学术先声丨NGS检测助力发现早期肺腺癌新型LOC101927967-ALK融合

2022

09/06

先声诊断

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相较于免疫组化（IHC）和荧光原位杂交（FISH），基于DNA水平或RNA水平的NGS检测可以对未知融合伴侣以及断点进行更有效的识别，为临床提供更丰富的突变信息。但是基于RNA的检测相对来说对于样本质量的要求较高，因此基于DNA水平的NGS在融合基因检测方面具有更广泛的临床应用价值。

在非小细胞肺癌（Non-small cell lung carcinoma，NSCLC）中，间变性淋巴瘤激酶（Anplastic lymphoma kinase，ALK）融合是常见的发病机制，是重要的诊断和治疗靶点。

近日，先声诊断与吉林大学第二医院合作报道了一例罕见的LOC101927967-ALK 融合的肺腺癌患者，该案例发表于OncoTargets and Therapy（IF=4.147）^[1]。

案例分享

一名61岁男性因咳嗽、发烧、胸闷就诊，患者胸部CT显示左肺上叶占位性病变，初步诊断为肺恶性肿瘤。随后患者接受手术治疗，术后病理为肺腺癌，IA期（pT1aN0M0）（图1）。

图1. 胸部计算机断层扫描显示患者肺部肿瘤的不同阶段

(A) 2020 年 4 月初步诊断显示左肺上叶尖后段结节性高密度影; (B) 2020 年 6月手术后 CT 扫描

为寻求更精准的个性化诊疗方案，患者选择将组织样本送至先声诊断实验室进行二代测序（NGS）检测分析。我们对病灶进行了NGS检测，发现了新型LOC101927967-ALK融合（图2）。该LOC101927967-ALK融合是由LOC101927967的下游基因间区域与ALK的20-29号外显子产生的，保留了ALK的完整激酶结构域。此外，免疫组化（IHC）和荧光原位杂交技术（FISH）的结果证实存在ALK融合（图3）。

图2. LOC101927967-ALK融合的二代测序结果

(A) LOC101927967-ALK 的Integrative Genomics Viewer视图; (B) LOC101927967 基因间区域 ALK 融合的示意图，该变异是由 LOC101927967 和 REG3G 之间的基因间区域与 ALK 的外显子 20-29 融合产生的

图3. 肺腺癌患者的LOC101927967-ALK融合

(A) FISH观察到ALK的分裂信号，频率为66%; (B) IHC显示ALK蛋白呈强阳性表达

据我们所知，这是首次描述肺腺癌中LOC101927967基因间区和ALK外显子20-29之间的基因间区融合的报道。肺癌中有多个融合伴侣，但相应程度和持续时间是异质的。NGS是一种高通量分子分析技术，可以同时检测单核苷酸变异（SNV）、基因拷贝数变化、插入缺失和融合等突变形式，为临床治疗提供丰富的信息。因此，NGS可作为ALK状态和其他驱动基因的筛选方法，FISH和/或IHC检测可作为合理的验证手段。

Liu等人 ^[2] 报道，ALK重排不是手术切除肺腺癌患者的独立预后因素。由于肺癌的早期阶段和经济情况考虑，患者选择定期监测而不是辅助治疗。在我们的病例中，可以在患者病情进展后考虑ALK-TKIs治疗。我们的案例报告丰富了ALK融合突变谱，并为患者提供了可能的靶向用药机会。此外，需要更多的研究来更好地理解间区ALK融合和ALK阳性的早期NSCLC。

小结

目前， 先声诊断利用NGS平台结合自主研发的生信算法能有效检测出ALK融合 。该案例丰富了ALK融合突变谱，为出现该融合的患者提供了预后提示以及后续可选的用药参考。 END

参考文献：

[1] Jia, X., et al., A Novel LOC101927967 Intergenic Region ALK Fusion Identified by NGS and Validated by IHC and FISH in a Patient with Early Stage Adenocarcinoma of Lung. OncoTargets and Therapy, 2022. Volume 15: p. 251-254.

[2] Liu, Y., et al., Prognostic significance of anaplastic lymphoma kinase rearrangement in patients with completely resected lung adenocarcinoma. J Thorac Dis, 2019. 11(10): p. 4258-4270.

撰写丨HQR

编辑、排版丨SX