李燕明与肖飞团队建立正常人群血液循环DNA的微生物参考数据集

随着高通量测序技术的快速发展，目前基于血液游离DNA（cfDNA）测序的液体活检技术已经广泛用于临床的微生物检测和鉴定，特别是针对临床未知感染检测的重要补充部分。但是，如果要根据cfDNA测序结果正确解读感染的病原体，还迫切需要建立健康个体关于微生物的cfDNA参考数据集。

2022年5月26日，国家老年医学中心、北京医院呼吸与危重症医学科李燕明教授团队和临床生物样本管理中心肖飞研究员团队经5年的潜心研究，在微生物领域著名期刊《Microbiology Spectrum》（影响因子：7.6）发表了题为“Peripheral Blood Microbiome Analysis via Noninvasive PrenatalTesting Reveals the Complexity of Circulating MicrobialCell-Free DNA”（中文译名：基于无创产前诊断中的微生物组学分析揭示了血液游离微生物DNA的复杂性）的研究论文，根据无创产前诊断(NIPT)与微生物宏基因组测序方法的相似性，利用了10万多份NIPT的低通量测序结果，建立了中国健康人微生物cfDNA谱图，呈现了正常人体微生物cfDNA存在复杂的区域多样性和复杂性，也为临床根据cfDNA测序结果解读出致病微生物提供了重要的参考数据集。

主要团队成员：

李燕明（中） 肖飞（右） 佟训靓（左）

本项研究由北京医院研究团队进行实验设计，并联合其他合作单位共同完成数据采集和分析。共同通讯作者为呼吸与危重症医学科李燕明教授、临床生物样本管理中心肖飞研究员，第一作者为呼吸与危重症医学科佟训靓博士，临床生物样本管理中心苏斐博士、李贺鑫主管护师和检验科许宏涛博士等共同完成数据采集和数据分析。该团队从微生物cfDNA测序工作中普遍存在的临床需求出发，利用NIPT产生的海量数据，建立了中国健康人微生物cfDNA参考数据集，取得了重要的突破性进展。

该团队利用10万余份脱敏后的NIPT筛查数据，过滤掉人体基因组DNA序列，重新分析了剩余的微生物序列，揭示了人体游离DNA中95%以上的序列来自细菌，3%来自真核生物，0.4%来自病毒，并对微生物可能的起源进行了解读，区分了肠道或环境的微生物。研究也显示了在国内不同省份和地区之间的微生物存在着巨大的区域多样性和复杂性。另外团队还研究了弓形虫（Toxoplasma Gondii）、风疹病毒（RV）、巨细胞病毒（CMV）和单纯疱疹病毒（HSV）感染（TORCH），与其他常见病毒包括HBV、EBV和HPV之间共生关系。

此项研究还揭示了未来需要更大规模的我国健康人群微生物cfDNA测序研究，建立更为全面的参考数据集；而且也提示微生物cfDNA测序结果解读需要全面考虑地域差异，饮食等生活习惯差异，慢性感染情况以及身体健康状况等多种因素，这样才能为临床感染的诊断与治疗提供更有效的信息。

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