文献速览｜澳大利亚维多利亚州结核病全基因组测序：2017—2020年基因组学实施性研究

Whole genome sequencing for tuberculosis in Victoria, Australia: A genomic implementation study from 2017 to 2020 

Dale K，Globan M，Horan K，Sherry N， Ballard S，Tay EL，Bittmann S，Meagher N，Price DJ，Howden BP，Williamson DA，Denholm J.

Lancet Reg Health West Pac，2022，28：100556.

doi: 10.1016/j.lanwpc.2022.100556. 

背  景

全基因组测序（WGS）越来越多地被结核病（TB）项目用于监测结核分枝杆菌（MTB）的传播。本研究旨在描述澳大利亚维多利亚州低发病率环境中结核病和结核分枝杆菌传播的分子流行病学特征，并评估WGS的效用。

方  法

对2017—2020年结核病患者中的所有首次结核分枝杆菌分离株开展WGS。对潜在的聚集性(≤12个单核苷酸多态性[SNP]）进行流行病学关联调查。高度相关的传播事件(≤5个SNP）聚集性分别根据流行病学关联的存在或不存在被分类为可能或疑似（事件）。总结了各个案例的特征和传播背景（由案例关系定义）。泊松（Poisson）回归用于检验与续发病例数的相关性。

结  果

1844例结核病患者中，1276例（69.2%）已测序分离菌株，其中182例（14.2%）分布在54个高度相关的聚集中，规模为2~40例。经流行病学调查后，140例（占已测序病例的11.0%）被归类为可能/疑似的本地传播，其中82例（6.4%）为可能传播。常见的传播环境是社会/宗教（26.4%）、家庭（22.9%）和生活在不同家庭的家属（7.1%），另有很多传播环境并不确定（41.4%）。虽然家庭传播在许多聚集（n=24）中展示出特征，但相关聚集（中位数=3例）通常比涉及社会/宗教环境传播的少数集群（n=12，中位数=7.5）小。痰涂片阳性与较高的继发病例数相关。

解  释

WGS结果表明，在当地低发病率环境中，结核分枝杆菌传播通常发生在家庭之外。需要进一步开展工作，优化WGS在结核病公共卫生管理中的使用。

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翻译：李   涛

编辑：王   然   

审校：郭   萌

发布日期：2022-09-13