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周报 | 微生物重要期刊最新研究进展(20210531)

2021-06-01   微生态

研究一览。


Nature子刊

科研| Nature Plants:通过与植物固有免疫串扰来协调微生物-宿主的稳态

本文由三鲜饺编译

   德国马克斯普朗克植物育种研究所植物微生物互作系的Paul Schulze-Lefert和Ruben Garrido-Oter等人于5月24日在Nature Plants上发表了题为《Coordination of microbe–host homeostasis by crosstalk with plant innate immunity》的文章。某些微生物可以引发植物自身的免疫反应,这种免疫反应可以限制病原体增殖,但同时也会抑制植物生长,这被称为植物的生长-防御权衡机制。该研究以拟南芥为植物材料,在单一关联研究中筛选了能够抑制根系生长抑制(root growth inhibition,RGI)的菌株。之后使用筛选到的RGI抑制性菌株构建RGI抑制性合成群落。该RGI抑制性合成群落可以下调植物免疫相关基因的表达,从而抑制植物的免疫反应。因此,RGI抑制性群落和RGI非抑制性群落可以通过对植物免疫机制的诱导或者抑制来调节植物的生长-防御权衡机制,从而维持微生物-宿主的稳态


摘要:生长在天然土壤中的植物被微生物群,即具有系统发育结构的群落所定殖。某些微生物可以激活由微生物相关分子模式(microbe-associated molecular pattern,MAMP)引发的免疫反应(MAMP-triggered immunity,MTI),这种免疫反应限制了病原体的增殖,但是同时也抑制了植物的生长,这种现象被称为生长-防御权衡机制。单一关联研究显示,41%(62/151)的根系细菌共生体分类单元抑制了拟南芥由MAMPs免疫刺激引发的根系生长抑制(root growth inhibition,RGI)和其它损害相关的分子机制。细菌16S rRNA扩增子测序显示,免疫激活改变了由RGI非抑制菌株组成的合成群落(synthetic communities ,SynComs),而RGI抑制菌株的存在削弱了这种影响。具有不同复杂性和RGI抑制性的SynComs的定殖改变了174个与根系生长和养分运输相关的核心宿主基因的表达。此外,RGI抑制性SynComs特异性下调了与一个免疫相关的基因集。被RGI抑制性SynComs预定殖或者一种共生下调转录因子MYB15的突变会使植物对机会假单胞菌病原体更敏感。结果表明,RGI非抑制性和RGI抑制性根系共生体分别通过诱导或抑制MTI反应来调节宿主对病原菌的敏感性这种相互作用在植物免疫系统对抗病原体侵扰防御相关生长抑制之间提供了缓冲作用,最终达成了共生体-宿主稳态

 

原名:Coordination of microbe–host homeostasis by crosstalk with plant innate immunity

译名:通过与植物固有免疫作用串扰来协调微生物-宿主稳态

IF:13.256

发表时间:2021.5.24

通讯作者:Paul Schulze-Lefert,Ruben Garrido-Oter

通讯作者单位:德国马克斯普朗克植物育种研究所微生物互作系

DOI号:10.1038/241477-021-00920-2

原文链接:

https://www.nature.com/articles/s41477-021-00920-2





科研| Nature Communications:急性髓系白血病患者自体粪便菌群转移后的肠道微生物

本文由如风编译

  法国巴黎索邦大学圣安托万医院临床血液学和细胞治疗部 Florent Malard等人于2021年5月25日在Nature Communications发表题为《Gut microbiota diversity after autologous fecal microbiota transfer in acute myeloid leukemia patients》的文章。对于急性髓系白血病(AML)患者来说,强化化疗结合广谱抗生素治疗会导致肠道菌群失调影响相应健康结局本研究对25例接受该疗法的AML患者自体粪便菌群转移(AFMT)的结果进行了评估,综合主要结果和次要结果后,认为AFMT似乎对恢复肠道菌群是安全和有效的,这为患者提供了一种可能调节炎症增强其他抗癌治疗药物效果的方法,是相当有意义的,也为相关研究提供了新的思路。

 

摘要急性髓系白血病(AML)强化化疗联合广谱抗生素,会导致肠道菌群失调促进病理出现状况增加并发症的发生率。在此,我们报告了一项II期单臂、多中心研究的结果,该研究评估了25例接受强化化疗和抗生素治疗的AML患者的自体粪便菌群转移(AFMT的情况(ClinicalTrials. gov编号:NCT02928523)。该研究的共同主要结果是评估AFMT纠正菌群失调根除多药耐药菌方面的疗效。主要的次要结果是定义菌群失调的生物特征,评估菌群失调矫正对患者临床状态的影响,评估AFMT在这一免疫功能低下人群中的短期和中期安全性,以及评估AFMT程序的可行性患者的接受程度。强化诱导化疗会诱发α-多样性指数的显著下降,并导致微生物群落促炎症家族的主导地位发生显著变化的菌群失调。在AFMT治疗后,α-样性指数恢复到最初的平均水平,相似性指数显示菌群落得到了恢复。该试验符合预先指定的终点。AFMT在接受强化化疗和抗生素治疗的AML患者中似乎是安全的,可能对肠道菌群恢复有效,基于物种水平的丰富度和多样性指标,肠道菌群的重建效果非常好。

 

原名:Gut microbiota diversity after autologous fecal microbiota transfer in acute myeloid leukemia patients

译名:急性髓系白血病患者自体粪便菌群转移后的肠道微生物

期刊:Nature Communications

IF:12.121

发表时间:2021.5.25

通讯作者:Florent Malard

通讯作者单位:法国巴黎索邦大学圣安托万医院临床血液学和细胞治疗部 

DOI号:10.1038/s41467-021-23376-6

原文链接:

https://www.nature.com/articles/s41467-021-23376-6

Gut

科研| Gut:IgG4相关硬化性胆管炎和原发性硬化性胆管炎的粪便微生物组和代谢组改变

本文由弈轩编译 

  上海交通大学医学院仁济医院的唐茹琦和马雄等人于2021年5月25日在Gut发表题为《Altered faecal microbiome and metabolome in IgG4-related sclerosing cholangitis and primary sclerosing cholangitis》的文章,本研究对临床硬化性胆管炎(IgG4-SC)原发性硬化性胆管炎(PSC)的患者的粪便,采用16S rRNA以及代谢组的检测手段,通过综合分析确定了IgG4 SC和PSC不同的宿主-微生物关联,且研究发现基于代谢物的预测模型比基于微生物的预测模型更能有效地区分疾病状态,同时研究数据支持IgG4-SC独特性


摘要目的IgG4相关的硬化性胆管炎(IgG4-SC)与原发性硬化性胆管炎(PSC)在临床上有许多相似之处,虽然肠道菌群失调已在 PSC 中得到广泛研究,但肠道微生物群在IgG4-SC中的作用仍然未知。本研究,我们旨在评估IgG4 SCPSC中肠道微生物组和代谢组的变化

设计:我们对来自135名IgG4-SC (n=34)、PSC (n=37) 和健康对照 (n=64) 受试者的粪便样本进行了 16S rRNA 基因扩增子测序。一部分样本(31个IgG4-SC、37个PSC和45个对照)也进行了非靶向代谢组学分析

结果:与对照组相比,IgG4-SCPSC菌群α多样性降低,微生物群落发生改变,这些变化伴随着粪便代谢组的差异。重要的是,尽管微生物群组成和代谢活性存在一些共同的变化,但综合分析确定了IgG4 SCPSC中不同的宿主-微生物关联。与疾病相关的微生物属和代谢物倾向于与IgG4-SC中的转氨酶相关。布劳特氏菌属(Blautia)的显著缺失和琥珀酸升高可能是IgG4-SC中肝脏炎症的基础。相比之下,在PSC中检测到微生物或代谢特征与胆汁淤积参数之间的潜在联系。特别是,优杆菌属(Eubacterium)和微生物群衍生的代谢物(包括次生胆汁酸)的一致减少,侧面说明了涉及PSC胆汁淤积的新的宿主-微生物代谢途径。有趣的是,基于代谢物的预测模型比基于微生物的预测模型更能有效地区分疾病状态。

结论:研究表明,IgG4-SCPSC具有不同的宿主-微生物相互作用,这可能与疾病发病机制有关。本研究的数据强调了IgG4-SC独特性 

关键词自身免疫病;肝胆疾病; 肠道微生物学

 

原名:Altered faecal microbiome and metabolome in IgG4-related sclerosing cholangitis and primary sclerosing cholangitis

译名:IgG4相关硬化性胆管炎和原发性硬化性胆管炎的粪便微生物组和代谢组改变

期刊:Gut

IF:19.819

发表时间:2021.5.25

通讯作者:唐茹琦和马雄

通讯作者单位:上海交通大学医学院仁济医院

DOI号:10.1136/gutjnl-2020-323565

原文链接:

https://gut.bmj.com/content/early/2021/05/24/gutjnl-2020-323565

ISME Journal

科研The ISME Journal :通过体外微生物培养和宏基因组测序相结合的方法来确定克罗恩病黏膜相关微生物群的新菌株

本文由大头虾编译

    澳大利亚昆士兰大学迪亚曼蒂纳学院医学院的M. Morrison等人于2021年5月25日在The ISME Journal 发表题为《Novel strain-level resolution of Crohn’s disease mucosa-associated microbiota via an ex vivo combination of microbe culture and metagenomic sequencing》的文章,本文章使用了培养从低温保存的组织中提取的微生物与鸟枪法宏基因组测序(MC-MGS)体外结合方法,以提供术后克罗恩病(Crohn’s disease)患者更全面的MAM和功能的特征。该方法具有生物学准确性:首先是通过比较从活检组织中直接提取的DNA产生的16s rRNA基因扩增子谱,以及从患者匹配的组织样本中提取的微生物培养物。随后使用相同的DNA来产生MGS数据集,尽管在去除人类DNA后微生物数据的恢复方面有一些改进,但实质上MC-MGS数据集更为全面,证明了尿素代谢(urea metabolism)是CD-MAM中的一个关键和多样化的代谢库以及鉴定这些群落固有细菌的“新”谱系。

 

摘要:粘膜相关的微生物群(mucosa-associated microbiota)被广泛认为是克罗恩病(Crohn’s disease)病理生理学的潜在导火索,但除了其分类组成外,大部分特征仍然是不确定的。与粪便微生物群不同的是,使用当前DNA/RNA测序方法的群落功能特征仍然受到很大的限制:比如组织上相对较小的微生物密度和样品制备过程中大量重新获得的人类DNA。在本研究中,我们使用了一种新的体外方法(ex vivo approach),结合了厌氧保存组织的微生物培养和宏基因组测序(MC-MGS),以揭示术后克罗恩病患者群落之间的患者特异性(patient-specific )和菌株水平(strain-level)的差异。16s rRNA基因扩增图揭示了这些培养物是具有代表性的,可整体代表粘膜相关微生物群。MC-MGS产生了再培养的新细菌谱系的高质量宏基因组组装基因组(metagenome-assembled genomes)。同时,MC-MGS方法也产生了关键肠杆菌科Enterobacteriacea及其相关毒力因子的菌株水平分辨率,还表明了脲酶活性支持这些群落的关键及多样的代谢库,无菌培养的基础研究证实了这一点。总的来说,这些使用MC-MGS的发现表明,克罗恩病粘膜相关的微生物群具有高度个性化的分类和功能属性,至少在一定程度上是由新的细菌谱系携带的,这些细菌谱系不容易通过当前的测序方法从粪便样本中分离或表征。

 

原名:Novel strain-level resolution of Crohn’s disease mucosa-associated microbiota via an ex vivo combination of microbe culture and metagenomic sequencing

译名:通过体外微生物培养和宏基因组测序相结合的方法来确定克罗恩病黏膜相关微生物群的菌株

期刊:The ISME Journal

IF:9.18

发表时间:2021.5.25

通讯作者:M. Morrison

通讯作者单位:澳大利亚昆士兰大学迪亚曼蒂纳学院医学院

DOI号:10.1038/s41396-021-00991-1

原文链接:

https://www.nature.com/articles/s41396-021-00991-1

Water Research

科研| Water Research:地下水细菌群落随时间变化对补给的响应

本文由清韵编译

    德国耶拿大学Kirsten Küsel等人于2021年5月26日在Water Research发表题为《Groundwater bacterial communities evolve over time in response to recharge》的文章。地下水微生物组的时间动态的了解可能对理解和预测微生物对降水变化和全球变暖的结构和功能反应具有广阔的前景。岩溶水资源是世界上近四分之一人口的饮用水供应来源,特别是未来在水量和水质方面的压力可能会增加。因此,本研究的目的是弄清地表附近的地下水细菌群落的长期时间变化,并确定所观察到的模式的驱动因素。本研究利用了德国中部海尼希临界区勘探监测断面的地下水每月定期采样活动。所选的三口监测井代表了对比强烈的深度、表面连通性和水化学特性。本研究假设:1较长的观测时间(> 6年)和较高的采样时间分辨率能够检测裂缝含水层系统的地下水微生物组的时间变化;2)由于不同的当地条件和环境选择强度,不同井之间的时间模式变化将有所不同3地下水补给事件形式的连续干扰,将通过其对微生物多样性和丰度的影响(包括引入地表生物分类群)而驱动时间变化

 

摘要:时间序列分析是揭示形成微生物群落及其功能的模式和过程的重要工具,特别是在水生生态系统中。由于缺乏阳光,缺乏光合作用驱动的初级生产力,低温变化和贫营养条件,地下水生环境被认为比海洋和湖泊更稳定。然而,定期的地下水补给会影响地下水微生物群落的结构和演替。为了弄清浅层裂隙基岩地下水细菌群落的长期变化,并确定所观察到的模式的驱动力,本研究分析了沿山坡补给区六年期间每月从三口地下水井收集的样品(n=230细菌16S rRNA基因测序数据。研究结果表明,石灰岩-泥岩交替的地下水中的细菌群落随着时间的推移是不稳定的,并且表现出与地下水补给期相对应的非线性的异质性模式。此外,观察到异质性随着时间的推移而增加(广义加性模型P<0.001),表明连续的补给事件导致群落与初始参考时间点的异质性越来越大。采样周期可以解释细菌群落组成的29.5%的变异性,补给事件对地下水微生物的影响与补给强度当地环境选择有关。许多地下水细菌来源于与补给有关的来源,在补给事件中发现特定的细菌类群或富集或抑制。总体而言,与地表水生环境相似,浅层裂隙岩石地下水中的微生物群落随时间而变化,尽管我们发现地下水补给是这些模式的独特驱动因素。这里采用的高时间分辨率突显了地下水中细菌群落的动态,而地下水是提供清洁饮用水的重要资源。因此,了解这些系统的生物学复杂性至关重要。

关键词:地下微生物生态学;地下水;时间自相关;时间模式;裂隙岩石


原名:Groundwater bacterial communities evolve over time in response to recharge

译名:地下水细菌群落随时间变化对补给的响应

期刊:Water Research

IF:9.130

发表时间:2021.05.26

通讯作者:Kirsten Küsel

通讯作者单位:德国耶拿大学

DOI号:10.1016/j.watres.2021.117290

原文链接:

https://www.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/S0043135421004887


图文摘要





科研| Water Research:两个大型污水处理厂微生物群落的季节动态:多样性、组成、基于系统发育群的组装和共生模式

本文由咖啡里的茶编译

   清华大学环境学院文湘华等人于2021年5月25日在Water Research发表题为《Seasonal dynamics of the microbial community in two full-scale wastewater treatment plants: diversity, composition, phylogenetic group based assembly and co-occurrence pattern》的文章,这篇文章通过每周从两个大型污水处理厂收集进水和活性污泥样本,为期一年 (总共89个进水样本和103个活性污泥样本) 。采用16S rRNA基因高通量扩增子测序和多种生物信息学方法,主要目的是研究不同季节土壤微生物群落的多样性、组成、系统发育类群组装和共现模式。本研究有助于加深对活性污泥系统微生物生态学的认识,为进一步研究污水处理厂的群落调控策略提供基础

 

摘要污水处理厂 (wastewater treatment plant,WWTP) 的最佳运行和功能稳定性在很大程度上取决于其微生物群落的特性。然而,关于微生物群落特性的季节动态,尤其是基于系统发生群的组装和共现模式,仍然存在知识空白。因此,在本研究中,每周从两个大型WWTPs收集一年的进水和活性污泥(activated sludge,AS)样品 (总共89个进水和103个活性污泥样品),并通过高通量Illumina-MiSeq测序进行检测。结果表明,进水中微生物群落的多样性和组成随季节波动较大,而AS中微生物群落的多样性和组成全年相对稳定。利用“基于系统发育结合的零模型推断群落组装机制(Infer Community Assembly Mechanisms by Phylogenetic-bin-based null modeliCAMP)”来鉴定基于系统发育群的AS群落组装机制。结果表明,漂变占最大比例 (52.8%),而同质选择 (18.2%) 是最重要的决定过程。在AS核心类群数据集中,有47个微生物类群 () 以确定性过程为主,占比约40%。此外研究结果表明,硝化螺旋菌(Nitrospira)在冬季更容易受到随机过程的影响,这可能为冬季硝化作用失败提供了一种可能的解释。网络分析结果表明,夏季和秋季AS群落的网络结构更加稳定。此外,在不同的网络(由不同的植物、来源和季节构建) 中没有发现相同的关键分类群,这支持了上下文依赖理论。本研究结果加深了我们对AS系统中微生物生态学的理解,为进一步研究WWTPs的群落调控策略奠定了基础。 

关键词微生物群落组装污水处理厂季节性动态

 

原名:Seasonal dynamics of the microbial community in two full-scale wastewater treatment plants: diversity, composition, phylogenetic group based assembly and co-occurrence pattern

译名:两个大型污水处理厂微生物群落的季节动态:多样性、组成、基于系统发育群的组装和共生模式

期刊:Water Research

IF:9.130

发表时间:2021.5.25

通讯作者:文湘华

通讯作者单位:清华大学环境学院

DOI号:10.1016/j.watres.2021.117295

原文链接:

https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0043135421004930


图文摘要

Gut Microbes

科研| Gut Microbes:Akkermansia muciniphila通过肠-肝轴调节L-天冬氨酸代谢改善代谢紊乱相关的脂肪性肝病

本文由黑玉堂编译

   代谢紊乱相关的脂肪性肝病(MAFLD),又称非酒精性脂肪性肝病(NAFLD),是一种疾病谱范围广泛的肝脏病变,包括单纯脂肪变性(NAFL)、非酒精性脂肪性肝炎(NASH)、纤维化和肝硬化,甚至肝细胞癌(HCC)。MAFLD已成为一种主要的肝脏疾病,在全球成年人中患病率为22-29%。然而迄今为止,仍没有批准的药物制剂能够有效治疗MAFLD。寄生在人体肠道内的微生物群作为一个巨大的代谢和内分泌器官,能够通过其丰富的代谢产物,如短链脂肪酸(SCFAs)和氨基酸,调控宿主的代谢和免疫。最近研究发现,肠道微生物可能作为一种治疗方法来对抗MAFLD。其中,Akkermansia muciniphila已被证明可以改善代谢紊乱,减轻脂肪堆积、代谢性内毒素血症、脂肪组织炎症和胰岛素抵抗。一些研究发现,直接给予A. muciniphila治疗或通过饮食/药物干预增加其在肠道中的丰度能够对抗MAFLD然而其背后的具体治疗机制尚不清楚。中山大学生命科学学院陆勇军教授团队于2021年5月25日在Gut Microbes发表题为《Gut Akkermansia muciniphila ameliorates metabolic dysfunction-associated fatty liver disease by regulating the metabolism of L-aspartate via gut-liver axis》的文章,高脂高胆固醇HFC饮食诱导的肥胖小鼠模型中,评估了A. muciniphila对MAFLD的治疗作用,并对其机制进行了探索。

 

摘要:肠道细菌Akkermansia muciniphila 在治疗代谢性疾病(包括肥胖、糖尿病和MAFLD)中的潜力已得到越来越多的认可。然而,其潜在的代谢作用机制仍需要进一步评估。本研究通过高脂高胆固醇HFC饮食诱导的肥胖小鼠模型,探讨A. muciniphilaMAFLD的治疗作用及其机制。A. muciniphila治疗有效逆转了小鼠肝脏MAFLD如肝脏脂肪变性、炎症和肝损伤。这些治疗效果在长期停药后仍持续存在,在抗生素处理的肥胖小鼠中略有减弱。A. muciniphila干预有效提高了肠-肝轴的线粒体氧化和胆汁酸代谢,改善了氧化应激诱导的肠道细胞凋亡,引起了肠道微生物群组成重塑。这些代谢改善伴随着肝脏中肠道来源的L-天冬氨酸水平的增加。在体外或小鼠体内实验中L-天冬氨酸均表现出类似的有益代谢作用,能够有效改善MAFLD。综上所述,这些数据表明A. muciniphila的抗MAFLD作用与调节L-天冬氨酸代谢、改善肠-肝相互作用以及脂质氧化有关。A. muciniphila可能作为一种潜在的MAFLD临床干预药物。

关键词:Akkermansia muciniphilaL-天冬氨酸,代谢紊乱相关的脂肪性肝病(MAFLD),胆汁酸代谢,肠-肝轴,脂质氧化

 

原名:Gut Akkermansia muciniphila ameliorates metabolic dysfunction-associated fatty liver disease by regulating the metabolism of L-aspartate via gut-liver axis

译名:Akkermansia muciniphila通过肠-肝轴调节L-天冬氨酸代谢改善代谢紊乱相关的脂肪性肝病 

期刊:Gut Microbes

IF:7.743

发表时间:2021.5.25

通讯作者:陆勇军

通讯作者单位:中山大学生命科学学院润泽胃肠道微生物组研究实验室

DOI号:10.1080/19490976.2021.1927633

原文链接:

https: //www.tandfonline.com/doi/full/10.1080/19490976.2021.1927633

Environmental Microbiology

科研| Environ. Microbiol.:土壤性质、农业管理和品种类型之间的相互作用驱动了小麦根际微生物群落对干旱的结构和功能适应

本文由大头虾编译

   德国UFZ-helmholtz -环境研究中心土壤生态系的Claudia Breitkreuz等人于2021年5月24日在Environmental Microbiology发表题为《Interactions between soil properties, agricultural management and cultivar type drive structural and functional adaptations of the wheat rhizosphere microbiome to drought》的文章,本文章选取肥壤土黑钙土砂质淋溶土(sandy Luvisol soils)2种冬小麦品种作为研究对象,在常规耕作(conventional farming)和有机耕作(organic farming)条件下对其进行干旱胁迫。本研究提出3个假设 :(i) 干旱降低了细菌的多样性,导致耐旱细菌的相对丰度增加;(ii) 这些干旱影响在沙质淋溶土中比在壤土黑钙土中更为显著;(iii) OF土壤的群落比CF土壤更耐旱,因为OF土壤较低的管理强度提供了一个更多样化的群落,具有更广泛的功能,可以应对干旱胁迫。最终证明了土壤类型耕作制度小麦品种都是根际细菌群落干旱响应的结构和功能适应的重要因素

 

摘要根际微生物群落的结构和功能组成可以适应水资源短缺,具有显著缓解作物干旱胁迫的潜力。为了释放这一潜力,了解土壤特性、农业管理和作物物种之间复杂的相互作用对干旱的群落响应显得至关重要。在常规耕作(conventional farming)和有机耕作(organic farming)条件下,对肥壤土黑钙土和砂质淋溶土(sandy Luvisol soils)2种冬小麦品种进行干旱胁迫处理利用16S扩增子序列 (Tax4Fun) 分析了根际细菌的结构和功能适应性,预测了根际细菌群落中与干旱相关的功能基因的丰度以及参与碳循环的胞外酶的活性。细菌群落组成受干旱和土壤类型的强烈影响。在干旱条件下,革兰氏阳性门(Gram-positive phyla)相对丰富,但在淋溶土和黑钙土中的多样性分别较少或较多。干旱条件下,有机栽培小麦根际碳降解相关酶活性和功能基因丰度增加。土壤类型、耕作制度和小麦品种都是根际细菌群落对干旱响应的结构或功能适应的重要因素。

 

原名:Interactions between soil properties, agricultural management and cultivar type drive structural and functional adaptations of the wheat rhizosphere microbiome to drought

译名:土壤性质、农业管理和品种类型之间的相互作用驱动了小麦根际微生物群落对干旱的结构和功能适应

期刊:Environmental Microbiology

IF:4.933

发表时间:2021.5.24

通讯作者:Claudia Breitkreuz 

通讯作者单位:德国UFZ-helmholtz -环境研究中心土壤生态系

DOI号:10.1111/1462-2920.15607

原文链接:

https://sfamjournals.onlinelibrary.wiley.com/doi/abs/10.1111/1462-2920.15607



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