收藏 | 2022年时空及单细胞组学知识大盘点

回首2022年，“华大时空”知识库努力传递、共享时空及单细胞多组学在个体发育、生命演化、疾病病理等生物医学领域的应用前沿知识，共推出了7期时空及单细胞多组学文献追踪月度速览，30期精选主题文献的时空简讯（自有科研成果专题3篇），41篇代表性文献的深度解读（自有科研成果15篇）。

翘首2023年，“华大时空”知识库将继续秉承学术至上的原则，为读者产出时空及单细胞多组学技术与应用的高质量内容。在此，我们总结了2022年全年推送的时空及单细胞多组学技术与应用的解读合辑，供参考（点击题目即可查看文章）。

2022深度文献解读

技术工具类

1.Nat Commun | Spatial-ID：通过迁移学习和空间嵌入进行空间高分辨转录组数据的细胞注释

2.Science | MERFISH揭示人和小鼠大脑皮层细胞的保守性和差异性

3.Immunity | scRNA-Seq揭示炎症性皮肤病的细胞状态和分子特征

4.Science | spatial-CUT&Tag：细胞水平的空间分辨染色质修饰图谱

5.Nat Biotechnol | Cell2location : 贝叶斯算法联合分层分析绘制精细空间转录组图谱

6.前沿综述 | Nature子刊：空间转录组学的临床和转化价值

7.Clin Transl Med | 临床组织样本制备用于时空组学的挑战和解决方案

8.Nat Rev Genet | 单细胞+空间转录组共同阐释细胞间组织动力学

脑科学研究

9.Science | 鬃狮蜥与小鼠大脑神经元类型的保守性及其分子机制研究

10.Science | 蝾螈的细胞类型分析揭示脊椎动物前脑进化的创新

11.Science | 蝾螈端脑组织、神经发生和再生的单细胞分析

12.Nat Commun | 成年猕猴大脑皮层空间分辨基因调控和疾病易感性图谱

13.Nat Neurosci | 单细胞原位转录组图谱揭示哺乳动物大脑皮层中星形胶质细胞分层

14.Science | Stereo-seq鉴定蝾螈端脑再生过程中的重要神经干细胞亚型

15.Nat Neurosci | 小鼠大脑星形胶质细胞异质性炎症响应的时空图谱

16.Cell Stem Cell | 人类下丘脑发育的时空转录组动态特征

17.Nat Neurosci | 空间转录组技术揭示背外侧前额叶皮层的空间差异表达

18.Cell | 空间转录组学联合原位测序揭示阿尔茨海默症的基因共表达模块

个体发育研究

19.Dev Cell | 单细胞转录组学对出生后肝脏发育和成熟的时序性分析

20.Cell Rep | 间充质-上皮相互作用调控小鼠胚胎的胃肠道发育

21.Nat Commun | 健康和损伤愈合时小鼠肠道的空间转录组图谱

22.Cell Rep | 空间转录组解析哺乳动物精子发生

23.Science | Tabula Sapiens：人类多器官单细胞转录本测序图谱

24.Cell Res | 单细胞时空转录组技术鉴定胎肝中HSC/MPP扩增单位

25.Dev Cell | scStereo-seq揭示拟南芥叶片表征区域特异性细胞和空间转录组变化

26.Dev Cell | Stereo-seq高分辨率构建果蝇胚胎和幼虫的三维时空发育图谱

27.Dev Cell | Stereo-seq绘制斑马鱼胚胎的时空图谱和发育轨迹

28.Cell | Stereo-seq构建小鼠器官发育时空转录图谱

29.Nature | 一作详解首个非人灵长类动物全身器官细胞图谱研究

30.Nature | DNBelab C4如何助力获得人类体外诱导全能干细胞？研究思路详解

31.Front Cell Dev Biol | 华大高通量单细胞平台C4助力鱼类繁殖生物学研究

疾病病理研究

32.Sci Adv | 综合分析原发肝癌的空间结构

33.Life Med综述 | 时空组学技术在病理应用中的革命性意义

34.Nat Genet | 不同肿瘤中癌细胞状态的复发及其与肿瘤微环境的相互作用

35.Nature | 华大Stereo-seq助力揭示黑色素瘤细胞的生长和转移机制

36.Cancer Discov | 多区域单细胞测序解析肺腺癌的空间和细胞结构

37.JASN | 雌性小鼠急性肾损伤和恢复过程的时空转录图谱

38.Nat Commun | snRNA-seq和snATAC-seq解析成人肾组织细胞构成异质性和损伤发病机制

39.Cell Insight | 单细胞测序技术又一新发现，可用于HIV-1和Mtb共感染个体诊断

40.JCI Insight | 空间转录组联合单细胞测序揭示小鼠AKI模型中上皮细胞和免疫细胞互作模式

其他研究

41.Cell Metab | 胰岛素调节人类白色脂肪组织脂肪代谢的细胞生物学机制

2022时空简讯

技术工具类

1.单细胞及空间多组学数据分析——深挖生物学内涵，助力精准医学 | 时空简讯38期

2.空间组学开启生物医学新篇章 | 时空简讯28期

3.9篇生信工具文章，让单细胞和空间转录组数据可视化 | 时空简讯25期

4.这些顶流单细胞多组学分析工具，值得一试 ！| 时空简讯第11期

脑科学研究

5.肿瘤研究：认识脑肿瘤，战胜脑肿瘤 | 时空简讯36期

6.感觉之首：视觉与视觉系统 | 时空简讯31期

7.关注脑认知，守护脑健康 | 时空简讯30期

8.单细胞水平解析慢性神经退行性疾病的发病机制 | 时空简讯24期

9.统一的脊髓细胞类型及其空间组织图谱 | 时空简讯16期

10.Nature、Cell等研究揭示大脑发育与结构的奥秘 | 时空简讯15期

11.8篇综述带你畅游脑科学前沿 | 时空简讯第10期

个体发育研究

12.“心”系健康，从了解心脏开始 | 时空简讯37期

13.哺乳动物早期胚胎发育的奥秘 | 时空简讯26期

14.消化道和消化腺的发育与结构 | 时空简讯20期

15.当复杂的免疫系统遇上单细胞时空组 | 时空简讯19期

疾病病理研究

16.血液病的致病机制与治疗 | 时空简讯34期

17.呵护“小心肝”，从了解这篇“肝货”开始 | 时空简讯33期

18.生殖系统的结构、功能与相关疾病 | 时空简讯32期

19.剖析胃肠癌分子机制：护“胃”健康，让爱“肠”在 | 时空简讯27期

20.9篇综述+研究，涵盖肝发育、生理和疾病 | 时空简讯18期

21.时空组助力揭“凶猛”新冠病毒“真面目” | 时空简讯17期

22.癌症登月计划&皮肤类癌症空间组学 | 时空简讯第13期

23.吃透心血管时空图谱研究前沿 | 时空简讯第12期

24.单细胞+空间组学技术为癌症精准免疫治疗和耐药研究提供新契机 | 时空简讯第9期

植物研究

25.植物研究：探索生长发育的奥秘 | 时空简讯35期

26.植物逆境胁迫下的分子机制大揭秘 | 时空简讯29期

27.单细胞分辨率下的植物组织结构 | 时空简讯23期

华大科研成果专题

28.Cell专题 | 华大Stereo-seq系列成果发布，揭秘超高分辨率生命全景时空图谱

29.华大DNBelab C4平台应用专题：剖析疾病致病机理 | 时空简讯22期

30.华大DNBelab C4平台应用专题：绘制食蟹猴全细胞“地图”，揭秘再生医学新突破 | 时空简讯21期

2022时空月速览

1.时空月速览 | 179篇文章，追踪发育/再生/进化/疾病前沿研究(2022年12月)

2.时空月速览 | 191篇文章，追踪发育/再生/进化/疾病前沿研究(2022年11月)

3.时空月速览 | 199篇文章，追踪发育/再生/进化/疾病前沿研究（2022年10月）

4.时空月速览 | 194篇文章，追踪发育/再生/进化/疾病前沿研究（2022年9月）

5.时空月速览 | 219篇文章，追踪发育/再生/进化/疾病研究（2022年8月）

6.时空月速览 | 205篇文章，追踪发育/再生/进化/疾病研究（2022年7月）

7.时空月速览 | 193篇文章，追踪发育/再生/进化/疾病研究（2022年6月）

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