肿瘤突变负荷(tumor mutation burden,TMB)定义为肿瘤样本中每百万DNA碱基突变的数量。
近日,美国病理学家协会(CAP)回报了2022年度下半年度cfDNA、TMB的室间质评结果,先声诊断皆满分通过,代表先声诊断在肿瘤领域的检测实力获国际权威认可。
全球107家实验室参与先声诊断满分通过CFDNA-B2022室间质评
精准肿瘤学时代,分子标志物检测指导下的肿瘤个体化治疗显著提高了患者的生存和生活质量。液体活检因其无创、便利、能实现动态监测等优势,在肿瘤管理方面极具潜力。外周血cfDNA(cell-free DNA)作为液体活检中应用最广泛的分析指标,半衰期较短(约5~150分钟),会随组织损伤、癌症和炎症反应等发生浓度变化,在疾病的早期诊断、预后、监测等方面具有重要潜在价值[1]。
先声诊断实验室已连续八次满分通过CAP cfDNA认证,标志着先声诊断采用NGS方法对携带低突变频率的液态活检样本的检测水平已达到国际一流水平。本次检测涉及BRAF、BRCA1、EGFR、ERBB2、IDH1、KRAS、MET、NRAS和PIK3CA。本次项目中需要被检测到的基因位点突变频率(Variant Allele Fraction,VAF)最低可至千分之五,是CAP PT各项目中突变频率最低、检出难度最大的一项。
CAP官方发布的结果 显示,参与的实验室全球总计10 7家,17家上报的结果呈现出假阴,10家因灵敏度或检出方法学差异 而检出假阳。 先声诊断此次采用 带有分子标签 ( UMI) 的建库方法,配合自主开发的经过多次临床验证的生信分析流程进行检测,成功 检出 所有突变 ,这充分印证了先声诊断质量管理体系、检测技术、数据分析的准确性已达到国际先进水准,其出具的检验报告具备全球可比 性 和互认性。
先声诊断实验室满分通过CAP CFDNA-B2022室间质评
仅10家采用TMB对照计算先声诊断满分通过TMB-B2022室间质评
肿瘤突变负荷(tumor mutation burden,TMB)定义为肿瘤样本中每百万DNA碱基突变的数量。TMB水平高的肿瘤,代表着肿瘤细胞中能被免疫系统识别的肿瘤新抗原数量可能越多,提示从PD-1/PD-L1免疫检查点抑制剂(ICIs)治疗中的获益越显著。TMB已被证明与黑色素瘤、非小细胞肺癌(NSCLC)等多种癌症的免疫治疗结果相关。
先声诊断实验室已连续两次顺利通过美国病理学家协会(CAP)组织的TMB室间质评。目前常采用NGS测序进行TMB评分,该方法需要提供配对样本检测并过滤胚系突变后才能获得较为准确的TMB值,依托于公共数据库进行突变过滤获取的结果显著偏高。无配对样本的单肿瘤组织测序方案,需要借助人种参考基因组数据库数据执行胚系突变信息过滤。由于可用的欧洲高加索人群参考基因组数据量远高于非欧洲黑人,这可能会引起偏倚,导致对非欧洲血统个体样本的TMB评估值偏大[2]。本次参评的全球实验室中只有少数10家实验室(10/63,15.9%)使用正常细胞进行TMB对照计算,而先声诊断正是其中之一。
《肿瘤突变负荷检测及临床应用中国专家共识(2020 年版)》指出,TMB检测需要采用超过300基因或覆盖率大于1Mb的NGS大panel产品进行,以保证数据的全面性、准确性。先声诊断在本次测评中使用自主研发的panel size约2.5Mb大小的泛癌种产品SimcereDx Onco551实体瘤精准用药检测全景版,结果与CAP官方全外显子测序(WES)检测出的TMB-H(20/Mb)一致,标志着先声诊断在实体瘤高通量测序领域的专业能力和质量管理水平再次获得权威机构的认可。
先声诊断实验室满分通过CAP TMB-B2022室间质评
先声诊断自主研发的NGS大Panel产品SimcereDx Onco551实体瘤精准用药检测全景版,在积累的大量临床样本中,以TMB值排序前20%所在的值作为高TMB阈值,以此来分类TMB结果。通过采集口腔拭子、外周血或正常的新鲜/切片组织,与肿瘤组织样本进行对照,全面检测肿瘤相关基因的点突变、插入、缺失、融合/重排、基因拷贝数变异、TMB、MSI等,为中国肿瘤患者提供更好的精准医疗服务,以此推动精准预防、精准诊断和精准治疗,用精准医疗帮助每个人。
END
参考文献:
[1] Li W, Liu JB, Hou LK, et al. Liquid biopsy in lung cancer: significance in diagnostics, prediction, and treatment monitoring[J]. Mol Cancer, 2022,21(1):25.
[2] Ancestry-driven recalibration of tumor mutational burden and disparate clinical outcomes in response to immune checkpoint inhibitors,2022 撰写丨YY、运营 编辑、排版丨SX
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