学术先声丨NGS助力携带MET c. 3028+2 T>A变异肺腺癌患者获得个性化治疗机会

非小细胞肺癌（NSCLC）患者体内发生的一种剪接位点突变，可导致致癌驱动基因MET基因14号外显子的转录丢失。MET外显子14（MET-ex14）的跳跃突变被认为是NSCLC的致癌驱动因素。一般来说，MET-ex14跳跃突变在非小细胞肺癌突变频率约为3-4%。一些研究结果表示MET-ex14跳跃突变的患者可受益于如克唑替尼等的MET酪氨酸激酶抑制剂（TKIs）。

近日，先声诊断与山西省人民医院合作，首次报道了一名肺腺癌患者通过NGS测序发现了一种MET 14外显子跳跃突变（MET c.3028+2 T>A）变异，在接受克唑替尼治疗后取到良好治疗效果。该案例已发表于Investigational New Drugs（IF=3.651）[1]。

病例分享

一名71岁男性患者于因4个月间歇性胸闷和呼吸短促而入院治疗。胸部CT扫描显示左肺上叶后段有占位性病变。4L区纵隔淋巴结肿大，纵隔内可见多个小淋巴结（图1A）。进一步病理检查显示为Ⅳ期低分化腺癌（cT4NxM1）。免疫组化（IHC）结果显示TTF-1、CK7和NapsinA阳性。

图1. 在该患者中MET外显子14跳跃式变异。

A.基线和克唑替尼治疗后1、3、6个月CT图像分别具有代表性(从左至右); B. MET14跳读IGV结果展示; C: MET突变示意图; D: 患者H&E染色(左图) 和IHC染色(右图) 图像

为寻求更精准的个性化诊疗方案，患者选择将经皮穿刺活检标本送至先声诊断实验室进行二代测序（NGS）检测分析。

NGS结果显示，在该患者中发现了MET-ex14 3028+2T> A突变（突变丰度:50.2%）（图1B和1C）。经生物信息学分析预测，该突变可能导致MET 14外显子的剪接作为一个功能激活突变，此外我们还通过免疫组化验证了MET-ex14 3028+2T> A对c-MET蛋白表达的影响（图1D），并用ABI7500进行qPCR验证MET-ex 14跳变。根据NGS、qPCR和免疫组化结果，患者开始服用克唑替尼，250mg，每日2次。克唑替尼治疗一个月后，CT显示肺病变体积比基线缩小（图1A），然后患者维持每天两次250mg的治疗。最新随访影像学结果显示，患者肺部病灶缩小，胸闷、气短症状明显缓解，临床评价为部分缓解（PR）（图1A）。总体来说，该患者具有MET ex14 c.3028+2 T>A 跳跃突变，并对克唑替尼有良好的反应，没有严重的药物相关副作用。

小结

本病例为了解MET14号外显子跳跃突变的肺腺癌患者提供了新的参考，并且扩大了METex14的突变频谱。相较于IHC和FISH，有针对性的NGS分析可以显著提高对MET改变（突变、扩增、融合等）的检测灵敏度，可帮助临床发现罕见融合或驱动基因突变，为患者寻得靶向用药机会。

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参考文献：  

[1] Jiang R, Wei D, Tan Y, Duan Q. A lung adenocarcinoma patient harboring MET c. 3028 + 2 T >A variant sensitive to crizotinib treatment. Invest New Drugs. 2022 Aug;40(4):870-873. doi: 10.1007/s10637-022-01252-4.  

撰写丨Bear  

编辑、排版丨SX