基因检测报告并非金标准，参考用药要谨慎

随着基因测序技术的发展，癌症已成为目前基因测序的第一大市场。基因检测的好处显而易见，为患者制定个体化治疗方案提供了参考依据。然而，基因检测的结果并非金标准，有可能存在错误，如果用一份并不准确的检测报告去指导患者用药，那结果可能是不容乐观的。今天我们给大家分享一篇《JTO》杂志的报道，讲的是MET基因14号外显子测序错误的问题。

图1.MET基因14外显子跳跃突变假阳性报道

基因检测有两类错误，假阴性和假阳性。

假阴性错误：基因突变没测出来

假阴性是指，肿瘤里存在基因突变，但是没测出来。造成这种情况一般有两个原因：

*第一：患者的样本有问题，比如，穿刺肿瘤时没取到足够的癌细胞；或者如果采取血液检测，患者进行了化疗后，血液里有大量的正常细胞基因碎片，干扰了肿瘤细胞的基因片段信号。

*第二：基因测序技术的问题，基因检测公司生物信息分析能力弱，没有对检测结果进行全面的准确的解读，这种情况在规模较小的基因公司比较常见。

假阳性错误：无中生有

假阳性是指，患者本来不存在某种基因突变，但是检测报告却给出了基因突变的类型，还推荐了靶向药物。这种情况一般也有两个原因：

*第一：基因测序公司根本没有进行检测，只是根据患者的病情特点，伪造了一份基因检测报告。只要去进行检测的患者，都“存在”突变，都有药可用，“皆大欢喜”。 这是一种极为恶劣的做法，部分唯利是图的公司，利用患者急于求医问药的心理，昧着良心赚钱，不仅让患者白花钱，更严重的是耽误了患者的后期治疗。 曾遇到一位40多岁的肺癌患者，她所检测的10个基因里竟然有6个基因都存在突变，其中包含KRAS基因。当时咨询了北京一家知名医院的专家，专家根据检测报告建议直接使用昂贵的进口药物。患者表示怀疑，因为根据基本的肿瘤基因突变常识，一个肿瘤不可能存在那么多的驱动基因突变。 经过考虑，患者在另外两个知名度较高的基因公司进行验证性检测，结果之前的六个基因一个都没有检测到，只存在EGFR基因的20外显子插入突变，也就是最开始的那份基因检测报告是伪造的。如果没有后面的验证性检测，患者直接去购买昂贵却不对症的药物，即使倾尽了家产也无法医治。

*第二；同样是测序技术的问题，一份正规专业的基因检测结果也并非完全就是真相，可能只是接近了真相而已。在检测过程中，由于检测样本或其它原因，会造成误差，这样也有可能产生错误的结果。比如下面《JTO》杂志报道的MET基因14号外显子跳跃突变就是这种情况。

MET基因14外显子跳跃突变

Oncomine DxTT采用的是第二代基因测序技术，被美国FDA批准进行肺癌治疗前的相关诊断，已经在全球范围内使用。在568个被Oncomine DxTT测序技术检测的样本中，研究者选择了50个样本进行重复检查。这50个样本中，有26个被Oncomine DxTT判断为MET基因14号外显子跳跃突变阳性，24个被Oncomine DxTT判断为MET基因14号外显子跳跃突变阴性。对这50个样本，又使用了Archer MET和RT-PCR技术进行验证检查。Archer MET是一种伴随试剂盒，用来检测MET基因14号外显子跳跃突变。RT-PCR是一种实验室传统的分子检测技术。

图2. 三种检测技术的结果比较

结果表明，Archer MET和RT-PCR检测结果是一致的，但是有8份样本的检测结果与Oncomine DxTT存在差异。用Oncomine DxTT技术检测，这8份样本“存在”MET基因14号外显子突变，但是Archer MET和RT-PCR验证检测的结果却是阴性。Oncomine DxTT是被美国FDA批准的应用到全球的二代基因测序技术，竟然也会出现这种错误，在有的患者里，“无中生有”，测出了本不存在的MET基因14号外显子突变。这个问题可能是由于Oncomine DxTT剪接供体位点的均聚错误引起来的，这里技术术语比较复杂，有兴趣的朋友可以下载参考文献了解更多。

图3. 二代基因测序技术假阳性的可能的原因

基因检测的结果只能是参考，不要绝对化

由于国内基因检测市场鱼龙混杂，基因测序公司水平良莠不齐，MET基因14号外显子测序错误，应该会更常见。我们不能否定第二代基因测序技术的价值，但是也不要将检测结果绝对化，无论多先进的技术都有出现误差的可能性，何况还有很多无法掌控的因素。患者在确定使用靶向药物之前，要谨慎对待首次的基因检测报告结果，可以考虑进行验证性检测，以确保准确性。

参考文献：Takashi Teishikata, MD, et al., An Alert to Possible False Positives With a Commercial Assay for MET Exon 14 Skipping，Journal of Thoracic Oncology Vol. 16 No. 12: 2133–2138

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