快报 | 利用基因组和空间分析研究上海市结核病传播模式：一项为期10年的前瞻性全人群基因组流行病学研究

作者：李蒙，路丽苹，江琦，江渊，杨崇广，李静，张阳奕，邹金燕，李勇，戴文琦，洪建军，Howard Takiff，沈鑫，郭晓芹，袁政安，高谦

第一作者及单位：李蒙，复旦大学基础医学院教育部/卫健委/医科院医学分子病毒学重点实验室

路丽苹，上海市松江区疾病预防控制中心结核病防治科

通信作者及单位：高谦，复旦大学基础医学院教育部/卫健委/医科院医学分子病毒学重点实验室

袁正安，上海市疾病预防控制中心

郭晓芹，上海市松江区疾病预防控制中心

Genotypic and spatial analysis of transmission dynamics of tuberculosis in Shanghai， China: a 10-year prospective population-based surveillance study

The Lancet Regional Health - Western Pacific，2023，38: 100833. 

doi:10.1016/j.lanwpc.2023.100833

研究背景

尽管我国在结核病防控上取得了显著成绩，但目前结核病疫情下降速率缓慢，尤其是在大城市。笔者旨在通过长期的结核病基因组流行病学研究揭示特大城市地区结核病的传播模式以及动态变化，为制定有效控制结核病策略提供理论依据。

方法

2011年1月1日至2020年12月31日，笔者在上海市松江区开展了基于人群的前瞻性结核病基因组流行病学研究。对研究期间所有培养阳性的结核分枝杆菌临床菌株进行全基因组测序；以菌株间SNP小于等于12判断基因组成簇，并利用logistic回归分析成簇的风险因素；利用phybreak推断每个基因簇内的传播关系；计算患者之间家庭住址间的直线距离，并分析与菌株之间SNP距离的关系；绘制核密度图分析患者的空间分布热点。

结果

研究期间在松江共收集2299例培养阳性菌株，排除未复苏、NTM和测序质量差的菌株，最后有2212株结核分枝杆菌临床菌株及其对应患者纳入本研究，患者中74.7% (1652/2212)是流动人口；基于全基因组数据分析发现松江区成簇率为25.2% (558/2212)；以3年的患者为一个样本集，计算了每3年的成簇率，发现研究期间成簇率未发生显著改变。成簇的风险因素分析发现在流动人口患者中男性(aOR=1.59， 95% CI：1.23～2.06)是成簇的高危人群，而在常住人口患者中年轻人(＜25岁: aOR=2.63，95%CI：1.11～6.27; 25～44岁: aOR=2.40，95%CI ：1.23～4.69)和从事体力劳动者(aOR=2.94，95%CI 1.47～5.85)是成簇的高危人群。传播方向分析表明77.9% (212/272)的传播分别发生在常住人口和流动人口患者内部，仅22.1% (60/272)的传播发生在常住人口和流动人口患者之间；而且更多由常住人口传播给流动人口：在常住人口作为指示病例的76次传播事件中，29次（38.2%）传播给流动人口；流动人口作为指示病例的196次传播事件中，31次（15.5%）传播给常住人口（P＜0.001）。空间分析发现，随着患者居住地之间距离增加，成簇风险迅速降低；超过一半的传播事件发生在居住相聚5km以上的患者之间。核密度图显示成簇患者与不成簇患者的空间热点基本一致，集中在松江区中部和东部，且研究期间患者空间热点分布没有显著改变。

结论

近期传播是松江区结核病疫情的重要来源，10年来松江区近期传播率和患者空间分布均未发生显著变化。这个结果提示松江区结核病控制必须采取新的措施，加强患者发现，阻断传播，才能进一步降低结核病疫情。

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供稿：高谦

编辑：于菲

审校：范永德

发布日期：2023-07-04