时空日报 | Stereo-seq助力揭示全球首个猕猴全脑皮层三维单细胞图谱

大家好，欢迎观看《时空日报》第13期。本期追踪到时空/单细胞组学相关研究文章共计6篇。以下是应用时空云平台STOmics Cloud的StereoCopilot模块生成的文章概要，并辅以人工审核，供了解参考。

1、成年猕猴全皮层单细胞分辨率空间图谱揭示细胞组织模式

Single-cell spatial transcriptome reveals cell-type organization in the macaque cortex

Cell; IF: 64.500; DOI: 10.1016/j.cell.2023.06.009

内容概要：通过对成年雄性食蟹猕猴的大脑左半球进行冠状切片，结合华大自主研发的高分辨率时空组学技术Stereo-seq和snRNA-seq，绘制了全球首个非人灵长类全脑皮层空间单细胞图谱，揭示了猕猴大脑皮层各细胞类型具有脑区和层依赖的定位模式，并特别指出各种细胞类型的区域分布与视觉系统和体感系统中各脑区的层级结构之间的关系。跨物种比较分析进一步揭示了在L4层富集的灵长类特异性细胞类型。

2、什么、哪里及如何：植物的翻译调控和翻译景观

What, where, and how: Regulation of translation and the translational landscape in plants

The Plant Cell; IF: 11.600; DOI: 10.1093/plcell/koad197

内容概要：首先概述了植物中的mRNA翻译，然后讨论该领域的实验方法和最新发现，重点关注未注释的翻译事件和通过mRNA上的顺式调控元件、反式作用因子进行的翻译控制，以及通过3个保守的翻译调节因子TOR、SnRK1和GCN2的信号网络。最后，简要介绍了翻译控制中mRNA的空间调控。

3、蛋白质复合物结合调控染色质微相分离

Regulation of chromatin microphase separation by binding of protein complexes

eLife; IF: 8.713; DOI: 10.7554/eLife.82983

内容概要：该研究分析了RNA聚合酶II（RNAP）与染色质的关联，发现其呈现核-壳结构，类似于微相分离，其中核由密集染色质组成，壳由密度较低的RNAP和染色质组成。因此，提出了染色质的最小模型，并发现影响染色质结合蛋白复合物结合强度的遗传修饰可能会调节染色质所经历的溶剂质量，并调节基因组的物理组织。

4、多样性近交系小鼠骨髓基质细胞的单细胞转录组学：群体水平scRNA-seq研究模型

Single-cell transcriptomics of bone marrow stromal cells in Diversity Outbred mice: a model for population-level scRNA-seq studies

Journal of Bone and Mineral Research; IF: 6.200; DOI: 10.1002/jbmr.4882

内容概要：使用scRNA-seq技术对来自5只多样性近交系小鼠的骨髓基质细胞进行转录组分析，确认了骨髓基质细胞在体外培养条件下结合scRNA-seq可作为一种可扩展且具有生物学信息的模型，用于生成大规模群体中间充质细胞谱系的细胞类型特异性转录组学分析。

5、使用SEAGAL揭示空间基因关联：用于空间转录组数据分析和可视化的Python包

Unravelling spatial gene associations with SEAGAL: a python package for spatial transcriptomics data analysis and visualization

Bioinformatics (Oxford, England); IF: 5.800; DOI: 10.1093/bioinformatics/btad431

内容概要：介绍了一种名为SEAGAL的Python软件包（https://github.com/linhuawang/SEAGAL），用于检测和可视化单基因和基因集水平的空间基因相关性。该软件包可接受基因表达和对齐的空间坐标作为输入，允许分析和可视化基因的空间相关性和细胞类型的共定位。输出可以作为火山图和热图进行可视化，提供了一种易于使用但全面的挖掘空间基因相关性的工具。

6、通过模块化TCR表达从scRNA-seq数据中鉴定人类γδ T细胞

Human γδ T cell identification from single-cell RNA sequencing datasets by modular TCR expression

Journal of Leukocyte Biology; IF: 5.500; DOI: 10.1093/jleuko/qiad069

内容概要：开发了一种基于常量和变量TRA/TRB和TRD基因的模块化基因表达的TCR模块评分策略，用于在大型scRNA-seq数据集中准确识别人类γδ T细胞。该策略在不同组织和不同亚型的γδ T细胞数据集中表现稳定，因此，可将基于TCR基因模块得分的分析方法作为识别和重新分析5'-end scRNA-seq数据集中γδ T细胞的标准化工具。

审校 | Lina

题图 | 彭卫

排版 | 小飞鱼

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