干货!IGV快速入门手册

2021
06/03

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派森诺生物
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IGV(Integrative Genomics Viewer)是一款本地即可使用的可视化工具,安装简单,操作便捷,支持数据多元且非常实用!只需导入参考基因组文件以及bam文件(IGV支持多种文件类型,这里我们主要以转录组结果提供给老师的bam文件为例),即可对转录组的比对结果进行可视化浏览!

什么?你还不会操作?别怕,小派已经准备好了IGV保姆级操作指南,带你轻松玩转IGV!

No.1 IGV文件准备

除了备好IGV软件(注意要在安装java的前提下),还要对应的参考基因组文件,也就是本地的基因组fa文件,注释文件gtf。这里每个文件都需要有对应的index,fa文件需要有对应的index文件fai,bam则需要对应的bai文件:

缺少index文件也可使用IGV来生成,点击Tools→Run igvtools:

Command选择Index,Input File选择需要生成index的文件,点击Run,即可生成需要的index啦!


No.2 IGV数据可视化

点击Genomes→Load Genomes From Files导入基因组文件:

点击File→Load from File, 导入gtf和bam文件,即可进入如下界面:

可以在“1”的位置输入需要查看的基因所在的染色体及位置(在转录组结果中的Annotation表均有提供对应信息)即可快速查看到该基因的具体情况,包括基因结构、转录组每个样本中该基因的reads覆盖情况。可以通过“2”的位置可以放大或缩小视野范围,放大到一定程度可以查看到序列信息,同时也可以查看发生的插入或突变的具体情况。每个碱基拥有特定的颜色,可以看出下图中突变的位置在参考基因组上该位点碱基为A,所测到的该条read在该位置碱基突变为C:

No.3 IGV常见设置

在IGV中,在不同位置单击鼠标右键会出现不同的菜单栏,可以进行多种操作,这里我们只列举一些常见设置:

细心的同学已经发现了,大名鼎鼎的sashimi也出现在了菜单栏中。没错!只要单击sashimi plot,选择需要进行分析的样本,就可以一键获得文章中常用于展示可变剪切的刺身图啦:

看过这篇使用指南,是不是发现IGV操作也不过如此!其实小派这里只是展示了转录组数据可视化的一些常规操作,IGV还拥有非常丰富的功能和用途。


本文由作者自行上传,并且作者对本文图文涉及知识产权负全部责任。如有侵权请及时联系(邮箱:nanxingjun@hmkx.cn
关键词:
IGV,转录组,基因组,菜单栏,文件,碱基,位置,操作

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