据报道,有害的蓝细菌在全世界水生环境中大量繁殖,从而产生有毒的次级代谢产物。
编译:微科盟独世,编辑:微科盟木木夕、江舜尧。
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论文ID
原名:CyanoMetDB, a comprehensive public database of secondary metabolites from cyanobacteria
译名:CyanoMetDB,蓝细菌次级代谢产物的全面公共数据库
期刊:Water Research
通讯作者:Elisabeth M.-L. Janssen
数据来源和程序策划
CyanoMetDB的建立是关于蓝藻次生代谢产物的多种不同信息来源的合并,包括CyanoMetDB管理团队成员的内部库和各种开放访问数据库(表1)。然后,将CyanoMetDB扩展为包括科学文献中报道的其他蓝细菌次级代谢产物。对于每种化合物,主要文献元数据均经过手动验证,并在需要时进行更正。记录从中提取和鉴定化合物的样品类型(例如,蓝细菌的属/种/株或田间样品),以及是否使用核磁共振波谱阐明其结构。此外,根据主要参考文献中提供的信息,手动绘制了每种化合物的2D化学结构(ChemDraw,ChemDraw Professional,ACD / ChemSketch),并由此生成了结构标识符,包括:简化分子线性输入规范(SMILES)字符串,国际纯粹与应用化学联合会(IUPAC)国际化学标识符(InChI)以及InChIkey和IUPAC的名称。在某些情况下,这更正了最初在合并数据源之一中报告的结构,例如aeruginosin 101和aeruginosin 98C的结构均包含D-allo-Ile,但先前在文献中被误认为是L-allo-Ile的衍生物。我们仔细检查了从Pub-Chem提取的条目,以验证原始文献中的结构。在最初编译和扩展CyanoMetDB之后,我们通过多轮数据库完整性检查确认了数据库中数据的准确性。在每一轮检查中,CyanoMetDB策划团队的成员都收到了CyanoMetDB化合物的子集,随后进行了评估,并在必要时更正了主要(和次要)文献来源和分子结构描述符(SMILES,InChI,InChIKey和IUPAC名称)。
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