医学周报 | 微生物重要期刊最新研究进展（20210803）

Gut

科研| Gut：粪便microRNA图谱反映了健康个体不同的饮食和肠道微生物组模式

本文由弈轩编译

摘要：目的：现阶段的研究在几种生物样本中评估了MicroRNA（miRNA）谱与常见疾病的关系，而饮食可能对这些疾病有相当大的影响。我们的研究目的是描述特定饮食如何与纯素食者、素食者和杂食者粪便中的miRNome相关，以及这如何反映在肠道微生物组成中，因为这方面的研究仍然很少。

设计：我们对120名健康志愿者的饮食记录并粪便样本进行miRNA和鸟枪法的宏基因组测序，这些志愿者平均分配给不同的饮食并按性别和年龄进行匹配。

结果：我们发现49种miRNA 在纯素食者、素食者和杂食者的志愿者中差异表达（p <0.05），并与 45 种杂食志愿者的独立队列相比，证实了这些 miRNA 在纯素食者和素食者中的表达水平趋势。两种与脂质代谢相关的 miRNA，即miR-636 和 miR-4739，与非杂食性饮食持续时间呈负相关，与受试者年龄无关。17 种 miRNA 与估计的营养素摄入量相关（|rho|>0.22，p <0.05），尤其是动物蛋白、磷和令人关注的脂类。在杂食的志愿者中，观察到比纯素食者和素食者更高的普氏菌（Prevotella）和罗氏菌属（Roseburia）以及更低的拟杆菌属（Bacteroides）丰度。脂质代谢相关的 miR-425-3p 和 miR-638 表达水平与微生物物种丰度增加有关，例如罗斯氏菌（Roseburia sp. CAG 182）和艾克曼菌（kkermansia muciniphila），这是不同饮食中特有的。一项综合分析确定了 25 种 miRNA、25 种分类群和 7 种膳食营养素，它们可以清楚地区分三种膳食（受试者操作特征曲线下的面积 = 0.89）。

结论：粪便 miRNA 谱与特定饮食相关，并支持脂质作为肠道表观遗传变化和宿主-微生物分子相互作用的驱动因素的作用。

原名：Stool microRNA profiles reflect different dietary and gut microbiome patterns in healthy individuals

译名：粪便microRNA图谱反映了健康个体不同的饮食和肠道微生物组模式

期刊：Gut

IF：23.059

发表时间：2021.7.27

通讯作者：Danilo Ercolini 和Alessio Naccarati

通讯作者单位：意大利那波里那不勒斯费德里克二世大学农业科学系微生物组研究小组

DOI号：10.1136/gutjnl-2021-325168

原文链接：

https://gut.bmj.com/content/early/2021/07/27/gutjnl-2021-325168

Microbiome

科研| Microbiome：对宫颈阴道微生物群的时间动态建模，确定可能促进生殖健康的目标

本文由如风编译

摘要： 背景 由多种厌氧菌组成的宫颈阴道细菌群落中，Lactobacillus含量较低，与不良的生殖结果有关，如早产、不孕、宫颈炎和性传播疾病 (STIs) 的风险，包括人类免疫缺陷病毒 (HIV)。与西方人群相比，撒哈拉以南非洲地区的女性这些高危细菌群落的患病率更高。然而，随着时间的推移，宫颈阴道菌群在高风险和低风险细菌群落国家之间的转变在非洲人口中没有得到很好的描述。

结果 我们对316个宫颈阴道拭子的细菌组成进行了分析，这些拭子是每隔3个月从88名健康的年轻南非黑人妇女那里收集的，每个参与者的随访时间中位数为9个月，并建立了一个基于马尔可夫链的转变动力学模型，在更广泛的横断面队列中准确地预测细菌组成。我们发现，以Lactobacillus iners-为主的群落，而不是以Lactobacillus crispatus-为主的群落，具有很高的概率向高风险状态转化。通过操纵潜在的转变概率模拟临床干预，我们的模型预测，通过操纵L. iners-和L. crispatus-为主的群落之间的移动，可以最有效地提高低风险微生物群落的人口流行率。

结论 我们在此提出的马尔可夫模型表明，以L. iners-为主的群落有很高的概率过渡到更高风险的状态。我们还确定了过渡的目标，以增加L. crispatus-优势群落的患病率。这些发现可能有助于指导未来的干预策略，以减少生活在撒哈拉以南非洲的妇女中与细菌有关的不良生殖结果。

原名：Modeling the temporal dynamics of cervicovaginal microbiota identifies targets that may promote reproductive health

译名：对宫颈阴道微生物群的时间动态建模，确定可能促进生殖健康的目标

期刊：Microbiome

IF：14.65

发表时间：2021.7.26

通讯作者：Douglas S. Kwon

通讯作者单位：美国麻省理工学院和哈佛大学Ragon研究所，哈佛医学院，美国马萨诸塞州总医院传染病科

DOI号：10.1186/s40168-021-01096-9

原文链接：

https://microbiomejournal.biomedcentral.com/articles/10.1186/s40168-021-01096-9

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视频摘要

Gut Microbes

综述| Gut Microbes：外源性肠道菌群失调的研究：从相关性到机制

本文由维迪编译

摘要：环境中的化学物质可以改变肠道微生物群落组成，称为生态失调。然而，肠道菌群是一个高度动态的系统，其功能在很大程度上仍未得到充分开发。同样，目前还不清楚外源性因素是否会通过损害宿主-微生物群的相互作用而影响宿主健康。对这一问题的回答不仅可以更准确地理解外源性药物的毒性作用，而且还可以为开发新的治疗策略提供新的靶点。在本文中，我们的目的是确定微生物暴露研究领域的主要挑战，并强调需要检查宿主体内外源性诱导的肠道微生物菌群失调对健康的影响。虽然肠道菌群的变化经常与外源性因素同时发生，但外源性菌群失调与疾病的因果关系尚不明确。肠道菌群的高度动态及其影响因素、菌群和宿主之间复杂的相互作用，是解释菌群失调对健康具体影响的主要挑战。下一阶段的研究需要结合各种技术来精确评估外源性细菌引起的肠道微生物扰动以及随后对宿主健康的影响。影响因素、肠道菌群失调和疾病结果必然有因果关系。许多微生物与宿主的相互作用都是通过以往的研究建立起来的，包括宿主体内的信号代谢物和反应途径，这可能作为未来研究的起点，以检查影响因素、肠道菌群和宿主健康的机制相互作用。总之，为了准确理解外源性药物的毒性并开发基于微生物的治疗方法，在下一阶段的研究中必须建立暴露和微生物菌群失调的因果和机制联系。

关键词：肠道微生物菌群、外源性物质、生态失调、宿主-微生物相互作用

原名：Studies of xenobiotic-induced gut microbiota dysbiosis: from correlation to mechanisms

译名：外源性肠道菌群失调的研究：从相关性到机制

期刊：Gut Microbes

IF：10.245

发表时间：2021.7.27

通讯作者：Kun Lu

通讯作者单位：北卡罗来纳大学教堂山分校环境科学与工程系

DOI号：10.1080/19490976.2021.1921912

原文链接：

https://www.tandfonline.com/doi/full/10.1080/19490976.2021.1921912

npj Biofilms and Microbiomes

科研| npj Biofilms and Microbiomes：COVID-19患者住院期间口腔和肠道微生物群的改变及其与SARS-CoV-2病毒载量的关系

本文由流浪过的梦编译

摘要：人类口腔和肠道共生微生物在免疫稳态的发展和维持中发挥着至关重要的作用，而其与SARS-CoV-2感染的易感性和严重程度的关系却鲜为人知。在这项研究中，我们调查了53名COVID-19患者在清除SARS-CoV-2前后口腔和肠道菌群的动态，然后与76名健康人进行了比较，检查了他们的微生物组变化。共采集这些COVID-19患者住院期间的140份咽拭子样本和81份粪便样本，以及性别和年龄相匹配的健康人的44份咽拭子样本和32份粪便样本，然后进行16S rRNA测序和病毒载量检查。我们发现SARS-CoV-2感染与alpha和beta多样性指数所表明的患者微生物群落的改变有关。本研究确定了几种与SARS-CoV-2感染相关的细菌分类群，其中在口腔和肠道微生物组中都发现了颗粒状菌（Granulicatella）和黏液性罗氏菌（Rothia mucilaginosa）的升高。还计算了这些样本中的SARS-CoV-2病毒载量，以确定COVID-19与微生物组之间的潜在动态。这些发现为COVID-19患者消化道中的微生物提供了有意义的基础，并为阐明疾病病理生理学、潜在微生物生物标志物和COVID-19治疗策略的新维度。

关键词：COVID-19、SARS-CoV-2、口腔微生物、肠道微生物、病毒载量

原名：Altered oral and gut microbiota and its association with SARS-CoV-2 viral load in COVID-19 patients during hospitalization

译名：COVID-19患者住院期间口腔和肠道微生物群的改变及其与SARS-CoV-2病毒载量的关系

期刊：npj Biofilms and Microbiomes

IF：7.290

发表时间：2021年7月22日

通讯作者：陆家海&郭城&单鸿&黄曦

通讯作者单位：中山大学公共卫生学院&哥伦比亚大学梅尔曼公共卫生学院感染与免疫中心&中山大学第五附属医院&南方海洋科学与工程广东省实验室

DOI号：10.1038/s41522-021-00232-5

原文链接：

https://www.nature.com/articles/s41522-021-00232-5

Environmental Microbiology

科研 | Environmental Microbiology：家庭环境微生物群影响早期湿疹的发展

本文由艾奥里亚编译

新加坡国立大学（National University of Singapore）的Le Duc Huy Ta于2021年7月26日在Environmental Microbiology上发表题为《Household environmental microbiota influences early-life eczema development》的文章，该单位Evelyn Xiu Ling Loo担任该研究通讯作者。该研究基于收集和评价孕前、妊娠和出生后阶段粉尘菌群组成的纵向出生队列，观察到湿疹受试者室内粉尘中与人相关的细菌的丰度较高，这表明这些微生物类群可能在调节宿主免疫和增加湿疹易感性中起重要作用。该研究也首次提出了环境微生物游动球菌属（Planomicrobium，Planococcaceae 科）对湿疹的潜在保护作用。该研究强调了从孕前到婴儿期生命早期环境微生物群暴露对儿童早期湿疹发展的可能影响。未来的研究将集中于评价环境微生物群对皮肤和肠道菌群的影响，以制定改变家庭环境微生物群暴露的策略和指南。未来的城市设计还应侧重于将环境微生物群纳入建设项目，以增加生态系统对公共卫生的功能性。

摘要：在妊娠期间和出生后早期暴露于不同的微生物环境对于确定过敏倾向具有十分重要的意义。迄今为止，暴露在环境微生物群对孕前、怀孕和产后生活中过敏对儿童过敏发展的影响尚未得到研究。在S-PRESTO（新加坡长期母婴结局的孕前研究）队列中，我们收集了所有三个关键窗口期的屋尘，并基于16S rRNA基因测序分析了所采集样本的微生物组成。同时在6个月和18个月时，由临床医生对患儿进行湿疹评估。在湿疹组中，家庭环境微生物群在所有采样时间点均主要表现为与人类相关的微生物类型，这包括放线菌属（Actinomyces）、厌氧球菌属（Anaerococcus）、Finegoldia、微球菌（Micrococcus）、普氏菌（Prevotella）以及丙酸杆菌属（Propionibacterium），这表明它们可能有助于调节宿主免疫和增加湿疹的易感性。在对照组的家庭环境中，观察到环境微生物游动球菌属（Planococcaceae 科）的假定保护作用显著高于湿疹组。网络相关分析证明有益的游动球菌属和人的相关细菌（放线菌，厌氧球菌属，Finegoldia，微球菌，普氏菌以及丙酸杆菌属）之间呈现出反比关系。暴露于自然环境微生物群可能有利于调节室内环境中脱落的人类相关微生物群。

关键词：早期暴露、湿疹、家庭环境微生物群、Planomicrobium、前瞻性（预见，preconception）

原名：Household environmental microbiota influences early-life eczema development

译名：家庭环境微生物群影响早期湿疹的发展

期刊：Environmental Microbiology

IF：5.491

发表时间：2021年7月26日

通讯作者：Evelyn Xiu Ling Loo

通讯作者单位：新加坡国立大学（National University of Singapore）

DOI号：10.1111/1462-2920.15684

原文链接：

https://sfamjournals.onlinelibrary.wiley.com/doi/abs/10.1111/1462-2920.15684

Journal of Genetics and Genomics

中科院 | J Genet Genomics：自闭症谱系障碍患者中的微生物-肠道-脑轴

本文由艾奥里亚编译 

摘要：集中于过去的十年的广泛的研究，确定了驻留在肠道中的细菌与其宿主大脑之间沿着“微生物-肠道-大脑轴”的动态和双向相互作用。这种相互作用调节中枢神经系统（CNS）的发育和功能，并与神经系统疾病有关。孤独症谱系障碍（ASD）作为一种神经发育障碍，在历史上被认为是大脑的缺陷所引起的。随着越来越多的证据证明了微生物是如何调节神经活动的，越来越多的研究集中于肠道菌群在减轻ASD症状中的作用和潜在机制上。在这篇综述中，我们描述了肠道菌群与大脑沟通的错综复杂和至关重要的途径——微生物-肠道-大脑轴，并总结了介导ASD肠道菌群对大脑串扰的具体途径。

原名：Microbiota-gut-brain axis in ASD

译名：自闭症谱系障碍患者中的微生物-肠道-脑轴

期刊：Journal of Genetics and Genomics

IF：4.275

发表时间：2021年7月19日在线发表

通讯作者：赵方庆

通讯作者单位：中国科学院北京生命科学研究院（Beijing Institutes of Life Science, Chinese Academy of Sciences）

DOI号：10.1016/j.jgg.2021.07.001

原文链接：

https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S167385272100206X

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