【衡道丨笔记】Sanger测序和ARMS法在分子病理检测中的应用及结果判读要点（附下期直播预告）

上期课程回顾

上一期“复旦大学附属中山医院病理科30周年系列公开课”的课程中，复旦大学附属中山医院病理科王祥教授带领大家学习了“Sanger测序和ARMS法在分子病理检测中的应用及结果判读要点”，王教授分别介绍了Sanger测序和ARMS法在病理检测中的应用以及两种检测方法的判读。

内容摘要

技术驱动精准医疗发展：

人类基因组测序技术革新：1990-2001人类基因组计划完成、高通量测序、单分子测序、纳米孔测序等技术

生物医学分析技术进步：液体活检技术、数字PCR技术、基因芯片、质谱技术

大数据分析工具出现：云技术、人工智能算法、IBM Watson

精准医疗与分子病理：

精准医疗的实质包括两个方面，即精准诊断和精准治疗。

精准诊断主要就是分子病理基因检测诊断，精准治疗主要就是个体化治疗。

没有准确的诊断就没有正确的治疗，分子病理检测是个体化治疗首要条件，就像定位制导技术对精准制导武器的重要性一样。

Sanger测序

图1：DNA测序示意图

图2：Sanger测序实验流程

Sanger测序临床应用：

胃肠间质瘤GIST（CKIT、PDGFRA基因）、β-cat基因、MYD88基因、BRAF基因......

Sanger测序结果分析：

检测突变类型：

单碱基变异（single-nucleotide variant,SNV）：错义突变、同义突变、无义突变

插入突变（insertion）

缺失突变（deletion）

图3：单碱基变异（single-nucleotide variant,SNV）

图4：插入突变（insertion）/缺失突变（deletion）

影响测序结果主要因素：

引物：设计合理、分装储存

模板：最好2年内FFPE样本、合适的上样量

纯化：纯化酶避免反复冻融、分装储存

机器：电泳液、POP胶、毛细管

好的结果是正确判读的基础：

样本质量

引物

纯化

突变丰度

正反向比对，排除杂峰干扰

关注小尾巴、套峰

当心纯合性缺失

结合热点突变及临床诊断综合判断

PCR

聚合酶链反应（Polymerase Chain Reaction，PCR）：PCR是在引物引导下由DNA聚合酶催化的对特定DNA序列进行连续多次的体外扩增反应。

图5：数字PCR、实时荧光定量PCR与传统PCR对比

图6：PCR反应过程

ARMS法

扩增阻滞突变系统（Amplification Refractory Mutation System,ARMS）

图7：ARMS法原理

图8：ARMS法操作流程

ARMS法临床应用：

非小细胞肺癌（EGFR、LMG）、结直肠癌（KNPB）、甲状腺癌（KRAS、BRAF）......

ARMS法结果判读：

图9：ARMS法结果判读

设计：鹏飞

编辑：颖

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