新变异株：B.1.1.529

2021-11-29 10:34

由于时效性，目前已经把起初被媒体谬传的Nu株B.1.1.529定为Omicron株，即ο株

作者：Katelyn Jetelina，译者：陈楷文

（译者注：由于时效性，目前已经把起初被媒体谬传的Nu株B.1.1.529定为Omicron株，即ο株）

我希望美国的每个人都有一个美妙的感恩节（即使你是达拉斯牛仔队的球迷）。我讨厌破坏假期，但是……

我们有一个新的变异株。我以前从未见过科学家之间关于新冠变异株病毒的如此焦虑的喋喋不休。即使是在冷静、冷静和镇定的科学家之间。

这周发生了什么？

这周我们（流行病学家和病毒学家）一直在密切关注新出现的新冠病毒突变。三天前，它被指定为名称B.1.1.529。

在我撰写本文时，世卫TAG团队正在召集会议。他们的任务是三件事：

1）审查证据以确定B.1.1.529是否的确是一种威胁；

2）把新变异株归类为“感兴趣的变异株”（换句话说，假设该变异株是一种威胁，但我们还没有证据）还是“关注的变异株”（我们有科学证据表明该变异株是威胁）；

3）命名变异株。下一个希腊名字是“Nu”。

一旦世卫组织正式宣布，这一名称和分类将进入新闻周期。不管它的名字是什么，这是我们目前所知道的…

B.1.1.529变异株是什么？

B.1.1.529最早于11月11日在博茨瓦纳（译者注：非洲南部的内陆国）被发现。三天后在南非很快被发现，而且香港也发现了两例。今天早上以色列和比利时也宣布他们出现了病例。比利时病例是一名年轻的未接种疫苗的妇女，在经土耳其前往埃及11天后出现流感样症状。她与南非没有任何联系。这意味着病毒已经在社区中传播。截至昨日，全球已发现100例病例(大部分在南非)。在我写这篇文章的时候，美国还没有发现病例。

B.1.1.529仅在刺突蛋白上就有32个突变。这是一个疯狂的变化。作为比较，Delta在刺突蛋白上有9处变化。我们知道B.1.1.529不是“Delta plus”变异株。下图显示了一条很长的线，没有以前的Delta祖先。所以这很可能意味着随着时间的推移，它在一个可能免疫功能低下的个体中发生了突变(见文章末尾我的附注)。

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尽管如此，我们总是关注刺突蛋白的变化，因为刺突是进入我们细胞的关键。如果病毒变成更智能的钥匙，我们一定要知道。我们对可能会发生以下任何一种情况的突变特别感兴趣：

1）提高传播能力；

2）逃避我们的疫苗和（或）感染引起的免疫力；

3）增加严重程度（住院或死亡）。

B.1.1.529有潜力做到这三点。我们知道这一点是因为我们已经在其他关注的变异株(VOC)上看到了许多这样的突变，例如Delta、Alpha和Gamma。Jeffrey Barrett博士在下图中列出了这些突变。每行代表一个不同的突变（共32个）。左列是更改的位置。右侧的列/颜色对应于我们对变化的了解（或不了解）。

红色：这意味着不好。我们在之前的关注变异株(VOC)中看到了B.1.1.529上的九个突变。尤其P681R是坏消息。
紫色：这些是新的突变（即在其他VOC中没有发现），但我们有实验室数据表明它们是一种威胁。
黄色：由于它们的位置可能有特别的含义，但我们还不知道具体是什么。它们以前从未在VOC中出现过
蓝色：我们以前从未见过这些变化。它们可能意味着什么，也可能毫无意义。我们还不知道。我们需要更多数据。
绿色：这是自2020年初以来所有变异株都存在的突变。不用担心。

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图源：Twitter: Jeffrey Barrett

其中，一些突变具有逃避抗体保护的特性（即比我们的疫苗和疫苗诱导的免疫更加聪明）。有几个突变与增加的传播性、传染性有关。这张幻灯片来自南非卫生部昨天的演讲，很好地总结了B.1.1.529。

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了解这些新突变意味着什么，或者更重要的是，了解这么多突变的组合需要数周时间。请记住，突变的数量并不总是等于更严重。虽然这些重要的实验室研究正在进行中，但我们可以仔细观察“真实世界”中发生的事情。

我们在现实世界中看到了什么？

个人层面的数据

我们对香港的病例了解很多，因为它们无可挑剔的追踪接触者。卫生当局昨天发布了这两个病例的报告。

香港的首例病例是一名36岁、已全程接种疫苗（2021年5月/2021年6月两次辉瑞）的男性。他于10月22日至11月11日在南非旅行。返回香港之前，他的PCR检测结果为阴性。和往常一样，他一到香港就被要求隔离。在隔离的第4天（11月13日），他的PCR检测呈阳性。

走廊对面的另一位客人也感染了B.1.1.529。他也在2021年5月/6月接种了辉瑞公司的疫苗。在这两个房间中，87个拭子中有25个对病毒呈阳性反应。

这些香港病例告诉我们两件事：

1）确认COVID 19是空气传播的（我们知道这一点）

2）在他们的PCR测试期间，考虑到他们在之前的PCR测试中呈阴性，病毒载量非常高。它们的Ct值为18和19。因此，这告诉我们B.1.1.529可能具有高度传染性。

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人口水平数据

有初步迹象表明，B.1.1.529正在推动南非掀起新浪潮。卫生官员特别关注一个名为豪登省（译者注：南非最小但人口最稠密的省）的地区。短短一周时间，检测阳性率从1%提升到30%，快得难以置信。

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如果我们将南非作为一个整体缩小，我们会看到病例开始呈指数增长。周二有868例，周三有1275例，周四有3500多例。我们不知道这些病例是否都是 B.1.1.529，但爆炸性传播的时间值得怀疑。

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这些案例的传播速度远远高于以前的任何变异株。疾病建模科学家韦兰德（Weiland）估计，B.1.1.529的传染性比最初在武汉发现的病毒高500%。（Delta的可传播性提高了70%）。John Burn-Murdoch（金融时报首席数据记者）也发现B.1.1.529比Delta更易传播。他绘制了下面的排列图。

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不过有一些好消息

首先，我们可以在PCR测试中检测B.1.1.529。通常不是这种情况。通常拭子必须去专门的实验室进行基因组测序，才能知道是哪种变异导致了感染。但是，看起来B.1.1.529直接在PCR上有一个像Alpha这样的特殊信号。例如，当PCR为阳性时，它点亮两个通道而不是三个通道，以表明它是B.1.1.529。这是一个惊人的消息，因为这意味着我们可以更轻松、更快速地在世界各地追踪这种病毒。

其次，我们非常早地发现了这种病毒。我再怎么强调南非在沟通和掌控局势方面有多出色也不为过。由于反应迅速，世界各地的科学家已经在共同努力破解这一新威胁。早期检测意味着我们有一个运行正常的监控系统。

第三，如果我们需要另一种疫苗，我们可以非常迅速地做到这一点。多亏了先进的生物技术，mRNA疫苗真的很容易修改。一旦做出微小的修改，只需要24人参加试验，以确保更新的疫苗有效。然后它可以展开接种。由于变化很小，更新的疫苗不需要III期试验和/或定期批准。因此，整个过程最多需要6周。我们还没有收到Moderna或辉瑞公司是否已经开始研制更新疫苗的消息，但我保证，对话已经秘密开始了。

最后的话：尽管还有很多我们不知道的，但我们所知道的令人难以置信。我们现在处于平静状态，等待科学证据尽快回答两个问题：

1）B.1.1.529是否像我们担心的那样可以逃避疫苗？

2）B.1.1.529是否会像我们在南非看到的那样继续超越Delta？

一旦我们对这两个问题有了答案，我们就会知道下一步该怎么做。敬请关注。

附言一些我不知道放在上面哪里的随机想法：

1）旅行禁令不是基于证据的：对于个别国家的旅行禁令似乎是必要的步骤，但我不能强调它们不起作用。例如，我们在2020年3月对中国实施了旅行禁令，结果却被欧洲毒株渗透。旅行禁令是一项政治举措；一种向公众表明政府正在做出回应的工具。但是，旅行禁令可能会造成很多损害，例如使与疾病相关的污名永久化。该变异株已经传播，除非您停止来自每个国家的所有旅行，否则旅行禁令不是基于证据的解决方案。

2）个人层面的保护：这些变异株都不会改变您现在需要在个人层面上做的事情。当然，除非你根本没有做任何事情。接种疫苗，打加强针，室内通风，戴口罩。检测您是否有症状。如果阳性则隔离。并鼓励其他人也这样做。

3）免疫功能低下：看起来这种变异对免疫缺陷宿主的病毒进化有重要影响。这强调了确保免疫功能低下的人受到社区保护的必要性。不仅是为了他们，更是为了我们所有人。

“Your Local Epidemiologist (YLE)”是由流行病学家、生物统计学家、教授、研究员、妻子和两个小女孩的妈妈，公共卫生专业硕士Katelyn Jetelina博士撰写的。白天，她有研究型实验室的工作并教授研究生级别的课程，但在晚上，她会撰写这份时事通讯。她的主要目标是“翻译”不断发展的公共卫生科学，使人们能够充分准备好做出基于证据而非恐惧的决定。