科研 | 中科院深海所（IF：5.64）：水族馆中四种不同海洋哺乳动物肠道菌群的比较研究（国人佳作）

编译：微科盟北岸，编辑：微科盟茗溪、江舜尧。

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导读  

       尽管越来越多的研究学者认识到宿主-微生物相互作用在生态和进化过程中的重要性，但一些海洋哺乳动物肠道微生物群落的信息仍然缺乏。此外，饮食、环境或宿主系统发育是否对微生物群落结构有最大影响尚不清楚。为了填补部分知识空白，研究人员利用了一家水族馆，实验对象包括属于独角鲸科的白鲸（Delphinapterus leucas），属于海豚科的太平洋白海豚（Lagenorhynchus obliquidens）和普通宽吻海豚（Tursiops truncatus），以及属于海狮科的非洲毛皮海狮（Arctocephalus pusillus pusillus）。结果显示鲸鱼、海豚和非洲毛皮海狮的微生物群落组成存在显著差异，表明宿主系统发育（科分类水平）对微生物群落的形成起着最重要的作用，而不是食物和环境。总体而言，与鲸鱼和非洲毛皮海狮相比，海豚肠道微生物群落的多样性明显较低。总体来看，肠道微生物群落主要由厚壁菌门（Firmicutes）和γ变形菌门（Gammaproteobacteria）组成，以及属于拟杆菌门（Bacteroidetes）、梭杆菌门（Fusobacteria）和Epsilonbacteraeota的成员。然而，特定的细菌谱系在海洋哺乳动物类群中存在差异。白鲸肠道的优势菌群为毛螺菌科（Lachnospiraceae）、瘤胃球菌科（Ruminococcaceae）和消化链球菌科（Peptostreptococcaceae），而非洲毛皮海狮的主要菌群为莫拉氏菌科（Moraxellaceae）和拟杆菌科（Bacteroidaceae）。此外，太平洋短吻海豚和普通宽吻海豚的肠道微生物群落均以产气荚膜梭菌（Clostridium perfringens）、弗氏弧菌（Vibrio fluvialis）、摩氏摩根菌（Morganella morganii）等多种致病菌为主，反映出这些动物的健康状况较差。虽然微生物在海洋哺乳动物肠道中的作用已经得到越来越多的认识，但目前关于这些微生物群落的知识仍然严重缺乏。需要开展大规模的研究，揭示不同海洋哺乳动物肠道菌群的作用。

论文ID

原名：Comparative Study of the Gut Microbiota Among Four Different Marine Mammals in an Aquarium

译名：水族馆中四种不同海洋哺乳动物肠道菌群的比较研究

期刊：Frontiers in Microbiology

IF：5.640

发表时间：2021.10.21

通讯作者：张培君 & 李松海

通讯作者单位：中国科学院深海科学与工程研究所海洋哺乳动物与海洋生物声学实验室

DOI号：10.3389/fmicb.2021.769012 

实验设计

实验结果

1 测序统计和微生物多样性

       通过质量控制，从35份不同海洋哺乳动物粪便样本中获得1,927,942条序列，其中包括2只白鲸、3只太平洋白边海豚、1只普通宽吻海豚和9只非洲毛皮海狮。从每个样本中获得平均55,084 ± 10,935条序列。为了获得更准确的α多样性结果，研究人员将每个样本的序列细化到33,334条，然后使用该序列集分析微生物多样性、组成和结构。计算了不同海洋哺乳动物肠道微生物群落的α-多样性。Shannon、Inverse Simpson、Chao1和观测丰富度指数表明白鲸和非洲毛皮海狮的肠道微生物群落α多样性高于太平洋短吻海豚和普通宽吻海豚（图1）。

图1 对白鲸、太平洋短吻白海豚、普通宽吻海豚和非洲毛皮海狮的35个粪便样本的四个α多样性指数，Shannon（A）、Inverse Simpson（B）、观测丰富度（C）和Chao1（D）进行比较。基于Wilcoxon秩和检验，*差异在0.05水平上显著，**差异在0.01水平上显著。结果基于ASVs数据集。

2 菌群结构和组成 

       NMDS分析发现微生物群落的清楚地分为三个群体：白鲸、2种海豚和非洲毛皮海狮（图2）。这些结果表明，鲸鱼、海豚和非洲毛皮海狮拥有不同的肠道微生物群落，即使在类似的食物和环境中也是如此。此外，MRPP、ANOSIM和PERMANOVA分析表明鲸鱼、海豚和非洲毛皮海狮的肠道微生物群落中具有显著性差异（p < 0.01）。太平洋白海豚和普通宽吻海豚之间没有显著差异（p > 0.05；表1）。 在ASV分类的相似性阈值为97%下，微生物在门、科和属分类水平的相对丰度较为清晰，并提供了微生物群落组成的详细信息（图3-5）。厚壁菌门是白鲸粪便中的优势菌群，占94%～96%。3只太平洋短吻海豚中2只海豚的主要微生物门也是厚壁菌门，第3只海豚（Duomi）优势菌群为γ变形菌门（76%~83%）。本研究中，普通宽吻海豚的粪便样本优势菌群为γ变形菌门。非洲毛皮海狮的肠道微生物优势菌群为厚壁菌门、拟杆菌门、梭杆菌门、Epsilonbacteraeota和γ变形菌门，然而，不同非洲毛皮海狮粪便样本的各自组成略有不同。在科分类水平上，属于梭菌目的毛螺菌科（Lachnospiraceae）、瘤胃球菌科（Ruminococcaceae）和消化链球菌科（Peptostreptococcaceae）是白鲸粪便样本中的优势菌科。肠杆菌科（Enterobacteriaceae）、肠球菌科（Enterococcaceae）、梭菌科1（Clostridiaceae 1）和消化链球菌科是太平洋短吻海豚粪便样本中的优势菌科。普通宽吻海豚的肠道微生物群落优势菌科为肠杆菌科、梭菌科1和消化链球菌科，但弧菌科（Vibrionaceae）也是部分粪便样本中的优势菌科之一。弯曲杆菌科（Campylobacteraceae），梭杆菌科（Fusobacteriaceae），菌科XI（Family XI属于梭菌目），莫拉菌科（Moraxellaceae）和拟杆菌科（Bacteroidaceae）是非洲毛皮海狮的优势菌科。此外，在属分类水平上，白鲸的肠道微生物群落主要由Lachnoclostridium、Romboutsia、Fourniella和断链真杆菌菌系（Eubacterium fissicatena group）组成。在太平洋短吻海豚粪便中，大肠杆菌-志贺氏杆菌（Escherichia-Shigella）、Clostridium sensu stricto 1和肠球菌属（Enterococcus）是优势菌属，而在普通宽吻海豚粪便样本中，弧菌属（Vibrio）、摩根氏菌属（Morganella）和Clostridium sensu stricto 1是优势菌属。非洲毛皮海狮的优势菌属为梭杆菌属（Fusobacterium）、弯曲杆菌属（Campylobacter）、嗜冷杆菌属（Psychrobacter）、拟杆菌属（Bacteroides）、Marinifilum和Ezakiella。

图2 NMDS分析将肠道微生物群落将样本分为3个组，第一组由白鲸粪便样本组成，第二组由太平洋短吻海豚和普通宽吻海豚粪便样本组成，第三组由非洲毛皮海狮粪便样本组成。结果基于ASVs数据集，左（A）和右（B）图分别基于Bray-Curtis距离和Jaccard距离计算。

图3 在门分类水上，白鲸、太平洋短吻海豚、普通宽吻海豚和非洲毛皮海狮的肠道菌群组成。

图4 在科分类水上，白鲸、太平洋短吻海豚、普通宽吻海豚和非洲毛皮海狮的肠道菌群组成。

图5 在属分类水上，白鲸、太平洋短吻海豚、普通宽吻海豚和非洲毛皮海狮的肠道菌群组成。

表1 基于Bray Curtis和Jaccard距离的鲸鱼、海豚和非洲毛皮海狮肠道微生物群落差异性检验。

*差异在0.001水平上显著。Whales指白鲸；Dolphins是指太平洋短吻海豚和普通宽吻海豚；Fur seals是指非洲毛皮海狮。

3 不同海洋哺乳动物肠道微生物标志物

       为了更好地了解不同海洋哺乳动物的核心微生物群落，研究人员探索了不同海洋哺乳动物粪便样本在ASV水平上的详细差异。对35个样本进行了质量控制和随机重采样，并在97%的相似性水平上将序列读取分为572个ASVs。如图6所示，在白鲸、太平洋短吻海豚、普通宽吻海豚和非洲毛皮海狮的粪便样本中，分别含有13、44、7和206种独特的ASVs。非洲毛皮海狮分别与太平洋短吻海豚、白鲸和普通宽吻海豚共有132、20和15个ASVs，而太平洋短吻海豚分别与普通宽吻海豚和白鲸共有16和13个ASVs。相比之下，白鲸和普通宽吻海豚之间只有2种ASVs。此外，在所有四种不同的海洋哺乳动物中均检测到44种ASVs。

       生物标志物分析表明，Lachnoclostridium、变形杆菌属（Proteus）、Eubacterium nodatum group、Tyzzerella、瘤胃梭菌属（Ruminiclostridium）、颤螺旋菌属（Oscillospira）、断链真杆菌菌系、Romboutsia、Hydrogenoanaerobacterium 、GCA-900066225（瘤胃球菌科）、Ruminococcus gauvreauii group、分枝杆菌属（Negativibacillus）、Fournierella、粪杆菌属（Faecalibacterium）、Butyricicoccus和其他一些未分类菌属是白鲸肠道微生物群的生物标志物（图7）。肠球菌属是太平洋短吻海豚肠道微生物群落中唯一的生物标志物菌属。在普通宽吻海豚的肠道中，脲原体属（Ureaplasma）和一个未分类菌属是生物标志物。在非洲毛皮海狮的粪便样本中观察到三个生物标志物菌属，梭杆菌属、拟杆菌属和Peptoclostridium。基于ASVs的热图显示，白鲸和非洲毛皮海狮有着不同的肠道微生物群（图8）。同时，太平洋短吻海豚和普通宽吻海豚的肠道微生物群落无法各聚为一组（图8），这与NMDS的结果一致。

图6 白鲸、太平洋短吻海豚、普通宽吻海豚、非洲毛皮海狮肠道内ASVs分布 。

图7 堆叠条形图显示了白鲸、太平洋短吻海豚、普通宽吻海豚和非洲毛皮海狮肠道中ASVs生物标志物的相对丰度。所显示的指示生物是在属分类水平。

图8 热图显示了白鲸、太平洋短吻海豚、普通宽吻海豚和非洲毛皮海狮ASVs生物标志物的分布。热图的每一行和每一列分别对应一个生物标志物和样本。对每个生物标志物的行数据进行z-score转换。基于Pearson相关聚类构建树状图。

讨论

1 同一水族馆中不同海洋哺乳动物肠道微生物群落的主要影响因素

       在这项研究中，研究人员解释了2只白鲸、3只太平洋短吻海豚、1只普通宽吻海豚和9只非洲毛皮海狮的肠道微生物群落。这些海洋哺乳动物居住在中国三亚亚特兰蒂斯酒店的海洋水上公园。此外，这些生物还共享相同的水过滤系统和食物，包括鲱鱼（Clupea harengus）和毛鳞鱼（Mallotus villosus）。α多样性指数表明，白鲸和非洲毛皮海狮的肠道微生物多样性高于太平洋短吻海豚和普通宽吻海豚，2种海豚的肠道微生物多样性相似。鉴于相同的食物来源和水质，研究人员推测太平洋短吻海豚和普通宽吻海豚肠道微生物多样性低可能是动物自身健康状况差的原因。

       在先前的开创性研究中，Ley探索了人类和其他59种生活在圈养和野外的哺乳动物的粪便微生物群。结果表明，宿主食物和系统发育都会影响微生物多样性，且从肉食到杂食再到草食对微生物多样性的影响逐渐增大。肠道微生物群对宿主的代谢有重要的贡献，它通过贡献宿主基因组未编码的酶，如分解多糖和多酚以及合成维生素。不同的食物可以在短期和长期内塑造肠道微生物群落。例如，低摄入量的可获取碳水化合物和膳食纤维可能会减少微生物的多样性和改变微生物群落，导致特定微生物类群的枯竭。在本研究中，四种不同的海洋哺乳动物是食肉动物，生活在相同的环境中，吃相同的食物。因此，如果食物和环境对肠道微生物群落组成和结构的影响大于对系统发育的影响，那么白鲸、太平洋短吻海豚、普通宽吻海豚和非洲毛皮海狮的肠道微生物β多样性应该趋于相似。然而，根据NMDS的结果和不同的统计分析，白鲸、海豚和非洲毛皮海狮的肠道微生物群落存在显著差异。然而，太平洋短吻海豚和普通宽吻海豚的肠道微生物群落在统计学上未分化，研究认为β多样性的相似性可能与动物的健康状况和取样前的医疗处理有关；但是，还需要进一步的研究。

2 白鲸、太平洋短吻海豚、普通宽吻海豚和非洲毛皮海狮肠道中的微生物群落组成和关键物种

       厚壁菌门、拟杆菌门、梭杆菌门和Epsilonbacteraeota的成员是非洲毛皮海狮肠道的优势菌群。最常见的菌属为梭杆菌属、弯曲杆菌属、嗜冷杆菌属、拟杆菌属、Marinifilum和Ezakiella。然而，到目前为止，还没有关于非洲毛皮海狮肠道微生物群落的报告。南极海狗（Arctocephalus gazella）的皮肤微生物群落表明，变形菌门、拟杆菌门、厚壁菌门和放线菌门是主要的菌群。虽然有明确的相似之处，但在非洲毛皮海狮的肠道中，占主导地位的菌群是梭杆菌门，而不是放线菌门。然而，在属分类水平上，在海狗的肠道和皮肤微生物群落中，只有嗜冷杆菌属被检测为优势菌群，皮肤微生物群落中仅检测到Chryseobacterium和Jeotgalibaca为优势菌群，要么在肠道微生物数据集中未检测到Chryseobacterium，要么在太平洋短吻海豚（相对丰度0.003-0.05%）和非洲毛皮海狮（相对丰度0.003-0.02%）的肠道中被识别为单个ASV （Jeotgalibaca）。梭杆菌属是属于梭杆菌科的一个动物相关菌属，广泛存在于人类和其他动物的肠道中，包括老鼠、猕猴、猪、企鹅、条纹原海豚和鲸鱼，以及一些鸟类和鱼类。这些微生物可能起共生或致病作用。

       弯曲杆菌属是动物消化道中非常常见的细菌，其强大的鞭毛运动在营养获取中非常重要，细菌细胞附着在表面并旋转鞭毛以增加代谢的营养流量。根据宿主免疫状态和细菌本身的病理类型，不同种类的弯曲杆菌可能具有不同的病原体或共生特征。例如，空肠弯曲杆菌属和大肠弯曲杆菌属等弯曲杆菌属于最常见的人类胃肠道病原体，可引起细菌性腹泻疾病。此外，通过系统发育分析进一步鉴定了本研究中分类为弯曲杆菌属的ASVs。结果表明，这些ASVs聚集在一起，远离弯曲杆菌属的常见种类（补充图S2）。因此，弯曲杆菌属在非洲毛皮海狮肠道中的作用尚不清楚。嗜冷杆曲菌属是另一个常见的菌属，它的成员可以在不同的海洋环境和海洋生物中找到，如北极峡湾、北极圈冰川、深海、企鹅、珊瑚和海洋甲壳类动物。在这项和以前的研究中，嗜冷杆菌属在非洲毛皮海狮的肠道和南极非洲毛皮海狮的皮肤中占优势。同时，研究人员在白鲸、太平洋短吻海豚和普通宽吻海豚的肠道中几乎没有发现这种细菌。嗜冷杆菌属作为一种共生菌，能改善胃肠道微生物多样性，上调免疫相关基因的表达，被认为是益生菌。根据先前的研究，有趣的是，嗜冷杆菌属相对丰度的降低可能与宿主的抑郁状态有关。同时，代谢组学的结果显示，抑郁症组的氨基酸和脂肪酸水平较低，胆汁酸、次黄嘌呤和甾体类化合物含量较高。然而，这些细菌在抑郁症不同阶段的作用尚不清楚。此外，嗜冷杆菌属是非洲绿松石魟鱼幼小肠道微生物群落的关键菌属之一，被认为在延长宿主寿命方面发挥着重要作用。此外，猪流行性腹泻病毒感染后，猪肠道中的共生菌群——嗜冷杆菌属的相对丰度降低。

       拟杆菌属是主要有益菌群之一，其成员拥有大量编码碳水化合物活性酶的基因，这使他们能够根据可用性，利用复杂的调节机制控制基因表达，在肠道内的不同能源之间轻松切换。多糖是最丰富的生物聚合物，也是最丰富的生物食物来源。拟杆菌属和其他肠道细菌的碳水化合物发酵产生大量挥发性脂肪酸，这些脂肪酸通过大肠吸收，并被宿主用作能量来源，提供宿主每日能量需求的很大一部分。虽然大多数拟杆菌属在肠道中是共栖的，但一些种类也可能与感染有关，包 括脆弱拟杆菌（Bacteroides fragilis）、狄氏拟杆菌（Bacteroides distasonis）、卵形拟杆菌（Bacteroides ovatus）、多形拟杆菌（Bacteroides thetaiotaomicron）、普通拟杆菌（Bacteroides vulgatus）和单形拟杆菌（Bacteroides uniformis），具有显著的发病率和死亡率。然而，在本研究中，拟杆菌属仅在非洲毛皮海狮粪便样本中占优势，在其他3种海洋哺乳动物中很少发现。此外，ASV 12、ASV 24和ASV 35是最主要的ASVs，在属分类水平上被归类为拟杆菌属。基于邻接法的系统发育分析表明，拟杆菌DSM 17135菌株与ASV 12、ASV 24和ASV 35的关系最为密切（补充图S3）。Bacteroides plebeius是一种常见于人类面部的细菌，具有多种菌株。此外，与健康猫相比，患有猫慢性肠病的动物的粪便微生物群中的B. plebeius相对丰度显著降低。Marinifilum通常在沿海海水和沉积物中分离或发现，最有可能参与蛋白质、碳水化合物和脂质的水解和发酵。Ezakiella是一种革兰氏染色阳性、球形厌氧菌，其成员常在健康人的肠道和阴道中发现。然而，根据目前可获得的非常有限的报告，目前尚不清楚该属在肠道和阴道中可能发挥什么作用。

       Lachnoclostridium菌属通常存在于健康人的肠道中。但是，Lachnoclostridium也从肥胖患者的肠道微生物群中分离出来。先前的一项研究报告，在哺乳动物肠道微生物群样本中，Romboutsia菌属是优势菌群。然而，该属可被视为肥胖患者肠道微生物标志物之一。Fourniella可在人类粪便样本中发现，据报道，它与肝内脂肪堆积显著相关。断链真杆菌菌系与宿主的肥胖和肥胖相关代谢紊乱密切相关。以往的研究发现，中-、长-和中-链（MLM）结构脂类具有抗肥胖作用。补充MLM结构脂质后，断链真杆菌菌系的相对丰度降低。在这项研究中，白鲸肠道优势菌群表明它们肥胖或超重，研究人员认为这是白鲸在北极水域抵御严寒的基本环境适应策略。

       在太平洋白海豚粪便样本中，大肠杆菌-志贺氏杆菌、Clostridium sensu stricto 1和肠球菌属是主要的菌群。然而，只有一种ASV（ASV3）被分配给大肠杆菌-志贺氏杆菌。系统发育分析的结果表明，ASV3与Cronobacter turicensis或Erwinia iniecta密切相关（补充图S4）。Cronobacter turicensis是一种机会性食源性病原体，可导致严重的疾病表现，如脑脓肿、脑膜炎、坏死性小肠结肠炎和系统性败血症。只有一篇论文报道了大肠杆菌对俄罗斯麦蚜具有毒力。最丰富的ASV，即ASV2，在属分类水平上被注释为Clostridium sensu stricto 1，并根据系统发育分析与产气荚膜梭菌（Clostridium perfringens）密切相关（补充图S5）。ASV11存在于太平洋短吻海豚的粪便样本中，并与乳肠球菌（Enterococcus lactis）密切相关（补充图S6），乳肠球菌可产生一种抗菌物质，该物质稳定在广泛的pH范围（2–10）内和在100°C下加热15分钟。因此，乳肠球菌被归类为益生菌。产气荚膜梭菌是一种典型的厌氧、革兰氏阳性芽孢杆菌，可分泌20多种毒力毒素，与动物和人类的肠道疾病有关，包括腹泻、坏死性小肠结肠炎和肌坏死。本研究发现产气荚膜梭菌在普通宽吻海豚的粪便样本中占优势。另外两个主要的菌群是弧菌属和摩根式菌属。系统发育分析表明ASV40与弗氏弧菌密切相关（补充图S7），ASV5与Morganiella morganii密切相关（补充图S8）。V. fluvialis和M. morganii都是致病菌。V. fluvialis是一种嗜盐的革兰氏阴性病原体，常见于沿海环境，包括海水和海鲜。已广泛报告了由V. fluvialis引起的几起急性腹泻暴发和散发病例。M. morganii是一种革兰氏阴性细菌，存在于人类肠道内，与许多疾病有关，包括蜂窝织炎、脓肿、败血症、菌血症和腹泻。这些结果表明，太平洋短吻海豚和普通宽吻海豚的健康状况较差。

       指示物种是指仅限于一种或几种栖息地类型的物种，作为“专家”，其对局部或区域灭绝的敏感性更大。这些生物也可能比生境多面手更能代表环境变化的生态指标。例如，在植被研究中，将绝对倾向于出现在单个或最多几个植被类型中的植物物种确定为指示物种，这种方法有助于在研究调查中确定植被类型。为了找出单个物种与代表栖息地类型、群落类型或其他类别的一组或多组地点之间的关联，使用指标值指数（IndVal）来评估这些关系。由于本研究中来自不同海洋哺乳动物群体的粪便样本数量不均衡，研究人员使用指标价值指数来消除每组中不同数量的影响。根据设定的阈值（IndVal.g > 0.95，p < 0.001），研究人员的结果表明，白鲸肠道微生物群落含有28种代表ASVs的指示物种。在非洲毛皮海狮和普通宽吻海豚的肠道微生物群落中分别鉴定出5种和2种ASVs。然而，在太平洋短吻海豚的肠道微生物群中仅检测到1种ASVs。基于这些指示物种的热图结果表明，不同种类的海洋哺乳动物可以拥有不同的微生物群落，但太平洋宽吻海豚和普通短吻海豚除外，它们无法分离。有趣的是，在此研究中，普通宽吻海豚粪便样本中相对丰度最高的微生物菌门是γ变形菌门和厚壁菌门，以及科分类水平的弧菌科、肠杆菌科、梭菌科1和消化链球菌科。这些发现与以前的研究一致。在以前的研究中，梭杆菌科的梭杆菌门也被记录为优势菌群，然而，研究人员几乎没有在普通宽吻海豚的肠道微生物群落中检测到梭杆菌门，但发现它主要存在于非洲毛皮海狮的粪便样本中。此外，在属分类水平上，以前的工作已经表明，鲸杆菌属（Cetobacterium；70.9%）、梭菌属XI（Clostridium XI；5.3%）和Clostridium sensu stricto（4.2%）在普通宽吻海豚粪便样品中具有相对最高的丰度，而在本研究的微生物数据集中，弧菌属（弗氏弧菌）、摩根式菌属（摩氏摩根菌）和Clostridium sensu stricto 1（产气荚膜梭菌）是主要的菌群，它们都是致病细菌，尤其是产气荚膜梭菌，据报道是常见宽吻海豚的病原体。此外，研究人员还在太平洋短吻海豚粪便样本中检测到大量产气荚膜梭菌，因为产气荚膜梭菌可以通过皮肤伤口进入其他海豚，而皮肤伤口是这些细菌渗透和传播的焦点。同时，相同细菌在太平洋短吻海豚和普通宽吻海豚之间的传播可能有助于它们之间微生物群落结构的相似性。不幸的是，研究人员没有发现任何关于太平洋短吻海豚肠道微生物群的公开报道。为了比较全面地了解太平洋短吻海豚的微生物群落，未来应该对来自不同地方的太平洋短吻海豚进行进一步的研究。

结论

       在该研究中，研究人员系统地比较了水族馆中四种不同海洋哺乳动物的肠道微生物群；他们共享同样的食物，依靠同样的水过滤系统。研究人员发现白鲸和非洲毛皮海狮的肠道微生物多样性明显高于太平洋白海豚和普通宽吻海豚。食物、环境和宿主系统发育，所有这些都对微生物群落结构有影响。结果表明，系统发育（> 科分类水平）对微生物群落的形成影响最大。尽管所有物种的食物和水质都相同，但仍然观察到鲸鱼、海豚和非洲毛皮海狮的肠道微生物群落结构存在显著差异。然而，太平洋短吻海豚和普通宽吻海豚的微生物群落表现出相似性，但大多数优势菌群通过系统发育分析显示为致病细菌。此外，在太平洋短吻海豚和普通宽吻海豚的肠道中都发现了一些潜在的病原体，这可能是这两种海豚肠道微生物群落结构相似的原因之一。结果还表明，太平洋短吻海豚和普通宽吻海豚的健康状况较差，白鲸的肠道微生物群有助于抵御寒冷。此研究提供了海洋哺乳动物肠道微生物群落组成的基本信息；然而，关于这一主题的知识仍然很少。为了更好地了解海洋哺乳动物肠道微生物群落结构和组成，应进一步研究肠道微生物的时空分布。

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