1-49%)(图5和图6)。

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图5. 转移性成釉细胞瘤患者

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图6. 复发性成釉细胞瘤患者

讨 论 

局部晚期,复发性或转移性成釉细胞瘤构成了一个复杂的治疗困境,既往研究表明放疗和全身治疗成功有限。本研究的主要目的是阐明复杂成釉细胞瘤中最常见的基因变异,相应靶向药物和治疗结果。CGP分析显示,6例患者存在BRAF激活突变,5例PIK3CA突变,4例FGFR2突变,1例EGFR突变,1例ROS1突变。文献回顾显示,精准治疗结局包括1例完全缓解,10例部分缓解,1例疾病稳定症状改善,1例疾病进展手术治疗成功。

BRAF V600E突变是CGP分析和文献中最常见的突变。对BRAF突变样本治疗结局的系统文献回顾表明,所有接受BRAF抑制剂治疗的患者,无论是单药治疗,还是联合MEK抑制,均获得部分缓解,一例获得完全缓解。一例疾病进展病例是BRAF突变单囊型成釉细胞瘤儿童患者接受MEK抑制剂治疗,作者报告,担心BRAF抑制剂单药或联合治疗导致继发性恶性肿瘤。此外,其机构倾向于MEK抑制剂,对副作用有更好的把控。使用该方案疾病进展后,患者通过手术成功治疗。

除了实现可评估的临床和影像学缓解外,靶向治疗在缓解晚期成釉细胞瘤引起的症状方面也有效。例如,Fernandes等人描述了一例29岁的成釉细胞瘤女性患者,多次复发,扩散到海绵窦。接受维莫非尼960mg PO每日两次,耐受性良好,没有严重的不良反应。2周内,顽固的面部疼痛消退。开始治疗约1年后,MRI显示病灶直径从2.4cm缩小到1.8cm。文献发表时,即靶向治疗开始后约18-24个月,状况良好,尽管疾病未完全消退,但没有症状。

此外,成釉细胞瘤BRAF靶向治疗作为新辅助治疗有效。Tan等人报告了一例不可切除的复发性成釉细胞瘤,接受达拉非尼新辅助治疗,临床缓解显著,肿瘤缩小,转为可切除。Hirschorn和Dawes等人描述了其在单囊型成釉细胞瘤新辅助治疗中的应用,能够降低儿童人群手术的规模和致残率。

斯坦福大学开展了一项前瞻性II期临床试验,纳入了BRAF突变成釉细胞瘤接受达拉非尼和曲美替尼治疗(NCT02367859)。初步结果显示,入组了一例患者,完成了疗程,疾病稳定。不幸的是,由于参加人数不足,试验结束。

探索BRAF V600E以及RAS突变肿瘤靶向治疗疗效的篮子试验纳入了成釉细胞瘤患者。在每项试验中,成釉细胞瘤患者均取得了较优的疗效。Clear等人描述,在入组患者中,成釉细胞瘤患者是唯一达到部分缓解的患者。Salama等人报告了一例患者获得35个月的疾病稳定,文献发表时仍维持。

回顾BRAF V600E突变成釉细胞瘤相关研究,唯一一例完全缓解的患者接受了BRAF和MEK抑制剂联合治疗。携带该突变的患者经单药和联合治疗均获得部分缓解。然而,研究显示,在其他肿瘤类型(如黑色素瘤)中,BRAF和MEK抑制剂联合治疗比单BRAF抑制剂治疗更有效。此外,BRAF抑制剂与MAPK通路的异常激活有关,可能导致继发性恶性肿瘤,如皮肤鳞状细胞癌。将MEK抑制剂(曲美替尼)加入BRAF抑制剂(达拉非尼)可降低黑色素瘤患者皮肤鳞状细胞癌的发生率。BRAF V600E突变也发生在1%-2%的肺腺癌中。BRAF抑制剂单药治疗和BRAF抑制剂联合MEK抑制剂治疗的试验表明,接受BRAF抑制剂联合MEK抑制剂治疗的患者总体缓解率较高,为63% ,而接受BRAF抑制剂单药治疗的患者为33%。

CGP分析发现,成釉细胞瘤中第二常见和有意义的突变是Hedgehog通路基因突变。在我们的分析中,BRAF和SMO突变似乎是相互排斥的。在5例患者中观察到SMO基因变异(SV,36%)。在测序样本中发现了两个变异,W535L和L412F。研究显示,这些突变为激活突变,与对SMO抑制剂vismodegib耐药有关。这代表了未满足的临床需求,也表明了该通路其他靶向药物临床试验的可能性。文献回顾未发现SMO靶向治疗用于成釉细胞瘤患者。

我们的CGP分析显示,FGFR2和SMO短变异往往共存,4/5例SMO突变样本同时携带FGFR2变异。其余样本携带KRAS和NRAS突变,突出了MAPK通路激活的重要性。本研究中29%的测序样本存在FGFR2突变。这些变异可能代表治疗靶点。早期FGFR抑制剂(培唑帕尼和帕纳替尼)是多激酶抑制剂,最近批准了FGFR抑制剂厄达替尼用于膀胱癌,佩米替尼以及英菲格拉替尼用于胆管癌,可能会增加这些患者靶向治疗的可能性。文献回顾发现2例患者存在FGFR2/SMO共突变。这两篇文献都是在FGFR抑制剂获批之前发表的。其中一例患者由于没有标准治疗选择未接受治疗。另一例患者接受了仑伐替尼治疗,因为其具有强烈的FGFR抑制作用,取得了部分缓解。FGFR抑制剂的批准和可及性,仑伐替尼和其他TKI治疗获益的潜力,为未来FGFR突变成釉细胞瘤提供了治疗机会。

此外,文献回顾显示,一例患者携带NRAS Q61R突变。患者参加了篮子试验接受MEK抑制剂治疗,是入组患者中唯一获得部分缓解的患者。成釉细胞瘤中还有其他基因变异,如PIK3CA突变,在其他肿瘤类型中显示出良好的反应,应在成釉细胞瘤中进一步研究。最近,KRAS受到大量关注,现有一种靶向药物索托雷塞(靶向特定的KRAS G12C突变)。然而,由于该药物针对特定突变位点,对其他KRAS突变无效。泛RAS药物的开发将有助于改善这一潜在问题。

有趣的是,一个成釉细胞瘤样本的CGP结果显示ROS1内含子33 N端重排。由于该重排不涉及ROS1激酶结构域,且未发现相互事件,这一发现意义未明。然而,该样本携带BRAF V600E突变,这更有可能是驱动突变。研究显示,在其他肿瘤类型(包括肺癌)中,致癌ROS1重排与其他驱动基因突变相互排斥。系统文献回顾未发现ROS1突变。

鉴于缺乏成釉细胞瘤免疫治疗数据,我们报告了四例患者PD-L1 IHC检测结果。三个样本TPS阳性,评分较低。需要进行前瞻性研究探索免疫疗法治疗复杂成釉细胞瘤。有研究描述了伴寡转移性疾病的铂类难治性成釉细胞瘤患者,接受免疫治疗作为二线治疗,疾病稳定。该研究未提及PD-L1 IHC染色或检测评分。由于对这些药物用于成釉细胞瘤的疗效的了解较少,我们认为,在未来的前瞻性临床试验中,这可能是一个有价值的探索终点。这类未来试验或机构数据分类对于证明统计学意义和验证免疫疗法作为可能的成釉细胞瘤治疗是必要的。

局限性

本研究有几个局限。首先,CGP和系统文献回顾的样本量都较小。其次,汇总的数据几乎都是回顾性的,治疗结果基于病例报道或病例系列。这会产生潜在的选择偏倚。另外,研究中包括不同的成釉细胞瘤亚型,单囊型和实性。第三,CGP也存在选择偏倚,因为我们只分析了一个机构的CGP样本。此外,CGP样本不包括初始肿瘤大小,切缘状态,既往治疗情况,结果和随访数据。然而,局部晚期、复发性和转移性成釉细胞瘤需要精准治疗。鉴于前瞻性数据的缺乏,需要收集和共享更多的CGP数据,以更好地了解其分子图谱。此外,机构需要收集和共享该疾病靶向治疗结果,以期提供可预测的结果改善。

总之,本研究证实并扩展了先前发现的成釉细胞瘤突变图谱。通过系统文献回顾,展示了BRAF抑制剂单药或联合MEK抑制剂,以及MEK抑制剂用于Q61 NRAS突变,成功治疗晚期疾病。仑伐替尼用于FGFR突变成釉细胞瘤也获得部分缓解。因此,这些药物在局部晚期、转移性和复发性疾病中带来缓解,无论是作为主要治疗,还是作为手术切除前的新辅助治疗。最近开发了FGFR抑制剂用于FGFR2/SMO突变肿瘤,未来相关试验或精准治疗是潜在的治疗选择。此外,我们探讨了SMO突变治疗的未满足需求,并提出了使用基于TPS评分的免疫疗法的可能性。尽管纳入的患者结局几乎都是回顾性的,但展现了晚期成釉细胞瘤接受靶向药物治疗后获得临床和影像学缓解,以及症状缓解。使用靶向治疗的精准医疗值得未来进一步研究,希望能改善这种罕见但具有潜在破坏性的疾病的常规治疗。

参考文献:

Gates JC, Clark AP, Cherkas E, Shreenivas AV, Kraus D, Danzinger N, Huang RSP, Johnson J, Ross JS. Genomic profiling and precision medicine in complex ameloblastoma. Head Neck. 2023 Apr;45(4):816-826. doi: 10.1002/hed.27294. Epub 2023 Jan 16. PMID: 36645099.

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釉细胞瘤,BRAF,靶向治疗,抑制剂,CGP,SMO,基因

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