学术先声丨ESMO 2022 先声诊断学术成果特辑Vol. 1

2022
09/23

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先声诊断
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经过数据分析发现CREBBP突变与膀胱癌免疫治疗获益具有相关性。


欧洲肿瘤内科学会(ESMO)年会是欧洲最负盛名和最具影响力的肿瘤学会议,大会涵盖基础研究、转化研究以及最新临床研究进展,将为临床实践、多学科讨论等提供广阔、卓越的学术平台。2022年ESMO大会已于2022年9月9日至13日在法国巴黎以线下结合线上的方式成功举行。


作为中国领先的精准医疗解决方案提供商,先声诊断凭借扎实的科研实力,一直位于精准医疗研究前沿。本届ESMO学术盛会上,先声诊断携手多家知名医院的多位临床专家,共有                   13项                   研究入选大会学术壁报(Poster)。从本期起,《学术先声》栏目将为大家持续分享这些重磅成果。                  
                 
 
LATS1突变对膀胱癌免疫检查点抑制剂治疗的疗效潜在预测价值  

The Predictive Value of LATS1 Mutation for Immune Checkpoint Inhibitors Therapy in Bladder Cancer

报告形式:Poster  
研究者:    湖南省肿瘤医院 李俊军  
研究例数:    628      
摘要编号:    120P  
背景:    免疫检查点抑制剂(ICIs)的使用已成为晚期或转移性非小细胞肺癌(NSCLC)患者的一线治疗方法。WDR49基因属于WDR(WD40-repeat)蛋白家族,该家族参与广泛的生物学过程,包括DNA损伤修复和免疫调节等。然而,WDR49突变与免疫治疗疗效之间的相关性尚不清楚。  

背景:LATS1 (large tumor suppressor 1)基因是Hippo信号通路的关键调控因子,编码丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶,在细胞转化和肿瘤发生中起着至关重要的作用。人类LATS1的体细胞突变已经在原发肿瘤中被发现,LATS1突变是否可能具有真正的生物学相关性,是否可以独立预测免疫检查点抑制剂(ICI)的反应,还有待确定。我们的研究旨在阐明其突变与ICI疗效的关系。

方法:为了研究LATS1基因突变与膀胱癌患者ICI疗效之间的相关性,我们使用cBioportal收集了MSKCC队列的临床和突变数据,包括215名接受ICIs的膀胱癌患者。从UCSC Xena获取TCGA数据库中413个膀胱癌样本的RNA-seq数据和WES突变数据,进一步分析LATS1-MT和LATS1-WT肿瘤在潜在生物学机制上的差异。TMB计算为MSKCC和TCGA队列中每Mb体细胞非同义突变的总数。应用CIBERSORT算法推断TCGA晚期膀胱癌中22种人免疫细胞类型的比例。

结果:在MSKCC队列中,我们观察到11例(5.12%)患者存在LATS1非同义体细胞突变。Kaplan-Meier分析显示,LATS1突变患者在MSKCC队列中OS明显较好(P =0.023, HR = 0.23, 95%CI = 0.06-0.93,图1)。在控制年龄、性别、分期、TMB和治疗类型的多因素Cox回归分析中,这种联系仍然存在(P =0.039, HR = 0.22, 95%CI = 0.05 ~ 0.93,图2)。正如预期的那样,LATS1-MT组在MSKCC队列(中位数:27.55 vs. 7.87, P<0.001,图3左)和TCGA队列(中位数:7.74 vs. 4.62, P =0.042,图3右)中TMB均显著高于LATS1-WT组。TCGA转录组免疫细胞浸润比例分析结果显示,LATS1-MT组NK激活细胞明显增多(P = 0.05,图4),提示LATS1突变患者抗肿瘤免疫微环境激活。

结论:LATS1突变可能是预测膀胱癌患者免疫治疗疗效的潜在生物标志物。考虑到患者之间的异质性和其他混杂因素,进一步的前瞻性验证队列是有必要的。

图1. MSKCC队列LATS1基因突变状态与患者OS的关系  

图2. MSKCC队列OS的多因素COX回归分析

图3. MSKCC队列(左)和TCGA队列(右)中LATS1基因突变状态与TMB水平

图4. LATS1基因突变状态与CIBERSORT算法22种免疫细胞浸润相关性  

 
PMS2突变作为黑色素瘤免疫治疗的潜在生物标志物的分析  
 

Analysis of PMS2 mutation as a potential biomarker for melanoma immunotherapy

报告形式:Poster  
研究者:    常熟市第二人民医院 丘佳明  
研究例数:    738  
摘要编号:    769P  
 

背景:一些临床试验已经证明错配修复缺陷与使用免疫检查点抑制剂(ICIs)治疗的恶性肿瘤的长期免疫治疗相关反应显著相关。PMS2基因编码的蛋白是错配修复系统的关键组成部分。然而,PMS2突变状态是否与ICIs治疗黑色素瘤的更好生存获益相关尚不清楚。

方法:首先,来自7个免疫治疗研究(http://www.cbioportal.org/)的418个黑色素瘤样本作为发现队列,用于评估PMS2突变与免疫治疗疗效之间的相关性。然后在来自MSKCC队列的320例免疫治疗黑色素瘤患者队列验证PMS2的预测价值。

结果:在发现队列中,与PMS2野生型组相比,观察到的总生存期(OS)更长,PMS2突变组(中位OS: NR vs 22.7个月,HR= 0.13, 95% CI: 0.02-0.95, P = 0.018,图1)。此外,PMS2突变组TMB高于野生型组(中位数[IQR]: 58.68 [IQR: 44.01-114.4] vs 6.37 [IQR, 2.15-14.64],P<0.001,图3左)。在验证队列中,PMS2突变的患者也获得了明显的更长时间 与PMS2野生型患者的OS比较(中位OS: NR vs. 42.0个月,HR=0, 95% CI: 0.37 - 0.69,P = 0.044,图2)。此外,在验证队列中,与PMS2 野生型组相比,PMS2突变组TMB也较高(中位数[IQR]: 18.69 [10.82-42.38] vs. 8.85[3.51-23.52],图3右)。发现队列的多变量COX回归分析,校正了年龄、性别、是否转移以,TMB以及ICI治疗类型之后,PMS2突变与更好的OS相关(HR= 0.13;95%置信区间,0.02 - 0.92;P = 0.041,图4),说明PMS2突变为独立的黑色素瘤免疫治疗疗效预测因子。

结论:结果表明,PMS2体细胞突变与黑色素瘤高TMB相关。对发现和验证队列数据的分析显示,PMS2突变与免疫治疗的患者更好的OS相关。这些结果表明,PMS2突变可能是黑色素瘤中ICIs的潜在预测生物标志物。

图1. 发现队列PMS2基因突变状态与患者OS KM曲线

图2. 验证队列PMS2基因突变状态与患者OS KM曲线  

图3. 发现队列(左)及验证队列(右)PMS2基因突变状态与TMB水平  

图4. 验证队列OS的多因素COX回归分析  

 
 
CREBBP突变与免疫检查点抑制剂治疗膀胱癌疗效之间的关系  

Association of CREBBP mutation with favorable outcome with immune checkpoint inhibitors in bladder cancer

报告形式:Poster  
研究者:    厦门大学附属第一医院  盛旺  
研究例数:    628  
摘要编号:    1774P  

背景:CREB结合蛋白(CREBBP)可以对组蛋白和非组蛋白进行修饰,从而调节染色质的开放性和转录。最近有研究发现CREBBP能够乙酰化参与DNA复制和不同DNA修复过程的关键因子,基于此,研究者对CREBBP突变与膀胱癌中免疫检查点抑制剂(ICIs)的疗效之间的关系进行了探索。

方法:研究者对MSKCC队列中215例晚期膀胱癌患者的NGS数据以及免疫治疗临床结果进行分析,以评估CREBBP突变与免疫治疗疗效和肿瘤突变负荷(TMB)的关系。研究者还从TCGA数据库收集了413例膀胱癌患者的突变数据验证CREBBP突变与TMB的相关性,并通过CIBERSOER分析的这些患者的RNA数据,探讨其潜在的作用机制。

结果:1. 在MSKCC队列中,共有13.95%(30/215)的患者存在CREBBP突变。在TCGA队列中,突变率为12.11%(50/413),与MSKCC队列相似。2. 在MSKCC队列中,CREBBP突变组的TMB水平显著高于CREBBP野生型组 [中位数(IQR):15.72(12.27-36.40)vs 7.02(4.92-14.04),P<0.001]。在TCGA队列中,尽管差异无统计学意义,但CREBBP突变组仍表现出更高的TMB水平 [中位数(IQR):6.00(3.74-8.66) vs 4.54(2.52-8.20),P=0.077]。3. 在免疫治疗疗效获益方面,在MSKCC队列中,与野生型组相比,CREBBP突变组的OS显著延长(HR:0.42,95%CI 0.21-0.88,P=0.017,图2)。Cox比例风险回归分析显示,调整了一些相关因素后,CREBBP突变组仍然具有更长的OS获益(HR:0.43,95%CI 0.20-0.92,P=0.030,图3)。4. 通过RNA数据探索突变组与非突变组免疫细胞浸润情况,但CIBERSOER分析结果表明,在两组之间并未观察到免疫细胞浸润的显著差异(图4)。

结论:总而言之,经过数据分析发现CREBBP突变与膀胱癌免疫治疗获益具有相关性。当然,未来还需在更多的基础性研究和前瞻性试验中进一步验证CREBBP的预测价值。

图1. CREBBP突变与TMB之间的关系(左:MSKCC队列;右:TCGA队列)  
     

图2. MSKCC队列中,CREBBP突变与野生组患者免疫治疗生存情况

图3. MSKCC队列中,CREBBP多因素COX回归分析

   图4. CREBBP突变与野生组22种免疫细胞浸润情况对比  

关于ESMO

欧洲肿瘤内科学会(European Society for Medical Oncology, ESMO)年会是欧洲最负盛名和最具影响力的肿瘤学会议,每年都有超过20,000名专业人士参会。ESMO大会汇聚了来自世界各地的临床医生、研究人员、患者倡导者、记者和制药业人士 ,分享肿瘤学领域的最新进展,并将科学研究进展转化为最佳临床实践。            
         
编辑、排版丨SX   
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关键词:
CREBBP,MSKCC,ESMO,PMS2

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