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10分钟零代码复现5分+单基因泛癌，快来一起学习吧！

2021
08/19
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作图丫
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ACE2是新冠病毒的功能受体，并可能在癌症中发挥重要作用。


 
背景介绍




大家好，我是球球！童鞋们快乐的暑假生活是不是快要结束了呢？有很多童鞋开学又面临着开题、中期、毕业，手里还没有几篇文章，心里慌慌的。今天呢，小编就手把手带大家零代码复现一篇5分的单基因泛癌文章，而且还是纯生信，不需要补实验。文章去年9月发表  在  Frontiers in Molecular Biosciences  ，  题目是《  Prognostic and Immunological Value of Angiotensin-Converting Enzyme 2 in Pan-Cancer  》。那么话不多说，直接上主题！

 

 
数据库





Oncomine ( www.oncomine.org )
PrognoScan ( http://dna00.bio.kyutech.ac.jp/PrognoScan/index.html )
Kaplan–Meier Plotter (https://kmplot.com/analysis/)
GEPIA (http://gepia.cancer-pku.cn)
TIMER ( http://cistrome.org/TIMER/ )

 
复现过程




01  
Figure 1 | 不同癌症ACE2的表达水平
  



Figure 1A,使用Oncomine ( www.oncomine.org )数据库。左上角搜索ACE2，就可以直接得到结果啦。

第①步


第②步



Figure 1B，打开TIMER (http://cistrome.org/TIMER/)，点击Diff Exp，输入ACE2，就可以得到差异表达的结果。


第①步



第②步



02  
Figure 2 | 不同癌症中ACE2表达的生存曲线  



打开Kaplan–Meier Plotter (https://kmplot.com/analysis/)，输入基因名，再选择想要分析的癌症 和临床特征，点击Draw Kaplan–Meier Plotter，保存为PDF格式就可以啦~

第①步


第②步


第③步



        患者的生存情况还可以使用PrognoScan (http://dna00.bio.kyutech.ac.jp/PrognoScan/index.html)数据，PrognoScan有很多GEO数据，可以得到cox回归模型计算的HR和P值，就是web界面看上去有一丢丢...


第①步


第②步



Figure 3, Table1 也是同样的道理,大家可以自己用尝试一下！


Table 1


Figure 3



03  
Figure 4 | ACE2与免疫细胞的相关性  


打开TIMER (http://cistrome.org/TIMER/)，点击Gene选项，选择基因、癌症类型和免疫细胞类型，Submit就可以啦！我们这里以ACE2在肺癌中的免疫相关性为例~

第①步


第②步


04  
Table 2 | ACE2与免疫细胞的marker基因的相关性  


我们还是使用TIMER数据库，点击Correlation功能，选择癌症类型，输入想探究的基因，这里输入所有marker基因... 选择P value的下载方式，这样就可以得到Table 2的表格啦。

第①步


第②步


第③步





 
05  
GEPIA计算相关性  

同时，作者还使用GEPIA (http://gepia.cancer-pku.cn)数据库，验证先前TIMER数据库的结论。我们首先打开GEPIA，点击Correlation Analysis，输入想探究相关性的基因（例如免疫检查点）和癌症类型就可以啦！

第①步


第②步




 
小编总结




那么这篇5分+的纯生信单基因泛癌文章就复现完啦，大家是不是觉得很简单呢，快来自己尝试一下吧！


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关键词:
GEPIA,ACE2,数据库,泛癌,代码,基因,免疫

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