tNGS会不会把mNGS打趴下？

宏基因检测大家都比较熟悉啦，过去的两年多也是特别火热的技术，但我们今天要聊的是宏基因的“弟弟”，靶向基因测序，或者叫“小宏基因”吧！这个后生好猛，医院一旦开了小宏基因，基本就把大宏基因打的就只剩几个了，那我们今天就来研究一下这个技术。 这里借用一下中国食药鉴定研究院对于靶向测序的描述， 病原靶向测序（tNGS）通过超多重PCR扩增与高通量测序两种技术的结合，能够对待测样本中几十种至几百种已知病原微生物及其毒力和/或耐药基因进行检测。对低浓度的病原微生物的检测，特别是其毒力和/或耐药基因检测，与病原宏基因组测序（mNGS）相比，tNGS具有病原谱范围明确、测序成本低等优势。因此，tNGS在临床检验领域正受到越来越多的关注。 （引自中国食品药品检定研究院）  

这个评价算是非常高了，但靶向测序的优点也确实值得被称赞，我觉得关键的原因还是把测序的价格降下来了，从原来的三四千打到现在几百到一千的价格，这就使得测序的临床应用范围更加的广泛了。同时就目前的数据来看，临床常见的病原体统共也就一两百种是比较常见的，与多达近万种的大海捞针式的宏基因相比，靶向基因测序（小宏基因）的性价比就很高了。tNGS技术将“PCR”和“NGS”的优势结合 ，采用超多重PCR正向富集目标病原，提升检测灵敏度，同时可以排除宿主核酸干扰，经测序和生信分析可实现不同症候群、感染脏器、患者类型等多种临床场景的核心病原鉴定。tNGS较mNGS极大提高了检测敏感性，且可以同时兼顾DNA和RNA流程，并极大缩短了检测时间，具有性价比高、可定制化的特点，是一个可应用于多场景的技术平台。 tNGS从检测流程和周期上来看，整体TAT时间会略有缩短，但是在文库构建和高通量测序环节依旧需要花费很多的时间。但是样本送到实验室内基本可以在20小时以内出结果。 从技术上来看，tNGS和mNGS最大的区别在于在测序之前的PCR扩增是不是特异，如果是非特异性的，那就是宏基因，后续的测序没有偏移，覆盖范围更广；如果是特异性的，那就是tNGS，通过选中一部分靶序列进行测序，可以提高精度，但是会损失一部分靶标。 

 这里有一个概念就是“富集技术” 

（1）PCR扩增子富集 在NGS测序之前，先用与已知核苷酸序列互补的引物PCR扩增数百至数千个碱基对的病毒基因组来富集小病毒基因组）。 

（2）靶向富集技术 靶富集（TE）方法是病毒基因组PCR和宏基因组测序问题的一种解决方案。这些方法通常会首先设计为与病原体参考序列互补的小RNA / DNA探针。 与基于特异性PCR扩增子的方法不同，探针靶向富集可使整个基因组被重叠探针所覆盖，这些探针用于杂交反应以捕获与其固相结合的互补DNA序列。 

三个病毒测序技术对比总结 

三个病毒测序技术细节对比 

靶向测序（tNGS）会不会把宏基因（mNGS）打趴下？ 

自从这个靶向测序小宏基因一出现，基本就开始快速的抢宏基因的市场，甚至还会压缩一部分呼吸道多联检的市场。我觉得主要原因还是把价格打下来了，这也是之前测序一直很难普及的原因，tNGS的出现其实是在价格和多靶标之间找到了一个非常好的契合点，当然如果哪一天宏基因的价格也能做到和tNGS的价格差不多了，那可能情况又会发生变化。 靶向测序本身也不是一个特别新的技术，只不过是一开始因为感染性疾病的复杂性，似乎大而全的宏基因才能更好的满足临床需求，但随着数据的积累越来越多，不管是企业还是医院医生也逐渐意识到一两百种的病原体可能就够用了，所以小宏基因开始火起来了。 但是小宏基因如何做到高效的靶向扩增其实也挺难的，病原体重数越多，可能需要设计的引物和探针就越多，而引物和探针越多就容易导致干扰；同时做核酸提取的朋友都知道，不同的病原体类型、核酸类型面对核酸提取试剂所呈现出来的效率也是不一样的。这就导致细菌和病毒、DNA和RNA可能侧重了一个就会损失另一个，如何做到兼容是一门学问，这和做人体基因组的靶向测序是不一样的，是病原体靶向需要克服的一个难关。

来源：IVD从业者网 参考资料：病毒研究星球、探普生物、中国食品药品检定研究院等

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