时空日报 | 静脉窦适应性模拟长期心血管疾病揭示脊椎动物心脏进化转变的奥秘

大家好，欢迎观看《时空日报》第54期。本期追踪到时空/单细胞组学相关研究文章共计12篇。以下是应用时空云平台STOmics Cloud的StereoCopilot模块生成的文章概要，并辅以人工审核，供了解参考。

1静脉窦适应性模拟长期心血管疾病揭示脊椎动物心脏进化转变的奥秘

Sinus venosus adaptation models prolonged cardiovascular disease and reveals insights into evolutionary transitions of the vertebrate heart

Nature Communications; IF:16.600; DOI: 10.1038/s41467-023-41184-y

内容概要：通过对斑马鱼nr2f1a基因突变体的研究，发现在缺乏心房的情况下，静脉窦（sinus venosus，SV）会产生平滑肌增生的适应性反应，生理上类似于心脏动脉极处较厚的动脉球（bulbus arteriosus，BA）。单细胞转录组学研究表明，适应性SV中的平滑肌和内皮细胞群体也具有动脉特征。血窦的bulk转录组学研究支持了祖先脊索动物BA和SV前体之间更大的等价模型。

2单细胞转录组分析揭示腮腺多形性腺瘤的起源和肿瘤内异质性

Single-cell transcriptomic analysis uncovers the origin and intratumoral heterogeneity of parotid pleomorphic adenoma

International Journal of Oral Science; IF:14.900; DOI: 10.1038/s41368-023-00243-2

内容概要：通过单细胞转录组分析，揭示了唾液腺多形性腺瘤（pleomorphic adenoma，PA）的起源和肿瘤内异质性。研究发现，PA包含五个亚群，其中三个重现了正常腮腺上皮状态，另外两个是PA特有的上皮细胞亚群。此外，CD36+ 肌上皮细胞是PA的肿瘤起始细胞（tumour-initiating cells，TICs），并且受PI3K-AKT通路的控制。针对PI3K-AKT通路的治疗可以显著抑制CD36+肌上皮细胞衍生的肿瘤球和PA类器官的生长。

3转录组学分析鉴定受周围动脉疾病影响的缺血性肌肉卫星细胞中与铁死亡相关的基因特征

Transcriptomic profiling identifies ferroptosis-related gene signatures in ischemic muscle satellite cells affected by peripheral artery disease

Arteriosclerosis, Thrombosis, and Vascular Biology; IF:8.700; DOI: 10.1161/ATVBAHA.123.319518

内容概要：利用scRNA-seq研究了外周动脉疾病（peripheral artery disease，PAD）患者的肌肉卫星细胞的转录组谱系，发现铁死亡（ferroptosis）是导致PAD肌肉病理的一种可能的通路，针对ferroptosis的治疗可能是减轻PAD肌肉病理的一种新的治疗策略。

4癌干细胞标记基因CXCR4在胃癌生长和转移中的调控作用

The regulatory role of cancer stem cell marker gene CXCR4 in the growth and metastasis of gastric cancer

NPJ Precision Oncology; IF:7.900; DOI: 10.1038/s41698-023-00436-2

内容概要：通过scRNA-seq和bulk RNA-seq，发现C4细胞簇可能是癌干细胞，并且CXCR4被确定为癌干细胞的标记基因。高表达CXCR4的胃癌患者生存率较低。CXCR4的敲除抑制了癌干细胞的恶性表型，减少了小鼠的肿瘤发生和肝转移。

5流感病毒的转录和子代的产生在单细胞中的相关性很低

Influenza virus transcription and progeny production are poorly correlated in single cells

eLife; IF:7.700; DOI: 10.7554/eLife.86852

内容概要：通过在病毒基因组中嵌入核苷酸条形码，同时测量单个流感病毒感染细胞的转录和后代产生量，发现转录病毒mRNA最多的细胞并不产生最多的病毒后代，它们往往代表了未能表达流感NS基因的异常感染，表明病毒转录对于预测受感染细胞对后代群体的贡献相对较低。

6功能离散的细根在微生物组装、微生物功能潜力和产生的代谢物方面存在差异

Functionally discrete fine roots differ in microbial assembly, microbial functional potential, and produced metabolites

Plant, Cell and Environment; IF:7.300; DOI: 10.1111/pce.14705

内容概要：通过对四种温带树种的细根进行采样和分类，在空间水平上发现吸收和输送细根的细菌和真菌存在差异。同时，吸收细根和输送细根的根际和根面微生物组成也存在差异。这些结果强调了在研究根际微生物关系时，需要考虑细根功能的重要性，并强调了不同根际微生物组分之间的宿主选择压力的差异。

7宿主源性生长因子促进ERK磷酸化和MCL1表达，提高骨肉瘤细胞在转移性肺部定植期间的存活率

Host-derived growth factors drive ERK phosphorylation and MCL1 expression to promote osteosarcoma cell survival during metastatic lung colonization

Cellular Oncology; IF:6.600; DOI: 10.1007/s13402-023-00867-w

内容概要：研究了骨肉瘤细胞在肺转移过程中的生存机制，发现宿主细胞产生的生长因子可以促进MAPK通路的活化和MCL1表达，从而增强肿瘤细胞的生存能力。通过scRNA-seq和药物抑制实验验证了这些发现，并提出MCL1是治疗骨肉瘤肺转移的潜在靶点。

8综合单细胞转录组分析揭示甲状腺癌中的免疫抑制景观

Integrative single-cell transcriptome analysis reveals immune suppressive landscape in the anaplastic thyroid cancer

Cancer Gene Therapy; IF:6.400; DOI: 10.1038/s41417-023-00663-6

内容概要：通过单细胞转录组分析，发现耗竭CD8+ T细胞和M2巨噬细胞的浸润水平增加，而NK细胞、B细胞和M1巨噬细胞的浸润水平降低。CD8+ T细胞、γδ T细胞和NK细胞的细胞毒性降低，LAG3、PD1、HAVCR2和TIGIT等免疫检查点分子在甲状腺癌（anaplastic thyroid cancer，ATC）中高表达。这些发现有助于理解乳头状甲状腺癌（papillary thyroid carcinoma，PTC）和ATC中的肿瘤免疫微环境，为ATC特异性的免疫抑制因素提供了见解。

9调节性T细胞的单细胞转录组学揭示免疫衰老的特征和轨迹

Single-cell transcriptomics of Treg reveals hallmarks and trajectories of immunological aging

Journal of Leukocyte Biology; IF:5.500; DOI: 10.1093/jleuko/qiad104

内容概要：通过单细胞转录组学技术，发现CD4+ 调节性T细胞（regulatory T cells，Treg）在老化过程中表现出动态变化的转录效应标志，包括增加的促炎性Treg、减少的前体细胞、增加的未成熟和成熟的滤泡调节性T细胞（T follicular regulatory cells，Tfr）以及与代谢疾病相关的脂肪组织特异性Treg等。提出了Tfr介导的免疫功能障碍的潜在机制，并揭示了Treg老化的时空轨迹，为未来恢复衰老免疫系统的治疗提供目标。

10scRNA-seq揭示晚期非小细胞肺癌上皮细胞的转录组特征

Transcriptome characteristics of epithelial cells from advanced non-small cell lung cancer were revealed by single-cell RNA sequencing

Environmental Toxicology; IF:4.500; DOI: 10.1002/tox.23960

内容概要：通过对肺腺癌（lung adenocarcinoma，LUAD）患者的scRNA-seq数据进行分析，筛选出与免疫浸润和生存时间相关的差异表达基因（differentially expressed genes，DEGs），并预测了转录因子。研究发现，TPI1是LUAD的新生物标志物，MXD3和GATA4是调节LUAD增殖的潜在转录因子，这些结果有望为LUAD的分子机制和个体化治疗提供新的思路。

11scRNA-seq的SARS-CoV-2亚基因组mRNA的明确检测

Unambiguous detection of SARS-CoV-2 subgenomic mRNAs with single-cell RNA sequencing

Microbiology Spectrum; IF:3.700; DOI: 10.1128/spectrum.00776-23

内容概要：通过比较不同的scRNA-seq文库制备方法，发现了可以最大化检测到病毒亚基因组mRNA表达的方法，并且这种方法可以在单个感染细胞中高分辨率地研究病毒RNA的表达模式，从而有助于深入了解病毒的致病机制。

12单细胞转录组学揭示肝硬化中HSCs的激活过程和核心驱动基因

Unraveling the activation process and core driver genes of HSCs during cirrhosis by single-cell transcriptome

Experimental Biology and Medicine; IF:3.200; DOI: 10.1177/15353702231191109

内容概要：通过单细胞转录组数据分析，深入探究了肝星状细胞（hepatic stellate cells，HSCs）的激活过程，发现了HSCs向肌成纤维细胞分化的关键基因。同时，通过细胞间通讯分析，发现了HSCs从不活跃到激活状态的主要调节因子。这些结果为发现肝硬化的合理治疗靶点提供了研究策略和重要信息。

《时空日报》是华大时空基于时空云平台STOmics Cloud的StereoCopilot功能板块，推出的聚焦于时空组学领域学术前沿的栏目。该栏目以实时、精准追踪时空组学前沿为目标，共享最新时空知识，助力生命科学和临床医学发展。

审校 | 沙金

题图 | 彭卫

排版 | 小飞鱼

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