时空日报 | 单细胞多组学分析揭示由HNF1A驱动的与糖尿病相关的β细胞异质性

大家好，欢迎观看《时空日报》第52期。本期追踪到时空/单细胞组学相关研究文章共计5篇。以下是应用时空云平台STOmics Cloud的StereoCopilot模块生成的文章概要，并辅以人工审核，供了解参考。

1单细胞多组学分析揭示由HNF1A驱动的与糖尿病相关的β细胞异质性

Single cell multiomic analysis reveals diabetes-associated β-cell heterogeneity driven by HNF1A

Nature Communications; IF:16.600; DOI: 10.1038/s41467-023-41228-3

内容概要：通过整合人胰岛的单细胞转录组、单核染色质可及性和细胞类型特异性三维基因组数据，发现了2型糖尿病（type II diabetes，T2D）相关的β细胞异质性，且HNF1A是同一供体的β细胞之间内部异质性的主要驱动因素。还开发了一种计算方法，明确了单个β细胞之间的内部和外部异质性，反映了T2D发病的不同机制。

2Notch和视黄酸信号在Nkx2-5下游调节心内膜细胞向巨噬细胞分化

Notch and retinoic acid signals regulate macrophage formation from endocardium downstream of Nkx2-5

Nature Communications; IF:16.600; DOI: 10.1038/s41467-023-41039-6

内容概要：通过scRNA-seq数据的信号网络分析，发现Notch和视黄酸（retinoic acid，RA）信号通路在Nkx2-5缺失的心内膜细胞中显著下调，Nkx2-5-Notch轴对于产生血源性和心内膜垫细胞至关重要，而通过Dhrs3表达抑制RA信号通路在进一步分化为巨噬细胞方面发挥重要作用。

3中性粒细胞金属蛋白酶驱动的脾脏损伤阻碍了锥虫病的感染控制

Neutrophil metalloproteinase driven spleen damage hampers infection control of trypanosomiasis

Nature Communications; IF:16.600; DOI: 10.1038/s41467-023-41089-w

内容概要：通过scRNA-seq分析Mmp8/9阳性的三级颗粒标志物鉴定出最大的未成熟亚群。在感染期间，这些酶在缺乏足够的TIMP抑制活性的情况下消化细胞外基质成分，从而驱动脾脏滤泡结构的重塑。中性粒细胞消耗可以防止器官损伤，增加浆细胞数量并延长宿主生存时间。揭示了锥虫感染引起的中性粒细胞活化是破坏维持有效适应性免疫反应所需的次级淋巴结构的主要因素。

4功能不同的癌相关成纤维细胞亚群在鳞状细胞癌中建立肿瘤促进环境

Functionally distinct cancer-associated fibroblast subpopulations establish a tumor promoting environment in squamous cell carcinoma

Nature Communications; IF:16.600; DOI: 10.1038/s41467-023-41141-9

内容概要：通过分析男性健康皮肤、角膜上皮内上皮瘤（Bowen's disease，BD）和鳞状细胞癌的单细胞转录组，发现了免疫调节和基质重塑的癌相关成纤维细胞（cancer-associated fibroblasts，CAFs）亚型，这些亚型可能来自于促炎细胞和间充质成纤维细胞。这些CAFs亚型在前癌病变中几乎不存在，并与不同的细胞类型相互作用，建立了促肿瘤微环境。

5Trackplot：一种用于基因组数据组合分析的灵活工具包

Trackplot: A flexible toolkit for combinatorial analysis of genomic data

PLoS Computational Biology; IF:4.300; DOI: 10.1371/journal.pcbi.1011477

内容概要：介绍了一种名为Trackplot的Python工具包，用于生成可编程和交互式的基于Web的出版质量可视化。与现有的生成sashimi图的程序版本相比，Trackplot提供了一个灵活的平台，可从各种来源（包括具有功能域映射的基因注释、通过scRNA-seq和长读取测序鉴定的异构体结构、以及染色质可及性和架构）直观地解释基因组数据，而无需任何预处理，并且还为输出文件格式提供广泛的灵活性，以满足主要期刊的要求。

《时空日报》是华大时空基于时空云平台STOmics Cloud的StereoCopilot功能板块，推出的聚焦于时空组学领域学术前沿的栏目。该栏目以实时、精准追踪时空组学前沿为目标，共享最新时空知识，助力生命科学和临床医学发展。

审校 | 沙金

题图 | 彭卫

排版 | 小飞鱼

打赏