科研丨Nature子刊: 人群队列中广泛的肠道病毒组变异及其与宿主和环境因素的关联

编译：微科盟梧魚，编辑：微科盟居居、江舜尧。

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导读  

人类肠道中的噬菌体群落(病毒组)对肠道细菌群落(细菌组)的结构和功能有着巨大的影响，但种群规模上的病毒组变异尚未得到充分研究。本研究分析了日本4D队列中4198名个体的肠道dsDNA病毒组。通过组装宏基因组reads，我们发现了数千个高质量的噬菌体基因组，其中包括以前未被描述的噬菌体分支，其细菌宿主与已知的主要宿主不同。宿主细菌的分布是肠道中噬菌体分布的重要决定因素，病毒组多样性与细菌组的抗病毒防御机制(如CRISPR-Cas和限制性修饰系统)高度相关。本研究确定了97种能够显著影响病毒组结构的内在/外在因素，包括年龄、性别、生活方式和饮食，其中大多数与噬菌体及其预测的细菌宿主都显示出一致的关联。在元数据类别中，疾病和药物对病毒组结构的影响最大。综上，这些结果为了解人类肠道中细菌及其病毒的共生群落提供了基础，这将有助于病毒的医疗和工业应用。

论文ID

原名：Extensive gut virome variation and its associations with host and environmental factors in a population-level cohort

译名：人群队列中广泛的肠道病毒组变异及其与宿主和环境因素的关联

期刊：Nature Communications

IF：17.694

发表时间：2022.9

通讯作者：Suguru Nishijima，Naoyoshi Nagata

通讯作者单位：日本早稻田大学；东京医科大学

DOI号：10.1038/s41467-022-32832-w  

实验设计

结果

1  日本4D微生物队列中噬菌体基因组目录的构建

本研究从日本4D(疾病、药物、饮食、日常生活)微生物组项目中收集了4198个日本成年人的粪便样本(66.4±12.6岁(平均值±标准差)；143名年轻人(<40岁)、2102名中年人(40-70岁)和1953名老年人(≥70岁))；其中男性的比例为59%)，并进行了鸟枪法宏基因组测序(补充数据1)。通过自我报告问卷、面对面访谈和医疗记录(补充数据2)，从这些个体中详尽收集了内在和外在因素(如年龄、性别、BMI、生活方式、饮食习惯、疾病和药物)。

为了使用整个宏基因组建立dsDNA噬菌体基因组目录，通过检测噬菌体基因组特异性(如病毒标志基因的存在和细菌必需基因的缺失)以确定候选噬菌体基因组(补充图1a，补充数据3)。由于整个宏基因组中的大多数reads均来自非噬菌体(如细菌染色体和质粒)，我们使用了相对严格的标准以尽可能减少假阳性。相较于其他病毒检测工具，我们方法的真阳性率(81.5%)与其他管道(40.2–99.7%)相当或略低，而假阳性率(0.4%)则远低于其他管道(2.7–54.2%)(补充图1b，c)。这些结果表明，本研究所使用的方法具有最高的特异性，但灵敏度稍低，可能适合构建高质量的噬菌体目录，且非噬菌体序列的污染最少。

将该方法应用于检测4198个完整宏基因组，共鉴定出1125个完整的噬菌体基因组和3584个噬菌体基因草图(完整度>70%)。CheckV的质量评估显示，其中2819个(59.9%)基因组为完整或高质量、1836个(39.0%)为中等质量以及54个(1.1%)为低质量(补充图1d，补充数据4)。为了评估该噬菌体目录在多大程度上覆盖了人类肠道中的dsDNA噬菌体，对另外24份粪便样本中的病毒样颗粒(VLPs)进行了测序(补充数据5)，并将VLP reads映射到目录中，这证实了平均一半以上的VLP reads(57.1%)被映射到目录中。该值与另一个使用更灵敏工具VIBRANT(58.5%)构建的噬菌体基因组目录相当，这也表明我们的方法虽然灵敏度稍低，但对数据集中病毒的覆盖率影响不大。未映射的VLP reads可能来源于肠道中的低丰度噬菌体或那些难以用短读长组装的噬菌体。

将4709个噬菌体序列聚类(>95%序列相似性)，得到1347个病毒OTU(vOUTs；物种水平)(图1a和补充图2a，补充数据4)。最大的vOTU(vOTU_974)由461个基因组组成，代表一个crAssphage簇，这是人类肠道中最普遍和最丰富的噬菌体。与RefSeq和最近发布的几个数据库中已知噬菌体基因组vOTU进行比较分析，发现只有0.67–44.6%的序列与已知序列一致(>95%的同源性)(补充图3a-e)。667个vOTUs与数据库中任何已知基因组都不匹配，这表明它们是首次发现的新基因组(补充图3f)。预计目录中的噬菌体大部分属于属于Caudovirales目(n=598)，其中Siphoviridae(n=29.1)、Podoviidae(n=213)和Myoviridate(n=94)最为丰富(图1b)。

使用CRISPR间隔子对vOTUs进行宿主预测显示，预测的宿主中最常见的门是厚壁菌门(Firmicutes；n=413)，其次是拟杆菌门(Bacteroidetes；n=271)和放线菌门(Actinobacteria；n=118)(图1c)。在属水平上，最常见的宿主为拟杆菌属(Bacteroides；n=176)、瘤胃球菌属(Ruminococcus；n=128)、Blautia(n=110)和双歧杆菌属(Bifidobacterium；n=98)(图1f)。除了人类肠道中丰富的物种外，一些噬菌体可能还会感染克雷伯氏菌(Klebsiella；n=8)、阿克曼氏菌(Akkermansia；n=6)和Eggerthella(n=5)，这些噬菌体的数量相对较少，但已知与人类健康和疾病相关(补充数据6)。在预测宿主的vOTUs(n=852)中，大多数(71.1%)预计只感染一个属(即专型噬菌体)，而其他(28.9%)被预测感染多个属(即通用噬菌体，图1d)。

对已经预测宿主的噬菌体进行比较发现，拟杆菌门(如Bacteroides、Prevotella、Parabacteroides)的噬菌体基因组相对较大(中位数：54.4 ~ 65.0 kb)，而放线菌门(如双歧杆菌和Collinsella)的噬菌体基因组较小(分别为18.8 kb和28.1 kb)(图1f)，这与其宿主基因组大小的变化相一致。此外，专型噬菌体和通用噬菌体的比例在属间存在很大差异，其中感染双歧杆菌、链球菌(Streptococcus)和粪杆菌(Faecalibacterium)的噬菌体大多是专型噬菌体(87.3 ~ 98.8%)，而感染Clostridium、Roseburia和Eubacterium的噬菌体可能是通用噬菌体(83.3 ~ 97.6%)(图1f)。此外，烈性噬菌体和温和噬菌体的比例也因宿主而异；据预测，Odoribacter、Bacteroides和Parabacteroides的大多数噬菌体都为烈性噬菌体(76.1 ~ 88.9%)，而Roseburia、Dorea和Anaerotipes的噬菌体多数为温和噬菌体(83.3 ~ 91.3%)。为了阐明vOTUs之间更为深远的关系，我们进一步根据其共享蛋白的比例(>20%)对vOTU进行聚类，得到了223个病毒簇(VCs；科或亚科水平)(补充图2b)。稀疏分析表明，在本研究中，VCs的数量(而非vOTU的数量)在个体数量上达到饱和(n=4198)(图1e)。

图1 从4198个人类肠道宏基因组重组噬菌体基因组的概述。a，从4198个完整宏基因组数据集重组的噬菌体基因组的基因组大小和GC含量(n=4709)。顶部和右侧的柱状图分别描述了基因组大小和GC含量的分布。b，vOTU在科水平的分类注释。c，在门水平上预测vOTUs的宿主。d，每个vOTU在属水平上预测的宿主数量。e，该队列中检测到的vOTUs和VCs(平均数)的稀疏曲线(n=4198)。线条阴影表示95%置信区间。f，vOTUs数量、基因组大小、分类、专型噬菌体和通用噬菌体的比例，以及每个预测宿主的烈性噬菌体和温和噬菌体的比例(属水平)。如果预测一个vOTU会感染多个属，那么它将被分配到所有预测属。图中显示了预计感染5个以上vOTUs的33个属。在箱线图中，方框表示四分位范围(IQR)，其中的线表示中值。

2 人体肠道中丰富的新型噬菌体分支的鉴定

由于缺乏高质量的人类肠道噬菌体基因组目录，直到最近，人类肠道中噬菌体的主要分支仍在很大程度上是未知的，除了少数几个类群，如crAss-like phages。为了探索人类肠道中主要和丰富的噬菌体分支，将4198个个体的宏基因组reads映射到目录中以量化每个vOTU/VC的丰度。结果表明，1.8 ± 0.013%(平均值±标准差)的宏基因组reads被映射到目录中，并且每个个体能检测到115±0.62个vOTUs和47±0.17个VCs(平均值±标准差)。从VLPs宏基因组获得的病毒谱与从相同的24份粪便样本获得的病毒谱进行比较，证实了基于全基因组reads病毒定量的准确性，两种谱之间显示出高度相关性(vOTU和VC水平的平均Spearman相关性[rs]分别为0.74和0.76，补充图4a)。额外的聚类分析显示，24个样本的每个VLP都与整个宏基因组进行了聚类配对(补充图4b)。

该队列中丰度最高的VC是含有crAssphage的VC (VC_19)(相对丰度=4.3±0.17%(平均值±标准误))，其中包括crAssphage和crAss-like phage(候选属I、III、IV和IX)。有趣的是，我们还发现了几个丰度与VC_19相同的VCs(图2a)。特别是，除VC_19外，其他9个VC在该队列中的4198个肠道基因组中高度丰富(RPKM>1)和普遍存在(>100个基因组)。在这些丰富的VCs中，VC_6是一组crAss-like科(候选属VII、VIII和X)，并且VC_1中的噬菌体与最近提出的新分支Gubaphage/Flandersviridae相似。其他7个丰富的VCs(VC_2、24、12、15、3、44和18)与RefSeq中已知的噬菌体没有任何相似性，表明它们是人类肠道中丰富且普遍存在的新型噬菌体分支。在24.6 ~ 90.2%的个体中检出，并预测它们会感染一些主要的肠道物种，如拟杆菌、Prevotella、Roseburia或双歧杆菌(补充图5，补充数据7)。通过搜索温和噬菌体特异性基因或与RefSeq中参考微生物基因组进行比较，发现新的噬菌体分支VC_2、24、12、3和15可能具有溶原生命周期，而其他的(VC_44和18)则没有(补充数据7)。基于大末端酶、门户蛋白和主要衣壳蛋白的系统发育分析表明，7个VCs中的大多数是单系的，与RefSeq中已知的参考噬菌体有显著差异(图2c，补充图6)。此外，比较噬菌体之间的基因组相似性发现，同一VC中的大多数噬菌体聚集在一起，与其他VC中的噬菌体显著不同(图2b)。

为了调查本研究中新发现的VC是否作为病毒颗粒存在于人体肠道中，我们在VLP数据集中对其进行了研究。研究发现，在24个VLP数据集中，所有10种丰富的VCs都被检测到，它们在VLP宏基因组中的相对丰度平均比从相同粪便样本中制备的整个宏基因组高4.5 ~ 1115倍(补充图7)，表明它们在肠道中以病毒颗粒的形式存在。我们根据作者研究机构所在城市的名称命名了这七个新型VCs(VC_2, “Toyamaviridae”; VC_24, “Konodaiviridae”; VC_12, “Shinjukuviridae”; VC_15, “Okuboviridae”; VC_3, “Tsurumiviridae”; VC_44, “Suehiroviridae”; VC_18,“Umezonoviridae”)。

图2 人体肠道中丰富和普遍存在的新型病毒簇。a，4198个个体中每个VC的平均丰度和构成VC的基因组数量。每个圆圈的颜色和大小分别代表预测宿主的门水平分类和队列中VC的流行率。b，tSNE显示噬菌体基因组含量的相似性(共享蛋白质的比例)。每个圆圈的颜色代表分配给基因组的VC。c，基于大末端酶蛋白构建了该队列中10个最丰富和最普遍的VCs和RefSeq数据库中噬菌体的系统发育树。边缘的圆圈表示属于VC的vOTUs，没有圆圈的边缘表示RefSeq中的参考基因组。发育树中只包含每个vOTU的代表性基因组。

3 肠道病毒组和细菌组之间的密切相互作用

有人认为，人类肠道中的噬菌体主要通过细菌的裂解和整合作为前噬菌体来影响细菌组的结构，但在肠道环境(即自然环境)中噬菌体和细菌之间的关系还没有很好地描述。为了探索这一点，我们比较了从4198个个体中收集的病毒和细菌特征，发现它们之间的α多样性(Shannon多样性)和β多样性(Bray-Curtis距离)显著正相关(rs=0.73和0.46；图3a和b)。该结果表明，人类肠道中的病毒组和细菌组结构密切相关。此外还发现，病毒组的β多样性显著高于细菌组(图3b，补充图7)，这表明病毒组对每个个体的特异性高于细菌组。

为了进一步探索它们的相关性，我们接下来在4198个个体中检测了每种噬菌体的相对丰度与其预测宿主在属水平上的一对一相关性。值得注意的是，我们发现它们之间的平均rs为0.18，呈正相关(图3d)，这表明噬菌体和宿主细菌物种在人类肠道中是共存的，而不是相互排斥的。在所检测的属中，相较于其他属，Megamonas、Escherichia、Prevotella和Lactobacillus与其噬菌体的相关性较高(图3c)。这些高相关性可以解释为，与其他属(如Clostridium、Ruminococcus和Tyzzerella)相比，感染这些属的专型噬菌体比例更高，而这些属通常被通用噬菌体感染(图3c)。事实上，专型噬菌体与其宿主的相关性(平均rs=0.27)明显高于通用噬菌体(rs=0.08)(P<2.2e-16，图3d)。与通用噬菌体相比，专型噬菌体与其他相关指数(如Pearson相关系数和Maximal信息系数)的相关性更高，但与Bray-Curtis不相关(补充图9a)。噬菌体的生活方式对噬菌体-宿主的相关性没有实质影响，但烈性噬菌体的相关性(rs = 0.17)比温和噬菌体(rs=0.15)略强(P=0.025，补充图9b)。在人类肠道细菌组编码的多种基因中，CRISPR-Cas、限制性修饰(RM)和流产感染(Abi)系统是众所周知的原核物种保护免受移动遗传元件(包括噬菌体感染)的防御机制。为了探究这些抗病毒基因与群落中噬菌体之间的关联，我们量化了这些基因，并评估了它们与病毒组结构的关联。我们发现，在具有丰富防御机制的样本中，病毒组的Shannon多样性显著高于三种系统丰度都较低的样本(图3e)。此外，还发现CRISPR-Cas和RM系统中的各种亚型呈显著正相关(图3f)。其他基因，如整合酶和孢子萌发蛋白（其中孢子萌发蛋白与厚壁菌门中的物种相关）也与病毒多样性呈正相关(补充数据9)。

图3 肠道病毒组和细菌组之间的密切相互作用。a，人类肠道病毒组和细菌组之间的α多样性(Shannon指数)(a)和平均β多样性(Bray-Curtis距离)(b)的比较(n=4198)。在b中，每个圆圈代表Bray-Curtis距离相对于其他个体的平均值。c，在属水平上vOTUs相对丰度与预测宿主之间的Spearman相关性。蓝色和橙色圆圈代表专型噬菌体(即噬菌体预测只感染一个属)和通用噬菌体(即噬菌体预测会感染多个属)。d，噬菌体-宿主相关性在4198个个体中的分布。蓝色、橙色和绿色分别代表所有噬菌体、专型噬菌体和通用噬菌体的分布。虚线表示分布中的平均相关性。e，宏基因组数据中防御基因丰度高、中、低的个体之间病毒组的Shannon指数的比较。星号代表统计学显著性(P<0.05，Wilcoxon秩和检验，双侧)。f,热图总结了抗噬菌体系统相对丰度与病毒组Shannon指数之间的Spearman相关性。星号代表统计学显著性(P<0.05)。

4 病毒组相关宿主和环境因素的综合鉴定

为了研究肠道病毒组结构如何与宿主生理和环境因素相关联，我们与年龄和性别进行了关联分析，年龄和性别是肠道细菌结构的重要决定因素。年龄与病毒组多样性呈显著正相关(rs=0.20，P<2.2e-16，图4a)，与年龄与细菌组多样性呈显著正相关一致(补充图8a)。在宿主细菌水平上，年龄与变形菌门为宿主的噬菌体和宿主未知噬菌体呈显著正相关，而与放线菌门为宿主的噬菌体呈负相关(rs值分别为0.10，0.12和−0.07，P<0.05，图4b)，也与细菌结构中与年龄相关的变化一致(补充图8b，d)。考虑其他协变量影响的多变量分析表明，年龄与176个vOTUs有显著相关性(P<0.05，图4c，补充数据10)，包括与Clostridium、Ruminococcus和Faecalibacterium噬菌体以及宿主未知噬菌体呈正相关。在VC水平上，年龄与双歧杆菌相关的VC_28呈较强的负相关关系，20多岁个体中VC_28含量最高，但随着年龄的增长，VC_28显著下降(补充图8c，补充数据10)。性别与68个vOTUs和24个VCs有显著相关性(图4d，补充数据10和11)。在男性中，感染Prevotella和Megamonas的噬菌体丰度明显较高；而女性中感染粪杆菌和瘤胃球菌的噬菌体丰度较高，这可能反映了男性和女性之间细菌组的差异(补充图8e)。

为了进一步阐明更加全面的关系，对从4198名个体中详尽收集的232个宿主/环境因素进行了关联分析(补充数据2)。冗余分析表明，这些因素在vOTU水平上解释了病毒组总方差的0.6%(图5a)，这大大低于相同因素在种和属水平上对肠道细菌组的解释值(分别为4.9%和10.0%；图5a)。与肠道病毒组变异最密切相关的元数据类别是临床因素，如药物和疾病(可解释变异分别为0.5%和0.3%)。方差置换分析表明，232个因子中有97个与病毒组变异显著相关(FDR<0.05)，其中年龄与病毒组的相关性最强(图5b，d)。显著相关的因素包括各种疾病(如HIV感染、炎症性肠病、既往胃肠切除史)、药物(如渗透性泻药、抗病毒药物和α-葡萄糖苷酶抑制剂)和饮食(如水果、乳制品和牛奶)，其中包括许多以前未确定的因素。每个因子的可解释变异在病毒组和细菌组之间高度相关(rs=0.87，P<2.2e–16，图5c)。crAssphage的vOTU(vOTU_974)与该队列中的任何元数据均无显著相关性，表明仍然存在未知宿主、环境或生态因素，可以解释人类肠道中这种噬菌体变异的原因。

在具有统计意义的97个因素中，大多数与病毒组和细菌组都有很强的相关性(图5d)。相比之下，质子泵抑制剂对肠道细菌组的影响最强，对病毒组的影响相对温和(图5d)。口服质子泵抑制剂后，口腔中的大量细菌物种到达肠道，但这些物种转录活性较低，可能与肠道噬菌体的相互作用较少。此外，抗菌药物，如头孢菌素、大环内酯类药物和磺胺类药物，对细菌组有很大影响，对病毒组也有中等影响(补充图8f)，这可能是由于抗微生物药物缺乏噬菌体源的分子靶点。因此，病毒组和细菌组之间的生态和生物学差异可能导致与某些宿主和环境因素关联强度的差异。

图4 人类肠道病毒组中与年龄和性别相关的变化 。a，年龄/性别与病毒组Shannon指数之间的相关性。由于个体数量较少，20岁以下(n=2)和80岁以上(n=6)的个体被排除在外。b，噬菌体的平均相对丰度根据宿主细菌的门水平分类进行分组。每个图代表了每个年龄段预测感染该门的所有噬菌体的平均相对丰度。红色和蓝色星号分别表示显著正相关和负相关(*FDR<0.01，**FDR<0.001)。c,d，病毒谱与年龄(c)和性别(d)的关系。X轴和Y轴分别显示了从多变量回归分析中获得的效应量和log10转换的P值。图中的圆和三角形分别表示vOTUs和VCs。

图5 宿主和环境因素与肠道病毒组显著相关。a，通过冗余分析评估的肠道病毒组和细菌组(n=4198个个体)中每个元数据类别 解释的方差 比例。b，基于距离的冗余分析，显示vOTU水平的4198个病毒组数据集与元数据之间的关联。箭头表示与元数据的关联，箭头的长度表示关联的强度，颜色表示元数据类别。图中显示了关联性最强的前20个非冗余元数据。c，每个元数据对肠道病毒组和细菌组的解释方差之间存在正相关。每个点表示元数据，其颜色表示元数据类别。蓝线代表回归线，灰色阴影显示95%置信区间。d，通过置换方差分析评估的每个元数据在肠道病毒组和细菌组中可解释方差比例(FDR<0.05)。底部热图显示了元数据与病毒组多样性之间关联的校正P值。在药物方面，列出了与病毒组相关性最强的前20种药物。缩写：BSS，布里斯托大便量表；DM，糖尿病；IBD，炎症性肠病；CRC，结直肠癌；ACS，急性冠脉综合征；PH，既往史；GI，胃肠道。

讨论

在本研究中，我们对深度表征的个体(n=4198)的病毒组进行了大规模分析，并显示了广泛的病毒组变异及其与细菌组、许多宿主和环境因素的关联。据我们所知，这项研究是针对人类肠道病毒组的最大单队列分析，由于DNA扩增几乎没有偏差。该分析发现了新的病毒分支、病毒组和细菌抗病毒基因之间的相互作用，以及与病毒组密切相关的临床因素，扩展了我们对肠道病毒组结构和变异的了解。

本研究在人类肠道中发现了许多普遍存在但此前未鉴定的dsDNA噬菌体分支(图2)。尽管最近的大规模研究已经发现了人类肠道中大量的噬菌体基因组，但本研究结果表明，人类肠道噬菌体仍处于探索阶段，需要进一步努力构建更全面的肠道噬菌体目录。本研究中发现的一些新分支可以感染厚壁菌门和放线菌(VC_2、15、3、44和18)，这与最近提出的大型分支形成对比，如crAssphage、crAss-like phage和Gubaphatice/Frandersviridae，所有这些分支都可能感染拟杆菌。厚壁菌是人体肠道的主要类群之一，包括临床上一些重要的物种。放线菌，如双歧杆菌，包括用于益生菌的类群，在婴儿的肠道中相当丰富。本研究中发现的新型噬菌体分支可能通过与这些主要细菌物种相互作用并调节其种群动态在细菌群落中发挥重要作用。

对4198个个体的比较分析表明，病毒组和细菌组的多样性之间存在显著的正相关(图3a)，这与先前的研究一致。有趣的是，在单个噬菌体和宿主水平上，它们的相对丰度也呈正相关，并同时发生(图3c)。由于噬菌体杀死宿主，因此噬菌体与宿主之间可能存在负相关。事实上，之前的研究在使用老鼠模型的时间序列数据集中也观察到了它们之间的负相关性。然而，与此同时，噬菌体的宿主范围有限，没有宿主就无法生存(补充数据5)，这表明它们之间的共生关系在更广泛的范围内(例如在不同个体和不同环境之间)导致了正相关。因此，本研究结果表明，在种群水平上，宿主细菌的分布是控制人类肠道中单个噬菌体分布的主导因素。此外，我们发现原核生物防御系统，如CRISPR-Cas、RM和Abi系统，与病毒组多样性有显著关联(图3d)。这些关联表明，抗噬菌体系统是通过调节噬菌体感染形成病毒组的重要因素。另外，考虑到许多肠道微生物被噬菌体感染和溶解，抵御噬菌体感染的能力也可能在决定细菌组结构和多样性方面起着重要作用。然而，我们基于横断面设计的结果不能排除防御系统仅与实际导致病毒组多样性增加的其他微生物组特性(例如其他基因功能、微生物密度和空间结构)相关的可能性。

本研究的关联分析显示，许多内在/外在因素与肠道病毒组显著相关，其中包括以前未确定的因素，尤其是疾病和药物(图5)。根据这些因素与细菌组之间的关系，发现宿主年龄、疾病和药物与病毒组之间存在显著相关性(图4b)。此外，相关噬菌体的预测宿主大多与因子相关的微生物种类基本一致(图4和5，补充图10)，支持噬菌体与其细菌宿主之间存在较强的相互作用。然而，这些因素所解释的病毒组变异仅为0.6%，显著低于本队列(图5a)和其他队列中这些因素所解释的细菌组变异(5%-10%)。这可能是由于病毒组的个体间变异远远高于细菌组(图3b)，是由各种病毒和细菌生态因素驱动的，例如噬菌体的快速进化速度、个体间细菌物种的菌株水平多样性或防御系统的相关变异。需要对病毒组的个体间多样性进行更详细的分析和了解，因为其变异对粪便微生物群移植和噬菌体治疗有潜在的临床影响。

综上所述，本研究对人类肠道病毒组的群体水平分析揭示了其实质性变异及其与相应细菌组和各种因素的关联。这些结果为更好地了解人类肠道中的病毒和微生物生态提供了基础，并有望促进肠道微生物群的医疗和工业应用。