时空日报 | 免疫检查点阻断剂诱导原发性和转移性脑肿瘤微环境的明显改变

大家好，欢迎观看《时空日报》第50期。本期追踪到时空/单细胞组学相关研究文章共计17篇。以下是应用时空云平台STOmics Cloud的StereoCopilot模块生成的文章概要，并辅以人工审核，供了解参考。

1免疫检查点阻断剂诱导原发性和转移性脑肿瘤微环境的明显改变

Immune checkpoint blockade induces distinct alterations in the microenvironments of primary and metastatic brain tumors

Journal of Clinical Investigation; IF:15.900; DOI: 10.1172/JCI169314

内容概要：通过scRNA-seq，发现免疫检查点抑制剂（immune checkpoint blockade，ICB）比复发性胶质母细胞瘤（recurrent glioblastoma，rGBM）导致更显著的T细胞向脑转移瘤（brain metastases，BrM）的浸润。这些BrM浸润的T细胞表现出肿瘤特异性表型，并显示出更大的活化/耗竭特征。此外，还利用多重免疫荧光和空间转录组学揭示了ICB减少了血管周围间隙中明显的CD206+巨噬细胞群，可能调节T细胞进入BrM。

2皮层微结构梯度捕获颞叶癫痫患者记忆网络重组

Cortical microstructural gradients capture memory network reorganization in temporal lobe epilepsy

Brain; IF:14.500; DOI: 10.1093/brain/awad125

内容概要：利用一种新的概念和分析方法来评估基于高分辨率MRI分析的皮层区域之间微结构分化的空间梯度。结果显示这种梯度在颞叶癫痫（temporal lobe epilepsy，TLE）中的重组是由边缘旁皮层和剩余皮层之间的微结构分化减少所驱动的，同侧颞极和背外侧前额叶区域的显著异常。此外，与疾病相关的转录组学显示该研究结果对TLE（而并非其他常见的癫痫综合征）具有特异性。

3乙型肝炎病毒相关肝细胞癌中病毒特异性肿瘤浸润T细胞的表观遗传学调控

Epigenetic regulation of HBV-specific tumor-infiltrating T cells in HBV-related HCC

Hepatology; IF:13.500; DOI: 10.1097/HEP.0000000000000369

内容概要：通过Ti-ATAC-seq技术绘制了肝细胞癌（hepatocellular carcinoma，HCC）患者αβ T细胞在整体细胞和单细胞水平的T细胞受体库、表观基因组和转录组图谱。研究发现，54%的效应性和记忆性乙型肝炎病毒（hepatitis B virus，HBV）特异性T细胞是由转录因子基序激活蛋白1、NFE2和BACH1/2调控的，这些转录因子基序被报道与延长患者的无复发生存期有关。此外，HBV相关的肿瘤浸润调节细胞与患者的病毒滴度升高和不良预后相关。

4小胶质细胞对人类神经发育障碍的病理贡献

Microglial contribution to the pathology of neurodevelopmental disorders in humans

Acta Neuropathologica; IF:12.700; DOI: 10.1007/s00401-023-02629-2

内容概要：该综述回顾了支持小胶质细胞参与基本神经发育过程的证据，证明了小胶质细胞参与自闭症谱系障碍和精神分裂症的病因学。重点强调了最近的技术实现了在单细胞分辨率下阐明小胶质细胞与神经发育障碍之间的联系。此外，还回顾了目前在神经发育障碍中针对小胶质细胞的最有希望的治疗方法，并提出了未来考虑的新途径。

5激活素A介导的癌相关成纤维细胞和巨噬细胞的极化使皮肤癌对检查点免疫治疗具有耐受性

Activin A-mediated polarization of cancer-associated fibroblasts and macrophages confers resistance to checkpoint immunotherapy in skin cancer

Clinical Cancer Research; IF:11.500; DOI: 10.1158/1078-0432.CCR-23-0219

内容概要：通过结合空间和单细胞转录组学，发现癌相关成纤维细胞（cancer-associated fibroblasts，CAFs）和邻近的巨噬细胞显示出激活素A介导的转录重编程向细胞外基质重塑的方向发展，表明其积极参与CD8 T细胞排斥。在独立的人类皮肤癌数据集中，激活素A条件性CAFs和巨噬细胞与免疫检查点抑制剂耐药相关。

6临床上的依赖于系统和环境的生物膜特征

What's in a name? Characteristics of clinical biofilms

FEMS microbiology Reviews; IF:11.300; DOI: 10.1093/femsre/fuad050

内容概要：生物膜内的空间和时间变异性因系统或环境的不同而有很大差异。尽管所有这些可变的条件会产生非常多样化的结构，但它们都被称为生物膜。该综述讨论了临床生物膜可能不同于实验室生长和环境中发现的生物膜，并强调了需要全面了解用于将感染中的细菌定义为临床生物被膜的特定性状。

7炎症微环境：急性髓性白血病中的一把双刃剑

The inflamed niche: a double-edged sword in AML?

Blood Cancer Discovery; IF:11.200; DOI: 10.1158/2643-3230.BCD-23-0125

内容概要：通过单细胞转录组学分析，发现急性髓性白血病（acute myeloid leukemia，AML）患者中的干细胞和基质细胞群体向与降低复发风险相关的促炎状态倾斜。并提示在AML中，发炎的骨髓间充质基质细胞可能是一把双刃剑，其阻碍正常造血（而AML细胞则表现出相对更强的抗逆性），但也使AML细胞更容易受到化疗或免疫攻击。

8间充质样肿瘤细胞和肌纤维母细胞癌相关成纤维细胞与肾透明细胞癌的进展和免疫治疗反应有关

Mesenchymal-like tumor cells and myofibroblastic cancer-associated fibroblasts are associated with progression and immunotherapy response of clear cell renal cell carcinoma

Cancer Research; IF:11.200; DOI: 10.1158/0008-5472.CAN-22-3034

内容概要：通过scRNA-seq发现肾透明细胞癌（clear cell renal cell carcinoma，ccRCC）患者和其癌旁正常组织具有不同的转录特征，代表上皮-间质转化梯度和一种新的炎症状态，突出了ccRCC癌细胞的上皮-间充质可塑性及其与肌纤维母细胞癌相关成纤维细胞的关系，后者是与不良结果和免疫检查点抑制剂耐药相关的微环境的重要组成部分。

9对人类皮质球体的纵向转录组学分析发现产前大脑中的轴突失调是精神分裂症遗传风险的介质

Longitudinal transcriptomic analysis of human cortical spheroids identifies axonal dysregulation in the prenatal brain as a mediator of genetic risk for schizophrenia

Biological Psychiatry; IF:10.600; DOI: 10.1016/j.biopsych.2023.08.017

内容概要：通过空间水平分析发现诱导多能干细胞来源的皮质球体（induced pluripotent stem cell-derived cortical spheroids，hCSs）的转录和细胞结构与产后10-24周的胎儿大脑非常相似，与大脑皮质的额叶区域有最强的空间重叠，并确定了轴突基因的持续失调是精神分裂症（Schizophrenia，SCZ）的早期危险因素，为遗传易感性对SCZ神经发育起源的影响提供了新的见解。

10有氧运动改变黑色素瘤微环境并调节ERK5 S496磷酸化

Aerobic exercise alters the melanoma microenvironment and modulates ERK5 S496 phosphorylation

Cancer Immunology Research; IF:10.100; DOI: 10.1158/2326-6066.CIR-22-0465

内容概要：通过scRNA-seq和流式细胞术展示了运动调节肿瘤浸润的CD8+ T细胞和髓系细胞的数量和表型，揭示了运动诱导的免疫应答的肿瘤特异性差异，并表明通过S496残基的ERK5信号在运动诱导的肿瘤微环境变化中起着至关重要的作用。

11单细胞转录组学分析揭示暴露于聚苯乙烯纳米塑料的斑马鱼肝细胞群体中响应基因和细胞通讯模式的异质性

Single-cell transcriptomic analysis reveals heterogeneity of the patterns of responsive genes and cell communications in liver cell populations of zebrafish exposed to polystyrene nanoplastics

Science of the Total Environment; IF:9.800; DOI: 10.1016/j.scitotenv.2023.164082

内容概要：通过将scRNA-seq与毒理学效应相结合，研究聚苯乙烯纳米塑料（polystyrene-nanoplastics，PS-NPs）暴露后斑马鱼肝脏细胞群体的异质性响应模式，鉴定了高灵敏度和特异性的响应细胞群体，揭示了实质细胞和非实质细胞之间高度特化的相互作用，拓展了目前对PS-NPs毒性的认识，而且突出了细胞异质性在环境毒理学中的重要性。

12组蛋白甲基转移酶SETDB2在腹主动脉瘤形成过程中调节组织金属蛋白酶抑制剂-基质金属蛋白酶的活性

The histone methyltransferase SETDB2 modulates tissue inhibitors of metalloproteinase-matrix metalloproteinase activity during abdominal aortic aneurysm development

Annals of Surgery; IF:9.000; DOI: 10.1097/SLA.0000000000005963

内容概要：利用scRNA-seq发现SETDB2在主动脉单核/巨噬细胞和小鼠腹主动脉瘤（abdominal aortic aneurysms，AAA）模型中表达上调。巨噬细胞特异性敲除SETDB2（Setdb2f/fLyz2Cre+）可通过抑制血管炎症、巨噬细胞浸润和弹性蛋白断裂保护小鼠AAA形成。这些发现确定了SETDB2是AAAs中巨噬细胞介导的蛋白酶活性的关键调节因子，并确定了SETDB2是AAAs管理的一个机制靶点。

13转移性前列腺癌患者原发肿瘤的空间全转录组表达谱

Spatial whole transcriptome profiling of primary tumor from patients with metastatic prostate cancer

International Journal of Cancer; IF:6.400; DOI: 10.1002/ijc.34708

内容概要：使用空间转录组学探索转移性疾病患者原发前列腺肿瘤内的空间基因表达异质性，发现一个活性可能受到附近调节性T细胞损害的T细胞群，其可能介导了侵袭性的疾病表型，并表明原发TME导致转移扩散的侵袭性特征。还发现癌症相关成纤维细胞和M2型巨噬细胞之间存在着显著的配体-受体相互作用，从而激活了免疫-基质交联。此外，还鉴定了一个与免疫相关基因特征下调相关的恶性细胞群体，提示了预后生物标志物的潜力。

14小细胞肺癌亚型的分子分型：特征、预后因素和临床转化

Molecular classification of small cell lung cancer subtypes: characteristics, prognostic factors, and clinical translation

Chinese Medical Journal; IF:6.100; DOI: 10.1097/CM9.0000000000002693

内容概要：该综述回顾和总结了基于小细胞肺癌（small cell lung cancer，SCLC）关键转录因子的新兴分子分型的关于肿瘤病理生理学、转移、免疫微环境和获得性治疗抵抗的信息，并反映了SCLC各种表型的肿瘤异质性。此外，提出了基因组学和单细胞测序分析的进展进一步揭示了该疾病的高度肿瘤内异质性和可塑性，并讨论了SCLC的可能发病机制。

15滚环转录和CRISPR/Cas12a辅助的多功能双环级联扩增用于灵敏检测尿嘧啶-DNA糖基化酶

Rolling circle transcription and CRISPR/Cas12a-assisted versatile bicyclic cascade amplification assay for sensitive uracil-DNA glycosylase detection

Talanta; IF:6.100; DOI: 10.1016/j.talanta.2023.124684

内容概要：该研究展示了一种基于滚环转录（rolling circle transcription，RCT）/CRISPR/Cas12a辅助的双环级联放大策略的灵敏的尿嘧啶-DNA糖基化酶（uracil-DNA glycosylase，UDG）荧光检测方法。该方法可以实现单细胞水平分析A549细胞内源性UDG。更重要的是，通过合理地改变DNA底物探针中的识别位点，该方法可以扩展到分析其他DNA糖基化酶（hAAG和Fpg），从而为DNA糖基化酶相关的临床诊断和生物医学研究提供有效的工具。

16慢性乙醇暴露对雄性和雌性大鼠中枢杏仁核兴奋性和抑制性传递的不同群体特异性影响

Divergent population-specific effects of chronic ethanol exposure on excitability and inhibitory transmission in male and female rat central amygdala

Journal of Neuroscience; IF:5.300; DOI: 10.1523/JNEUROSCI.0717-23.2023

内容概要：通过将电生理学与群体标记物和GABAA受体亚基的单细胞基因表达分析相结合发现慢性乙醇暴露和戒断在转录和蛋白水平上引起GABAA受体亚基表达的全局性变化，雌性杏仁核中央核（central nucleus of the amygdala，CeA）神经元兴奋性增加，雄性CeA神经元抑制性突触传递增加。并确定了对乙醇暴露表现出不同敏感性的CeA群体，这可能是导致酒精使用障碍易感性的性别差异的原因。

17单细胞进化分析揭示小细胞肺癌可塑性的驱动因素和化疗耐药的介质

Single-cell evolutionary analysis reveals drivers of plasticity and mediators of chemoresistance in small cell lung cancer

Molecular Cancer Research: MCR; IF:5.200; DOI: 10.1158/1541-7786.MCR-22-0881

内容概要：通过小细胞肺癌（small cell lung cancer，SCLC）的时间和单细胞分析，研究SCLC异种移植和自体SCLC模型中的肿瘤起始和化疗耐药性，发现了一个高表达的对肿瘤生长至关重要的AP-1网络基因的早期肿瘤细胞群体，并验证了癌睾丸抗原（cancer testis antigens，CTA）PAGE5和GAGE2A是人SCLC化疗耐药的介质。CTAs已成功靶向其他肿瘤类型，并可能成为SCLC靶向治疗的一种途径。

《时空日报》是华大时空基于时空云平台STOmics Cloud的StereoCopilot功能板块，推出的聚焦于时空组学领域学术前沿的栏目。该栏目以实时、精准追踪时空组学前沿为目标，共享最新时空知识，助力生命科学和临床医学发展。

审校 | 沙金

题图 | 彭卫

排版 | 小飞鱼

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