早期阳性液体培养物直接测序预测结核分枝杆菌药物敏感性的研究

作者：吴小翠，谭光坤，沙巍，刘海灿，杨景卉，郭银娟，沈鑫，吴哲渊，沈洪波，余方友

作者单位：同济大学附属上海市肺科医院（吴小翠、沙巍、杨景卉、郭银娟、沈洪波、余方友）；上海中医药大学附属曙光医院（谭光坤）；中国疾病预防控制中心传染病预防控制所（刘海灿）；上海市疾病预防控制中心（沈鑫、吴哲渊）

Use of Whole-Genome Sequencing to Predict Mycobacterium tuberculosis Complex Drug Resistance from Early Positive Liquid Cultures

Wu X, Tan G, Sha W, Liu H, Yang J, Guo Y, Shen X, Wu Z, Shen H, Yu F.

Microbiol Spectr, 2022, 10(2):e0251621.

doi: 10.1128/spectrum.02516-21.

PMID: 35311541.

· 目的·

评估全基因组测序技术对早期阳性液体培养物直接测序预测结核分枝杆菌药物敏感性的效能。

· 方法 ·

纳入上海肺科医院的结核病患者结核分枝杆菌临床分离株，并进行药物敏感性试验。使用TB-Profiler信息学平台对早期分枝杆菌生长指示管中阳性液体培养物进行全基因组测序，从而预测其耐药性。

· 结果 ·

共有182株临床分离株纳入研究，以表型药物敏感性试验作为金标准，全基因组测序对利福平、异烟肼、乙胺丁醇、链霉素、莫西沙星、氧氟沙星、阿米卡星、卡那霉素、乙硫异烟胺、对氨基水杨酸、环丝氨酸的的总检测敏感度和特异度分别为97.1%（89.8%～99.6%）和90.4%（83.4-95.1%）、91.0%（82.4%～96.3%）和 95.2%（89.1%～98.4%）、100.0%（89.4%～100.0%）和 87.3%（80.8%～92.1%）、96.6%（88.3%～99.6%）和61.8%（52.6%～70.4%）、86.8%（71.9%～95.6%）和95.8%（91.2%～98.5%）、86.5%（71.2%～91.5%）和95.2%（90.3%～98.0%）、100.0%（54.1%～100.0%）和67.6%（60.2%～74.5%）、100.0%（63.1%～100.0%）和67.2%（59.7%～74.2%）、62.5%（24.5%～91.5%）和88.5%（82.8%～92.8%）、33.3%（4.3%～77.7%）和98.3%（95.1%～99.7%）、0.0%（0.0%～12.3%）和100.0%（97.6%～100.0%）。基于对利福平、异烟肼、乙胺丁醇、链霉素、莫西沙星、氧氟沙星、阿米卡星、卡那霉素、乙硫异烟胺、对氨基水杨酸、环丝氨酸的全基因组测序的药物敏感性检测，与表型药物敏感性检验一致性的结果分别为92.9%、93.4%、89.6%、73.1%、94.0%、93.4%、68.7%、68.7%、87.4%、96.2%和84.6%。

· 结论·

在这项研究中，我们使用了来自182株结核分枝杆菌复合物临床分离株的早期阳性液体培养物进行全基因组测序和使用TB-Profiler信息学平台来预测其耐药性，而不是使用固体培养物进行研究。

结果表明，全基因组测序很可能是一种有前途的、可直接通过测序早期阳性液体培养物来预测结核分枝杆菌药物敏感性的方法。

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编辑：孟莉

审校：范永德

发布日期：2022-05-12

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