作者报告了一种非常有用的体外工具,可用于评估复杂微生物群落成员的行为。
肠道微生物群内共生细菌的相互作用以及与入侵病原体的相互作用是决定感染结果的关键。虽然小鼠研究很有价值,但缺乏体外模型来监测单一物种水平上的病原体对群落的反应。作者建立了一个由9个代表性肠道物种组成的多物种群落,作为一个混合生物膜一起培养,并使用基于定量PCR(qPCR)的方法跟踪单个物种的数量。将主要的医院内肠道病原菌艰难梭菌引入该群落,可增加共生菌的粘附力,抑制艰难梭菌的增殖。有趣的是,作者观察到,随着艰难梭菌的抑制,个别类杆菌种类却逐渐增加。此外,类杆菌减少了艰难梭菌在生物膜内的生长,这表明类杆菌在预防艰难梭菌定植中的作用。本研究定义的体外群落可以根据不同物种进行不同定制,非常适合功能基因组,是理解细菌间相互作用的宝贵工具。
论文ID
原名:Dissecting Individual Interactions between Pathogenic and Commensal Bacteria within a Multispecies Gut Microbial Community
译名:多菌种肠道微生物群落中病原菌与共生菌个体间相互作用的研究
期刊:mSphere
发表时间:2021.3.24
通讯作者:Meera Unnikrishnan
通讯作者单位:英国考文垂华威大学华威医学院
实验设计
所有菌株在37°C厌氧条件下培养。对于具有多种微生物的混合生物膜,单独的细菌培养物在SAB1中培养16至18小时(在37°C的厌氧柜中过夜)。然后用新鲜的SAB1稀释这些培养物,使混合培养物中每种物种在600 nm(OD600)处的最终浓度达到0.1光密度,测定微生物的生物膜。在DNA提取之前,将单氮化钠(PMA;生物氚)添加到40mM最终浓度的再悬浮样品中,在黑暗中孵化10分钟(在厌氧柜中培养37°C),随后基于苯酚氯仿的方法进行了DNA的萃取,采用实时定量的PCR(qPCR)测定差异基因,从而对艰难梭菌和多雷梭菌生物膜进行深入研究。
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