肿瘤二代测序（NGS）临床报告解读共识（2022）

基因变异

基因变异：包括单核苷酸变异（single-nucleotide variant, SNV/single-nucleotide polymorphism, SNP）、短片段插入/缺失突变（Indel）、重排（融合Fusion）、拷贝数变异（copy number variation, CNV）、其他复杂突变‍ 

NGS实验流程

基于NGS技术检测肿瘤体细胞变异的实验流程可概括为以下几个主要环节：样本采集及质量控制、DNA提取、文库制备、测序及基因组数据生成、数据分析。

而数据分析可进一步拆解为3个流程：变异识别（variant identification）、变异注释及过滤（variant annotation and prioritization）、变异的临床解读（interpretation of clinical significance）

体细胞变异注释及解读规则

临床变异解读需要基于严格的分级逻辑，整合公共数据库、文献中海量的信息（特别是变异-耐药敏感性信息）等建立基因变异的临床解读知识库。结合知识库，根据送检样本具体癌种信息、检出的基因变异信息，最终给出相匹配的临床意义和证据级别。

01、循证分级系统 

常用的循证分级系统包括：2017年美国分子病理学协会（Association for Molecular Pathology, AMP）/美国临床肿瘤学会（American Society of Clinical Oncology, ASCO）/美国病理学家协会（College of American Pathologists, CAP）联合制定的《体细胞变异解读指南》、2018年欧洲肿瘤内科学会（European Society for Medical Oncology, ESMO）制定的《分子靶点临床可操作性量表（ESMO Scale for Clinical Actionability of molecular Targets, ESCAT）》、纪念斯隆-凯特琳癌症中心（Memorial Sloan Kettering Cancer Center, MSKCC）制定的《精准医疗肿瘤数据库（Precision Oncology Knowledge Base, OncoKB）证据等级规则》

《体细胞变异解读指南》

体细胞变异在不同癌种中对应的药物敏感性证据分级：

A级, 美国食品药品监督管理局（Food and Drug Administration, FDA）批准或专业临床指南推荐

B级, 经具有足够统计学效能的临床研究证实、获得该领域专家共识

C级, 其他癌种中的A级证据（跨适应证用药）、或已作为临床试验的入组标准

D级, 临床病例报道或临床前证据支持

根据体细胞变异对特定肿瘤的诊断及预后价值分级：

A级, 专业指南中定义的特定肿瘤的诊断/预后因子

B级, 经具有足够统计学效能的临床研究证实其诊断/预后价值;

C级, 多项小型研究支持其诊断/预后价值; 

D级, 小型研究或个案报道提示其辅助诊断/预后价值（独立或联合其他标志物）

基因变异按照临床意义分类：

Ⅰ 类变异, 有重要的临床意义, 具有A级或B级证据

Ⅱ 类变异, 有潜在的临床意义, 具有C级或D级证据;

Ⅲ 类变异, 临床意义不明;

Ⅳ 类变异, 无害或可能无害

《分子靶点临床可操作性量表（ESMO Scale for Clinical Actionability of molecular Targets, ESCAT）》

基因变异分级

Ⅰ 级, 可用于常规临床决策的靶点,如乳腺癌的HER2扩增和非小细胞肺癌（non-small cell lung cancer, NSCLC）的EGFR敏感突变, 其中I-A级突变是基于前瞻性临床研究已有了显著生存获益的靶标突变类型; 

Ⅱ 级, 已有证据表明患者将受益于针对性靶向治疗, 但仍需更多数据证实，如PI3K通路中的AKT1、PTEN突变

Ⅲ 级, 在其他肿瘤类型（而非该患者肿瘤类型）中已证实临床获益的靶标性基因变异，如NSCLC以外肿瘤中的EGFR19del突变

Ⅳ 级, 仅有临床前证据支持靶标性的基因变异

Ⅴ 级, 有证据表明针对此类变异的靶向治疗可获得客观缓解, 但缺乏有临床意义的生存[无进展生存期（progression-free survival, PFS）或总生存期（overall survival, OS）]获益, 或可支持联合治疗策略

Ⅹ 级：已证实缺乏临床价值（而非“ 尚无证据支持” ）, 不应影响临床决策

《精准医疗肿瘤数据库（Precision Oncology Knowledge Base, OncoKB）证据等级规则》

对不同变异的药物预测价值进行证据分类

1/2级, FDA认可、或被认为是临床标准（standard of care, SOC）生物标志物, 可预测在特定疾病背景下对已获批药物反应的变异

3级, 基于对临床试验中待测目标药物的有希望的临床数据, 被认为可预测药物反应的变异

4级, 根据对临床试验中待测目标药物的令人信服的生物学证据, 被认为可预测药物反应的变异

02  NGS报告解读及临床决策

一些相关概念

cfDNA （Cell free DNA): 是指存在于人体血液循环中的、游离于细胞外的高度片段化DNA。在特定情况下（如肿瘤患者、孕妇、接受器官移植的患者等），一小部分来自“异源性”细胞的cfDNA（如肿瘤细胞、胎儿细胞、或供体细胞）可以作为基因检测的标志物。

ctDNA (circulating tumor DNA,ctDNA): 原发肿瘤或转移形成的新肿瘤上的细胞破裂掉下来的DNA片段，是一种具有特征性的肿瘤标志物。通过ctDNA的相关检测,可以检测到肿瘤在患者血液中的踪迹信息。

CTCs (circulating tumor cell): 在肿瘤形成早期或者从原发灶或转移灶脱落下来并存在于外周血液中，可以随血液循环在原发脏器或远处部位种植生长成为转移灶。

参考文献:

二代测序临床报告解读肿瘤学专家组. 肿瘤二代测序临床报告解读共识. 循证医学, 2022,22(2): 65-79.

参考文章：

《经验分享：肿瘤二代测序（NGS）临床报告解读共识（2022）》https://www.sohu.com/a/569655635_120554400

文章来源：李呆呆的学习笔记，订阅号若有侵权或转载限制请联系我们，我们将第一时间联系您并进行删除。  

编辑：青翠欲滴，校审：晨晨

打赏