肿瘤ceRNA分析最全数据库-LncATCdb3.0版本来啦

导语

LncACTdb 3.0 是一个综合数据库，其中包含竞争性内源性 RNA (ceRNA) 和有助于精准医疗的相应个性化网络之间的实验支持相互作用。 

背景介绍 许多研究表明miRNAs受到存在有miRNA结合位点的lncRNAs，circRNAs，假基因等的调控，从而竞争性的影响miRNA与天然靶标mRNA的结合，即ceRNA调控机制。目前也有许多相关的数据库关注miRNA与其它分子的相关关系，之前使用非常广泛的就是LncATCdb2.0数据库。 最近研究人员推出了数据库的3.0版本，进行了非常多的更新，主要包括：(1) 通过手动整理已发表的文献，跨 25 个物种和 537 种疾病/表型的 5669 种经过实验验证的 ceRNA 相互作用，(2) 来自 62 个TCGA 和 GEO 数据集的 16228 名患者的ceRNA 相互作用和网络，(3) 从文献和数据源手动策划的 ceRNA 的亚细胞和细胞外囊泡位置，(4) 超过 10,000 个实验支持的与肿瘤诊断和治疗相关的lncRNA 生物标志物，(5) lncRNA/mRNA/miRNA 表达谱以及数千名癌症患者的临床和病理信息。文章题目：LncACTdb 3.0: an updated database of experimentally supported ceRNA interactions and personalized networks contributing to precision medicine，发表在NAR上。

使用介绍

01   search   在主界面的Quick search栏输入目的基因，可以快速的查找信息。

结果主要包括：预测数据、实验支持的数据、生物标志物和亚细胞定位

预测数据主要包括：基本信息、泛癌数据、亚细胞定位、ceRNA网络可视化、功能富集、疾病标志物、生存分析等，这部分数据非常丰富，可以满足各种需求。

实验验证的数据主要包括基本信息，疾病，PubMed id等。

亚细胞定位结果包括可视化图形，通过点击可以查看详细内容

由于TP53没有biomarker数据，用NEAT1检索，查看biomarker，主要包括疾病名称，试验方法，上下调，免疫，生存，EMT等等信息。

02   browse  

查看数据库中包含的所有疾病数据集及该数据集中的 ceRNA 网络图。

查看数据库中包含的所有lncRNAs/mRNAs及出现该 RNA 的组织分布。

查看数据库 中包含的所有生物标志物信息及 详细信息。

03   tools   数据库提供了个性化的分析工具，可以支持进行功能富集、亚细胞定位、生存、Hallmark等诸多功能

我们只需要分别输入要检索的内容，就可以直接得到可视化的结果。

04   download   数据库公开了数据集，所有的内容都可以直接下载的。

小编总结 

3.0版本在2.0的基础上补充了大量数据，并且增加了biomarker和亚细胞定位功能，对所有结果进行了非常漂亮的可视化，对数据库的整个界面也进行了大的更新，总的来说使用起来非常方便，也很实用，大家可以多多尝试哦！       

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