结石研究（4）：KEGG信号通路数据库

    所谓信号通路，你可以把它理解成每个细胞里的生产线，细胞内有很多个生产线，每个生产线上都有很多个分子，这些分子互相合作生成某个“产品”，这个产品会对细胞产生某种影响，这就是通路。刚刚接触信号通路时，我们很有可能误把信号转导通路误以为就是通路的全部。其实，二者是包含和被包含的关系，信号通路的内容更大。信号通路主要包括metabolic pathway（代谢通路，比如说三羧酸循环），gene regulation pathway（基因调控途径，比如说基因的丢失扩增）和signal transduction pathway(信号转导通路，比如G蛋白介导的细胞信号转导途径)以及一些药物或疾病的相关分子之间的作用关系。

    KEGG（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes）——京都基因与基因组百科全书，是日本京都Kanehisa Laboratories根据文献证据手工整理的一个庞大数据库（包括信号通路、基因、疾病、药物等等）。KEGG有别于其他数据库的一个显著特点就是具有强大的图形功能，它利用直观图形而不是繁缛的文字来介绍众多的代谢途径以及各途径之间的关系，简单明了。数据库的维护人员会不定期地根据最近出版的一些权威的论文和实验室数据对该数据库进行更新，基本上1-2天就会更新一次，来保证数据库的信息与科研成果保持同步。目前我们看到的KEGG数据库就是2019年5月1日更新的。

进入KEGG数据库，点击左侧的KEGG overview就可以看到KEGG的整体介绍，以及不同颜色的KEGG所代表的不同分类信息。

我们可以根据自己所要查询的信息，在不同子数据库里具体查询，也可以在总页面的上方输入关键字查询，输入的信息越详细，查询到的结果越快捷精确。你也可以在搜索某种基因时加上简称的标识，比较常用的人类是hsa，小鼠是mmu，这样可以缩小查询范围。

（一）以转化生长因子-β例为例

在KEGG数据库中，以转化生长因子-β（transforming growth factor-β,TGF-β)信号通路为例，pathway的表现方式有以下几种：

一种表现形式是map，map通路图都是白色的背景，黑色的字体，没有其他颜色填充，是每一个信号通路图最原始最独立也是最完整的一种表现形式。左上角写着通路的名字，每一个矩形方框代表通路上的具体的某个基因，可以点击方框进入其他界面具体查询。

第二种表现形式是KO，我们可以从map形式直接切换到这种形式，进入到该种模式后会发现，相同的通路图，方框里却有了淡蓝色的填充色，同样也可以点击具体方框查询基因信息。

同时，也可以在下拉栏中选择具体的研究物种，这时候的方框填充颜色就变成了浅绿色。我们在日常实验中，选用这种方式的居多。

以上是为了给大家介绍常用的几种pathway的表现形式，日常查询时，其实可以直接在KEGG pathway中选择物种，输入关键字进行查询：

1、可以搜索信号通路名称；

2、也可以输入某种疾病或者表现形式进行查询，比如autophagy、lung cancer；

3、更可以搜索某个基因或某几个基因的名称。

以上来源：https://www.sci666.com.cn/6513.html

（二）以Wnt通路为例

Wnt通路，也就是Wnt/β-Catenin（经典Wnt通路），Wnt/PCP（平面的细胞极性途径）和Wnt/Ca2+（Wnt/钙离子）三条信号通路组成。

再删减一下，经典Wnt信号通路的骨架会是什么样呢？就是这样：

来看懂这样的图呢？我们来看一下KEGG Pathway的具体图例：

把这些图例用来解释经典Wnt信号通路骨架图，就变成了：

来源：公众号《实验万事屋》