时空日报 | 单细胞空间联合分析揭示儿童脑肿瘤的细胞起源

大家好，欢迎观看《时空日报》第29期。本期追踪到时空/单细胞组学相关研究文章共计5篇。以下是应用时空云平台STOmics Cloud的StereoCopilot模块生成的文章概要，并辅以人工审核，供了解参考。

1、儿童脑肿瘤起源于发育中的小脑

Mapping pediatric brain tumors to their origins in the developing cerebellum

Neuro-Oncology; IF: 15.900; DOI: 10.1093/neuonc/noad124

内容概要：通过使用基因集变异分析、相关性和单细胞匹配技术，将4,416个肿瘤数据集与176,645个正常发育的人类小脑细胞进行深入比较，发现星形胶质细胞小脑谱系可能是后颅窝室管膜瘤的起源，而少突刺刷状细胞和颗粒细胞谱系是SHH和Group 3/4髓母细胞瘤的起源；放射性诱导的胶质瘤来自小脑胶质谱系，与原发性髓母细胞瘤有不同的起源。该研究还确定了在起源小脑谱系中表达的肿瘤基因和肿瘤特异性基因，这两个基因集都是未来研究的有前途的治疗靶点。因此，该研究认为肿瘤中的个体细胞可能类似于沿着受限制的发育谱系的不同细胞类型。

2、糖尿病肾病患者肾小球新生血管的分子特征

Molecular Signatures of Glomerular Neovascularization in a Patient with Diabetic Kidney Disease

Clinical Journal of the American Society of Nephrology; IF: 9.800; DOI: 10.2215/CJN.0000000000000276

内容概要：介绍了肾脏精准医学项目（Kidney Precision Medicine Project，KPMP）的研究目标和方法，即通过对患有急性肾损伤（acute kidney injury，AKI）或慢性肾病（chronic kidney disease，CKD）的参与者的肾活检进行分子研究，创建肾脏组织图谱，定义疾病亚组，并确定新疗法的关键细胞、通路和靶点。通过对一位患有糖尿病肾病的66岁女性进行KPMP肾活检，发现她的肾组织存在广泛的毛细血管周围新生血管，这一结果通过三维免疫荧光成像技术得到了证实。空间转录组学分析表明，这些新生血管区域的基因表达呈现出增加的血管生成信号、内皮细胞增殖和存活、新血管成熟和稳定等特征。这一分子相关性为糖尿病患者肾脏疾病的发展提供了新见解。

3、miR-425-5p通过染色质修饰调节Crebzf抑制卵母细胞衰老

MiR-425-5p suppression of Crebzf regulates oocyte aging via chromatin modification

GeroScience; IF: 5.600; DOI: 10.1007/s11357-023-00875-6

内容概要：通过高通量测序，发现miR-425-5p是自然衰老和氧化应激下唯一升高的miRNA，而Crebzf是miR-425-5p在老龄卵母细胞中的介导因子。这些发现为miR-425-5p抑制剂作为治疗女性不孕症的潜在药物提供了新的见解，并突出了miR-425-5p抑制Crebzf通过调节一组组蛋白甲基转移酶mRNA来抑制GV卵母细胞发育转换的优雅机制。

4、scRNA-seq和bulk RNA-seq的整合构建预测肝细胞癌预后和免疫治疗反应的干细胞相关特征

Integration of scRNA-seq and bulk RNA-seq constructs a stemness-related signature for predicting prognosis and immunotherapy responses in hepatocellular carcinoma

Journal of Cancer Research and Clinical Oncology; IF: 3.600; DOI: 10.1007/s00432-023-05202-2

内容概要：研究旨在建立一种与干细胞相关的预后模型，以预测肝细胞癌（hepatocellular carcinoma，HCC）患者的预后和免疫治疗反应。该模型基于scRNA-seq和bulk RNA-seq的结果，筛选出10个基因标志物。高风险组的患者预后较差，该模型可作为独立的预后指标。此外，化疗药物敏感性和免疫治疗反应分析表明，高风险组患者更有可能从这些治疗中受益。

5、具有高肺和脑转移潜力的低转移性黑色素瘤细胞系及其亚克隆的scRNA-seq揭示肿瘤转移的基因表达特征及预后意义

Single-cell RNA sequencing of a poorly metastatic melanoma cell line and its subclones with high lung and brain metastasis potential reveals gene expression signature of metastasis with prognostic implication

Experimental Dermatology；IF: 3.600; DOI: 10.1111/exd.14900

内容概要：通过对一个转移能力较差的黑色素瘤细胞系（WM239A）及其高肺和脑转移潜力的亚克隆（113/6-4L、131/4-5B1和131/4-5B2）进行scRNA-seq分析，鉴定出3个不同的细胞群：“原代”（Primary）、“肺”（Lung）和“脑”（Brain）亚群，识别出具有预后意义的黑色素瘤转移标志物，并在原代细胞系中发现了潜在的促转移亚克隆。

审校 | Lina

题图 | 彭卫

排版 | 小飞鱼

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