肿瘤NGS检测的未来发展一定是从单一癌种到多癌种、单基因到多基因、小panel到大panel的趋势
纵观美国FDA批准的肿瘤NGS检测产品(Foudation Focus CDx BRCA ➝ Oncomine Dx Target Test ➝ Praxis Extended RAS Panel ➝ MSK-IMPACT 468基因 ➝ FoundationOne CDx 324基因),我们可以发现肿瘤NGS检测的未来发展一定是从单一癌种到多癌种、单基因到多基因、小panel到大panel的趋势。
NGS大Panel通常包含几百个基因,普遍具有覆盖癌种类型广泛、涵盖相关基因及变异类型更多样,提供的临床诊疗建议及其疗效提示更全面的特点。那么,NGS大Panel检测除了“大而全”的特性外,对肿瘤患者和临床科研有哪些检测价值呢?
一、NGS大Panel检测有助于更加全面的用药指导
随着FDA在2018年批准拉罗替尼用于NTRK融合的实体瘤患者,到2019年批准恩曲替尼用于NTRK融合的实体瘤患者,再到2022年批准达拉非尼联合曲美替尼用于BRAF V600E突变的实体瘤患者,“不限癌种”靶向药物的陆续获批打破了以往药物以肿瘤类型作为适应症的界限,开启了以特定分子变异指导肿瘤用药的精准医学时代。
对于晚期肿瘤患者而言,其组织样本弥足珍贵,患者体内基因突变更为复杂,多线治疗后甚至出现耐药现象,NGS大Panel检测可以从有限的样本中获取更多的突变基因,发现耐药位点,提供全面的治疗信息。一项临床研究发现,针对晚期结直肠癌患者,仅进行KRAS基因热点突变检测,患者阳性检出率只有40%;进行小Panel(<50个基因)检测,患者阳性检出率可以增加至65%;而进行NGS大Panel(>400个基因)检测,可在99%的患者中检测到驱动基因突变。
通过一个样本、一次检测数百个基因,对于发现关键基因的罕见突变十分有利,可以帮助患者有机会使用更多获批药物,参与到符合入组标准的临床试验,为疾病治愈提供更多的可能性。
二、NGS大Panel检测有助于更加精准的筛选免疫治疗获益人群
肿瘤免疫治疗已成为目前临床最主要的治疗手段之一,但并非所有患者都能从中获益。研究发现从免疫治疗中获益的患者人群仅为10%-30%。在临床中如何精准筛选出获益人群尤为重要。NGS大Panel的出现更好地满足了临床需求。
众所周知,TMB检测的金标准是全外显子组测序(WES),但WES测序成本较高、样本需求量较大、数据分析较复杂,因此在临床应用中受限。通过NGS大Panel检测TMB成为临床最佳选择。目前已获得FDA批准用于检测TMB的panel有Foundation One CDx(324基因)和MSK-IMPACT (468基因),被证实均能达到与WES高度的相关性。
此外,MSI也是重要的免疫生物标志物之一。在一项跨癌症研究中,针对2801个病例进行NGS和PCR方法检测MSI,与PCR检测MSI相比,NGS检测MSI的敏感性为95.8%,特异性为99.4%,阳性预测值为94.5%,阴性预测值为99.2%,可见两种检测方法具有高度的一致性。
在临床仅能提供少量样本的情况下,NGS大Panel检测在兼顾靶向药物分子匹配、分子分型及预后评估的同时,亦能兼顾对TMB、MSI及免疫疗效相关基因的检测,从而综合指导患者靶向治疗和免疫治疗。因此,NGS大Panel检测为因样本数量受限而无法进行多项检测需求的患者提供更多便利性,性价比更高。
三、NGS大Panel检测检测有助于临床科学研究及成果转化
肿瘤的发生发展机制非常复杂,虽然已发现了大量肿瘤相关基因,但仍有众多基因的作用机制是未知的,需要用科学研究去探索。肿瘤大panel基因检测可以更全面地描绘基因变异图谱,加速推进前沿科学研究及其成果的临床医学转化。
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