石正丽团队再公布8个β-冠状病毒基因序列,阴谋论还会有市场吗?

2021
05/25

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生物世界
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也许,一辈子做研究,也是默默无闻、甚至做冷板凳。但社会有了这个广泛的积累,在突发事件、或者科学技术有了突破点时,就会迅速转化成扭转事态的生产力。


撰文 | 王宇歌
来源 | Hanson临床科研

2021年5月21日, 石正丽 团队在预印本 bioRxiv 上传了一篇题为:的最新论文,这项研究报道了之前该组发现的9种β-冠状病毒除RaTG13以外的其他病毒,从而打消了很多猜测。

在这篇预印版论文中,石正丽团队报道了除RaTG13外的另外8种β-冠状病毒具有99.7%的基因序列同源性,因此,该研究组选用RaTG15这一蝙蝠冠状病毒毒株 (SARSr-CoV) 代表这些病毒。

RaTG15与SARS-CoV-2具有77.6%基因序列同源性,低于RaTG13。它与SARS-CoV-1具有74.4%基因序列同源性。其中在ORF1b区域,RaTG15与SARS-CoV-2具有97.2%的氨基酸序列同源性。

更为有趣的是,RaTG15受体结合域 (RBD) 结合并使用中华菊头蝠ACE2 (RaACE2) 而非人ACE2作为进入细胞的受体,因此亲缘性与SARS-CoV-2还有一定距离。

而穿山甲冠状病毒PCoV的RBD则与SARS-CoV-2高度同源,并可以结合人的ACE2。

这项研究其实是将之前很多人询问的除了RaTG13以外其他在云南省墨江县通关镇发现的beta-冠状病毒的序列信息进行了公布以正视听。


简单回顾一下石正丽团队之前报告过的蝙蝠冠状病毒。

石正丽 研究组2020年2月在 Nature 报道了 新型冠状病毒SARS-CoV-2与蝙蝠冠状病毒RaTG13具有96.2%序列同源性

病毒所 (武汉) -冠状病毒研究-海鲜市场-新型冠状病毒传播 (武汉) ;这组关键词让人浮想联翩。

为此,在2020年11月,石正丽研究组在 Nature 上传了一篇附录,详细地介绍了她发现蝙蝠冠状病毒RaTG13的全过程。这一发现发表在了2016年的《中国病毒学》。

在更新的附录,这则附录报道了该实验室于2012年7月1日至10月1日从昆明医科大学附属第一医院的4名严重呼吸疾病患者中收集了13个血清样本。这些患者曾赴云南省墨江县通关镇的一个山洞清理蝙蝠粪便,以便开采铜矿。这些患者后于2012年4月26-27日因为肺炎收治入院,医院从6-9月连续采集了这些患者样本。

在COVID-19爆发后,该研究组对这些样品进行了SARS-CoV-2核衣壳 (与蝙蝠SARSr-CoV具有90%以上氨基酸序列同源性) 的抗体检测,这些患者样品为阴性,提示这些患者没有感染SARS-CoV-2,也很可能没有感染过蝙蝠的SARSr-CoV。

在最初发现这些病例的2012年至2015年之间,该研究组每年在这个洞穴中采样1-2次,共收集了1322个动物样本,检测出293种高度多样性的冠状病毒。根据这些病毒RNA聚合酶的测序结果,研究人员发现其中284种为α-冠状病毒,9种为β-冠状病毒。这9种β-冠状病毒均为SARS-CoV家族病毒,但并非感染人类的人类SARS-CoV (RdRp序列差异极大) ,而是仅感染蝙蝠的SARSr-CoV。

其中样品ID4991,被命名为Ra-TG-13 (Ra表示蝙蝠来源,TG表示通关镇,13表示发现于2013年) 。这个病毒序列在2016年上传至GenBank,ID为KP876546。2018年该组对RaTG13进行了病毒基因组测序。

2020年,在SARS-CoV-2发现后,该组对这一病毒与RaTG13进行了序列比对,发现两者序列同源性为96.2%。

RaTG13和SAR-CoV-2只是有高度同源性,但从RaTG13进化为2019-nCoV需要25至65年;按照刚刚公布的基因序列,RaTG15显然距离SAR-CoV-2更远。随着剩下的8个β-冠状病毒的基因序列也已发布,阴谋论也该彻底消失了。

讲到这里,我们也对石正丽发表的论文做一简单梳理,这样会更一目了然。

石正丽 团队发表的论文高度集中在蝙蝠冠状病毒。

从2006年的论文,该研究组就发现了两株SARS样冠状病毒。此后,该研究组一直在分离和鉴定SARS样冠状病毒。

只是很可惜,武汉做了这么多SARS样冠状病毒研究,真正发生了新型冠状病毒在武汉人群中传播时,却仍然难以第一时间诊断和处理。

这也显示出了国家新成立“疾病预防控制局”的必要性。需要有一个独立、专业且有权力的机构来处理公共卫生事件。


如果我们查看石正丽团队最新发表的研究论文时,会发现,很多论文发表在了 Nature、Science、Cell、Lancet、JAMA 等顶刊。 而这背后,是十几年踏踏实实、专心专注于冠状病毒研究。


这实际上也是科学家的现状和价值。

也许,一辈子做研究,也是默默无闻、甚至做冷板凳。但社会有了这个广泛的积累,在突发事件、或者科学技术有了突破点时,就会迅速转化成扭转事态的生产力。

这一点,美国做得最好,mRNA疫苗、蛋白疫苗、疫苗佐剂、治疗用的单抗等都在这次COVID-19遭遇战中异军突起。中国在学习、在进步;我们坚信,在应对下一个类似“新冠大瘟疫”时,中国学者肯定会做得更好。

原文链接:
https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2021.05.21.445091v1

本文由作者自行上传,并且作者对本文图文涉及知识产权负全部责任。如有侵权请及时联系(邮箱:nanxingjun@hmkx.cn
关键词:
冠状病毒基因,同源性,研究组,序列,基因

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