实体瘤ctDNA-MRD赛道刚验证了早期可行性，所有公司便一拥而入，竞争马上变得激烈。随着全球知名癌症NGS检测分析公司Foundation Medicine ,Inc. （FMI）的入场，该赛道变得越来越有趣。

越来越多的证据表明，实体瘤治疗后的ctDNA-MRD可预测复发，并可识别可能从辅助治疗中获益的患者。目前ctDNA-MRD检测的金标为基于肿瘤定制的个性化panel（Personalized panel），1 我们也可以称为Tumor-informed assays（肿瘤知情分析）。

实体瘤ctDNA-MRD个性化 vs 非个性化panel

Tumor-informed assays（肿瘤知情分析）为了提高其检测性能，通常会对活检肿瘤组织样本进行全外显子组测序（WES），然后选取一定数目的变异位点定制一款个性化panel供后续动态监测使用。那么，有没有可能对活检肿瘤组织样本进行NGS 大panel（>300基因）检测，然后再定制个性化MRD panel呢？

随着FMI的入场，该赛道变得越来越有趣。

2019年9月24日，FMI和Natera宣布合作开发商业化ctDNA-MRD检测分析产品，用于订购FoundationOne CDx（F1CDx，324基因）的生物制药公司和临床客户使用。

2021年6月8日，FMI和Netera宣布合作推出研究版ctDNA-MRD检测分析产品：FoundationOne Tracker（F1T）研究版，独特地将FMI基于组织的全面基因组分析（CGP）平台和Natera在ctDNA监测方面的专业技术相结合。

F1T研究版通过临床试验和伴随诊断计划合作支持生物制药和学术合作伙伴，并建立其临床效用。待这些研究的临床效用确定之后，再计划向临床客户提供F1T临床版。  

2022年2月15日，FMI宣布其ctDNA-MRD产品F1T获FDA突破性设备认定（BDD），用于检测早期癌症患者治愈性治疗后的分子残留病灶（MRD）。2 根据BDD计划，FDA将加速对F1T产品的评估和审查，为肿瘤患者提供及时获得F1T使用的机会。FMI正式进军ctDNA-MRD检测领域。

F1T使用优化算法来识别患者的特异性变异，并采用个性化检测设计，进行患者血浆ctDNA-MRD的动态监测，并根据患者的ctDNA-MRD状态和复发风险指导未来的治疗决策。

    FoundationOne Tracker    

FoundationOne Tracker（F1T），是FMI联合Netera推出的ctDNA-MRD产品（名），字面意思翻译过来就是“F1追踪器”，简言之就是F1系列产品（CDx/LDT）组织检测后，然后对其检出的变异进行（血液）追踪。所以，它采取了对活检肿瘤组织样本进行NGS大panel检测（>300基因），而非WES检测，然后选取一定数目的变异位点定制一款个性化panel进行动态监测。

我们也可以称F1T为肿瘤知情个性化多重PCR-NGS方法（Tumor-informed personalized multiplex PCR-next generation sequencing），即首先通过对活检肿瘤组织样本进行测序，然后定制一款个性化多重PCR-NGS的MRD panel进行动态监测。

F1T使用了一种新型计算方法选择可追踪的患者特异性SNVs变异（通过数据库自动过滤掉胚系突变、克隆性造血突变和测序错误，无需对照检测），然后定制个性化多重PCR-NGS的MRD panel用于检测和量化患者ctDNA变异等位基因频率。量化的ctDNA水平以每毫升血浆平均肿瘤分子数表示（MTM/ml），计算方法是ctDNA突变等位基因频率平均值乘以荧光法测定的pg/mL中cfDNA输入浓度，然后除以3.3（1hGE对应于3.3pg DNA）。中位检测时间为术后4-11周。3,4

F1T，这种基于NGS大panel的个性化定制MRD panel是否真的可行？

    PREDATOR研究的探索性分析    

2022年1月19日，FMI在2022 ASCO胃肠癌研讨会上展示F1T（ctDNA-MRD）在接受了根治性手术切除的转移性结直肠癌患者中的可行性。3

背景：晚期结直肠癌患者转移性肝切除术后MRD的检测与不良预后和高复发率相关。然而，目前还没有标准的临床护理来指导根治性手术后的进一步治疗。MRD检测有望在护理标准中实施并指导治疗决策。在这里，我们使用了FMI的新型肿瘤组织知情个性化分析产品F1T（ctDNA-MRD）在接受了根治性手术切除的转移性结直肠癌患者中的可行性。

方法：对来自PREDATOR试验的72名患者进行了基于组织的全面基因组分析（CGP）的回顾性研究。使用一种新型计算方法选择可追踪的患者特异性SNVs变异（无需通过血液白膜层测序来过滤胚系突变），然后采用个性化多重PCR检测和评估术后ctDNA-MRD的预后价值（中位检测时间为27天）。总体人群中患者的中位随访时间为10.7个月。并使用卡普兰一梅尔估计量（Kaplan-Meier Estimator）和 Cox回归进行生存分析。

结果：

⑴ 术后F1T分析成功率为96%（69/72）。

⑵ CGP分析显示，57%的样本（41/72）中至少存在一种驱动突变，包括KRAS/NRAS （46%）和BRAF突变 （3%）。

⑶ 45%（31/69）的患者检测到ctDNA-MRD，其中94%（29/31）在数据截止时出现进展。

⑷ ctDNA-MRD阳性人群的中位无进展生存期（PFS）为3.2 个月（2.1-7.1），而ctDNA-MRD阴性人群为28个月（20.9-NA）（HR 5, CI 2.7-9.3, p<0.001）。

⑸ ctDNA-MRD阳性组的中位总生存期（OS）为31.6个月，而ctDNA-MRD阴性组未达到（HR 27, CI 3.6-205, p<0.001）。

结论：以CGP为依据的术后ctDNA-MRD检测是一种强有力的预后生物标志物，并且与根治性手术切除的转移性结直肠癌患者的生存结果相关。F1T是一种新型、便捷的MRD检测技术，利用高度验证的FMI检测揭示潜在的靶向突变，并为个性化ctDNA监测提供信息。这些结果表明，F1T能够在不需要胚系测序的情况下，准确检测手术切除后的转移性结直肠癌患者的ctDNA-MRD。

   IMvigor-010观察组的探索性分析    

2022年2月16日，FMI在2022 ASCO泌尿生殖系统癌症研讨会上展示F1T（ctDNA-MRD）在接受了根治性手术切除的早期膀胱癌患者中的可行性。4

背景：有一个令人信服的理论基础，即在治愈性治疗后检测MRD可能可以识别出需要强化辅助治疗的高复发风险患者。将MRD检测与CGP相结合，为ctDNA-MRD指导下的癌症精准治疗提供了机会。在这里，我们分析了IMvigor-010研究的观察组部分，以了解根治性手术切除的早期膀胱癌患者的基因组学，并验证基于CGP的ctDNA-MRD个性化检测。

方法：使用切除的肿瘤组织进行300+基因的回顾性分析检测，然后使用F1T进行MRD检测。F1T使用了一种新型计算方法选择可追踪的患者特异性SNVs变异（通过数据库自动过滤掉胚系突变、克隆性造血突变和测序错误），然后定制个性化多重PCR-NGS的MRD panel用于检测和量化182名患者ctDNA变异等位基因频率。量化的ctDNA水平以每毫升血浆平均肿瘤分子数表示（MTM/ml）。F1T是一种新型肿瘤组织知情个性化监测分析产品，中位检测时间为术后11周。

结果：

⑴ 在ctDNA-MRD检测时间点，有36%（66/182）检测到 ctDNA。重点关注66名ctDNA-MRD阳性患者，其中58名在分析时复发（88% PPV）。

⑵ ctDNA-MRD阳性人群随机分组后的中位无病生存期（DFS）为3个月，而ctDNA-MRD阴性人群未达到（HR = 5.7, 95% CI: 3.8-8.6, p <.0001）。

⑶ ctDNA-MRD阳性患者的中位总生存期（OS）为13个月，而ctDNA-MRD阴性患者未达到（HR = 5.7，95% CI: 3.4-9.7，p <.0001）。

结论：基于组织CGP的个性化ctDNA-MRD检测可以检测根治性手术切除的早期膀胱癌患者的低水平残留ctDNA，从而识别出DFS和OS较差的人群。这种技术方法将监管级可操作CGP与基于ctDNA的MRD检测相结合，为一系列高危癌症类型的精准辅助治疗创造了新的机会。临床试验资料：NCT02450331。

综合可见，基于NGS大panel的个性化定制MRD panel具有临床可行性。这种新型、便捷的ctDNA-MRD检测技术，不仅可以揭示潜在的靶向突变，还可以为个性化ctDNA-MRD监测提供信息。期待更多F1T研究结果和技术性能的公布。

参考资料： 

1.Honoré N, Galot R, van Marcke C, Limaye N, Machiels JP. Liquid Biopsy to Detect Minimal Residual Disease: Methodology and Impact. Cancers (Basel). 2021;13(21):5364. Published 2021 Oct 26. 

2.https://www.foundationmedicine.com/press-releases/af7bb7df-2dcf-411f-bc7d-ebb8ab90d788  

3.https://meetings.asco.org/abstracts-presentations/204685

4.https://meetings.asco.org/abstracts-presentations/205852