10分钟零代码复现5分+单基因泛癌,快来一起学习吧!

2021
08/19

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作图丫
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ACE2是新冠病毒的功能受体,并可能在癌症中发挥重要作用。


 
背景介绍




大家好,我是球球!童鞋们快乐的暑假生活是不是快要结束了呢?有很多童鞋开学又面临着开题、中期、毕业,手里还没有几篇文章,心里慌慌的。今天呢,小编就手把手带大家零代码复现一篇5分的单基因泛癌文章,而且还是纯生信,不需要补实验。文章去年9月发表    Frontiers in Molecular Biosciences    题目是《  Prognostic and Immunological Value of Angiotensin-Converting Enzyme 2 in Pan-Cancer  》。那么话不多说,直接上主题!

 

 
数据库





Oncomine ( www.oncomine.org )
PrognoScan ( http://dna00.bio.kyutech.ac.jp/PrognoScan/index.html )
Kaplan–Meier Plotter (https://kmplot.com/analysis/)
GEPIA (http://gepia.cancer-pku.cn)
TIMER ( http://cistrome.org/TIMER/ )

 
复现过程




01  
Figure 1 | 不同癌症ACE2的表达水平
 



Figure 1A,使用Oncomine ( www.oncomine.org )数据库。左上角搜索ACE2,就可以直接得到结果啦。

第①步


第②步



Figure 1B,打开TIMER (http://cistrome.org/TIMER/),点击Diff Exp,输入ACE2,就可以得到差异表达的结果。


第①步



第②步



02  
Figure 2 | 不同癌症中ACE2表达的生存曲线  



打开Kaplan–Meier Plotter (https://kmplot.com/analysis/),输入基因名,再选择想要分析的癌症 和临床特征,点击Draw Kaplan–Meier Plotter,保存为PDF格式就可以啦~

第①步


第②步


第③步



        患者的生存情况还可以使用PrognoScan (http://dna00.bio.kyutech.ac.jp/PrognoScan/index.html)数据,PrognoScan有很多GEO数据,可以得到cox回归模型计算的HR和P值,就是web界面看上去有一丢丢...


第①步


第②步



Figure 3, Table1 也是同样的道理,大家可以自己用尝试一下!


Table 1


Figure 3



03  
Figure 4 | ACE2与免疫细胞的相关性  


打开TIMER (http://cistrome.org/TIMER/),点击Gene选项,选择基因、癌症类型和免疫细胞类型,Submit就可以啦!我们这里以ACE2在肺癌中的免疫相关性为例~

第①步


第②步


04  
Table 2 | ACE2与免疫细胞的marker基因的相关性  


我们还是使用TIMER数据库,点击Correlation功能,选择癌症类型,输入想探究的基因,这里输入所有marker基因... 选择P value的下载方式,这样就可以得到Table 2的表格啦。

第①步


第②步


第③步





 
05  
GEPIA计算相关性  

同时,作者还使用GEPIA (http://gepia.cancer-pku.cn)数据库,验证先前TIMER数据库的结论。我们首先打开GEPIA,点击Correlation Analysis,输入想探究相关性的基因(例如免疫检查点)和癌症类型就可以啦!

第①步


第②步




 
小编总结




那么这篇5分+的纯生信单基因泛癌文章就复现完啦,大家是不是觉得很简单呢,快来自己尝试一下吧!


本文由作者自行上传,并且作者对本文图文涉及知识产权负全部责任。如有侵权请及时联系(邮箱:nanxingjun@hmkx.cn
关键词:
GEPIA,ACE2,数据库,泛癌,代码,基因,免疫

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