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【衡道丨笔记】「三甲病理现场」课程学习笔记(十六):黑色素瘤的BRAF分子检测

2022-01-06 21:35   衡道病理

用不同的荧光素标记四种碱基,采用双脱氧末端终止测序法,通过采集 荧光信号来检测DNA序列,进而对DNA的点突变、插入、缺失进行检测。

「白求恩·肿瘤病理学社」之「三甲病理现场」,旨在促进国内恶性黑色素瘤病理诊断的规范化、增强相关分子检测意识,提高恶黑精准诊断水平。

衡道病理特邀撰稿老师根据「白求恩·肿瘤病理学社」之「三甲病理现场」第九场直播会议中天津市肿瘤医院赵纲教授的分享主题 《黑色素瘤的BRAF分子检测》梳理 配套学习笔记。

BRAF基因突变分类依据

分类依据:  

  • RAS依赖状态

  • 二聚体状态

  • 激酶活性

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BRAF基因分类: I类突变(位于激酶活化片段)

代表位点:V600D/E/K/R/M

功能:

1. 强活化的激酶活性,结构性活化MAPK通路;

2. MAPK持续活化反馈抑制RAS,阻止BRAF二聚化,保持单体构象(对BRAF抑制剂是关键)。

V600E的突变发生率最高,占V600突变中的91.9%

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BRAF抑制剂单药会导致迅速耐药   MAPK 通路再激活是BRAF 抑制剂单药治疗耐药的主要机制,包括:  

  • 突变C121S激活MEK1

  • 激活突变(Q61K/R)上调NRAS

  • 增加MAP3K8基因座拷贝数过度表达COT/Tp12

  • 选择性BRAF剪接或BRAF V600E基因扩增

  • 通过受体酪氨酸激酶(RTK)信号激活PI3K-AKT和RAS-CRAF-MEK通路(血小板源性生长因子β(PDGFβ)过表达和IGF1R的激活)

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临床治疗: V600少见突变从双药治疗获益显著   双药比单药治疗呈现显著优势:  

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BRAF基因分类: II类突变(位于激酶活化片段和p-LOOP)

代表位点K601, L597, G464, and G469

功能

  1. 1. 中-强活化的激酶活性( 突变使活化区与p-LOOP交互作用解除,解除激酶的自身抑制状态),中度活化MAPK通路;

  2. 2. 依赖BRAF二聚化,持续二聚体构象(   对BRAF抑制剂是关键   )。

治疗策略:

1. 新型的BRAF抑制剂(二聚体有效);   2. MEK抑制(有效率较低)。  

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BRAF基因分类: III类突变(位于p-LOOP、催化环)

代表位点 : G466, N581, D594, and D596   

功能:   

  1. 1. 低、无激酶活性(   突变使活化区与p-LOOP处于无功能状态   ),与CRAF及野生型BRAF形成异源二聚体,与RAS-GTP高亲和力,活化MAPK通路;

  2. 2. 常伴有上游原癌基因突变导致活化,如RAS、NF1及EGFR;

  3. 3. 依赖BRAF二聚化,持续二聚体构象(对BRAF抑制剂是关键)。 

治疗策略:   

  1. 1. III类突变属于无活性突变,BRAF抑制剂无效;  

  2. 2. III类突变常伴有上游基因的变异,黑色素瘤中NF1、RAS突变(暂无RTK),推荐MEK抑制剂;  

  3. 3. 可根据测序结果,对于非NF1/RAS突变肿瘤,选择相对应的RTK抑制剂联合MEK抑制剂。  


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BRAF突变检测方法学及检测规范

BRAF V600常用检测方法  

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1.ARMS-PCR技术原理

Amplification Refractory Mutation System (ARMS, 扩增阻滞突变系统)  

设计扩增引物的同时,加入一个特异性的荧光探针,该探针为一寡核苷酸,两端分别标记一个报告荧光基团和一个淬灭荧光基团。  

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特点:   

  1. 1.  ARMS 方法普及度较高;

  2. 2. 对已知突变(点突变、短的插入和缺失)进行检测;

  3. 3. 检测灵敏度较高,能够达到1%左右的最低检出率;

  4. 4. 操作比较简单,报告周期短(2-3天);  

  5. 5. 收费较低。    


2.免疫组化(VE1抗体)

BRAF VE1抗体是目前国内唯一有注册证的用于BRAF V600蛋白检测抗体。

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3.一代测序(Sanger测序法)

用不同的荧光素标记四种碱基,采用双脱氧末端终止测序法,通过采集 荧光信号来检测DNA序列,进而对DNA的点突变、插入、缺失进行检测。  

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特点:   

  1. 1. 可以检测V600突变以及部分罕见突变;  

  2. 2. 检测灵敏度较低;  

  3. 3. 标本中肿瘤组织含量要求相对较高(>20%),检测时间较长;  

  4. 4. 手工操作,检测时间长,报告周期1周以上;

  5. 5. 通量低,一次只能检测少数几个基因。    


4.二代测序技术(NGS)

能同时对上百万甚至数十亿个DNA分子进行测序,实现大规模、高通量测序的目标。  

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特点:

  1. 1. 敏感性和特异性较高;  

  2. 2. 实现多种基因同时检测;

  3. 3. 可广泛检测多种突变;

  4. 4. 需要生物信息学分析;

  5. 5. 报告时间一般10-14天。 

5.BRAF检测方法比较

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6.BRAF突变病理检测流程

检测的各个环节都会影响最终结果  

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