环境微生物专栏 | 近期重要期刊最值得看的研究进展盘点（20210512）

The ISME Journal

科研| The ISME Journal：红海深盐跃层的分层原核微生物组的微尺度代谢的间断性

本文由WlJu编译 

    阿卜杜拉国王科技大学红海研究中心Daniele Daffonchio等人于2021年3月1日在The ISME Journal发表题为《Fine-scale metabolic discontinuity in a stratified prokaryote microbiome of a Red Sea deep halocline》的文章。尽管一些开创性研究对盐水-海水过渡界面（BSI）生物地球化学过程和关键微生物群落进行了报道，但由于缺乏适当的采样方法，专门针对BSI沿线微生物群落的微观尺度组合和功能并没有进行可靠的解决，且常忽略有氧-缺氧边界在塑造微生物生命和结构-功能关系中的作用，以及盐度极端值在限制代谢多样性方面的重要性。本研究采用宏基因组学方法研究了作为深海高盐缺氧盆地模型的Suakin Deep中盐水-海水过渡界面存在的微生物群落代谢潜力。主要使用高精度采样和高通量技术，区分了沿着盐度梯度的主要微生物类群及其功能特征，且揭示了氮循环的代谢途径。

摘要：深海高盐缺氧盆地是海洋内部多极端环境的聚集地，其特征是高密度的盐水阻止了与上层海水的混合，生成的厚达数十米的急剧变化的化学跃层和氧化还原跃层聚集了大量的微生物群落。然而，对于这种跃层如何在微观规模上塑造微生物生命和相关的生物地球化学过程的基本认识仍然难以解释。本研究对位于红海中部2770 m处的Suakin Deep的盐水-海水过渡界面进行了高精度采样，揭示了以前未被文献记录，其盐度梯度仅有1 m厚微尺度的群落结构和代谢组的演替。以10 cm尺度分辨率进行的基因组图谱分析揭示了关键代谢途径和相应微生物功能单元的空间组织，强调了盐度和氧气在塑造其生态学方面的突出作用和重要性。氮循环过程尤其受到氧化还原跃层的影响，其氨氧化过程具有类群和层级的特异性，这也凸显了新型微生物（例如奇古菌[Thaumarchaeota]和厌氧氨氧化菌[anammox]）的存在适应了化学跃层不断变化的条件。这些研究结果表明，盐水-海水过渡界面是深海盐水氮循环的关键位置，且具有互补的代谢网络，从而揭示了深海盐水的生物地球化学复杂性。

原名：Fine-scale metabolic discontinuity in a stratified prokaryote microbiome of a Red Sea deep halocline

译名：红海深盐跃层的分层原核微生物组的微尺度代谢的间断性

期刊：The ISME Journal

IF：9.18

发表时间：2021.3.1

通讯作者：Daniele Daffonchio

通讯作者单位：阿卜杜拉国王科技大学红海研究中心

DOI号：10.1038/s41396-021-00931-z

原文链接：

https://www.nature.com/articles/s41396-021-00931-z

科研| The ISME Journal：土壤微生物多样性与生物量之间的关系是由全球生物群落的土壤碳含量驱动的

本文由张凯编译

   西班牙埃斯皮纳多大学水土保持部Felipe Bastida等人于2021年2月9日在The ISME Journal 上发表题为《Soil microbial diversity–biomass relationships are driven by soil carbon content across global biomes》的文章，本研究通过对五大洲87个地点的435个土壤样本进行了一项跨生物群落的分析，包含了广泛的生态系统和气候类型。通过细菌多样性和真菌多样性（扩增子测序法），生物量（包括磷脂脂肪酸等）与多种环境因子（包括多种土壤非生物特性和气候特性等）进行分析，以此来研究土壤微生物多样性与生物量之间的关系及其对生态系统功能的影响，并确定控制这些关系的主要环境因子是什么。本研究证明了土壤碳含量是在不同生物群落中调节土壤微生物群落以及生物量关系和比例的中最为重要的因素，并且微生物丰度与生物量的比例的变化与生态系统的功能呈负相关。本研究也很好的证明了土壤微生物丰度与生物量的比值的降低，将会对关键的土壤功能产生影响，进而对全球气候产生影响。

摘要：生物多样性与生物质之间的关系一直是生态学中存在争论的问题。土壤生物多样性和生物量实现生态系统功能的关键驱动因素。然而，与植物群落不同，我们对于全球生物群落中土壤微生物群落的多样性与生物量是如何相互影响，以及这种关系的变化又是如何影响生态系统功能却知之甚少。为了了解这些，我们对不同植被与气候类型的全球生物群落进行了实地调查。研究结果表明，土壤碳(C)含量与全球生物群落中土壤的微生物多样性与生物量的关系和比例有关。这一比例可以作为一个综合指标，用来确定地球上哪些地区的生物多样性比生物量高得多，反之亦然。干旱低碳环境下土壤微生物多样性与生物量的比值最高，而低温高碳环境下微生物多样性与生物量的比值最低。之后的研究进一步表明，土地利用集约化和气候变化导致的土壤碳含量的降低可能导致微生物多样性-生物量比值的显著变化，并可能对大部分的土壤功能产生潜在的影响。

原名：Soil microbial diversity–biomass relationships are driven by soil carbon content across global biomes

译名：土壤微生物多样性与生物量之间的关系是由全球生物群落的土壤碳含量驱动的

期刊：The ISME Journal

IF：9.18

发表时间：2021.02.09

通讯作者：Felipe Bastida

通讯作者单位：埃斯皮纳多大学 

DOI号：10.1038/s41396-021-00906-0

原文链接：

https://www.nature.com/articles/s41396-021-00906-0

SBB

科研| Soil Biology and Biochemistry：从新鲜储存的土壤样品中提取细胞：对微生物活性和群落组成的影响

本文由朱晓慧编译

  美国俄克拉何马大学微生物学与植物生物学环境基因组学研究所欧阳洋等人于2021年3月3日在Soil Biology and Biochemistry发表题为《Direct cell extraction from fresh and stored soil samples: Impact on microbial viability and community compositions》的文章，本研究通过三种土壤样品优化方法的实验设计并在不同条件下进行提取土壤样品细胞，对细胞活性和微生物群落组成进行探究。评估了土壤存储条件以及对土壤可提取细胞的产量和活力的影响。实现了微生物生态研究中土壤微生物群落变化的动态实时监测，为提取细胞的土壤条件提供了一定的参考依据。

摘要：土壤样品中提取活性微生物是许多单细胞相关技术应用的关键。然而，在从新鲜储存土壤样品的提取技术上有许多方面会影响细胞活性和多样性。在这项研究中，通过从四个具有不同理化性质的土壤样品中连续进行两轮细胞提取，对物理分散法，化学分散法和Nycodenz密度梯度培养基浓度三种方法进行优化。使用荧光染色和流式细胞仪进行细胞活性定量，在死细胞中选择性地去除DNA后，进而评估土壤样品中可提取细胞以及微生物群落组成。在四种不同的提取纯化方法中，物理混合，Tween 20（吐温20处理）以及80％Nycodenz离心的处理方法，可以使细胞增殖，并且活性达到最高，重复提取可提高细胞量，但会降低细胞活性。可提取细胞中过表达以及表达不足的种群类别可能会引起可提取微生物群落的偏差。采用优化的细胞提取工艺，评估了土壤储存条件（4°C，-80°C，风干）对土壤中细胞量，细胞活性以及群落组成的影响。所有土壤样品中细胞活性均下降，但细胞量仅在风干土壤样品中显著下降。微生物群落组成在所有土壤样品中变化显著，在4°C下土壤中变化最小，这表明4°C短期储存的土壤更适合高效提取细胞。综上所述，此方法为进一步分析和了解土壤微生物生态及微生物个体作用提供了广阔的前景。

关键字：土壤细胞提取，土壤细胞纯化，土壤储存，可行的微生物群落，细胞活力，微生物多样性

原名：Direct cell extraction from fresh and stored soil samples: Impact on microbial viability and community compositions

译名：从新鲜储存的土壤样品中提取细胞：对微生物活性和群落组成的影响

期刊：Soil Biology and Biochemistry

IF：5.795

发表时间：2021.02.11

通讯作者：Aifen Zhou; Jizhong Zhou

通讯作者单位：美国俄克拉何马大学微生物学与植物生物学环境基因组学研究所

DOI号：10.1016/j.soilbio.2021.108178

原文链接：

https://www.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/S003807172100050X?via%3Dihub

Environmental Microbiology

科研| Environmental Microbiology：微生物群落漂移动态与有效群落规模

本文由挖提编译 

  英国格拉斯哥大学工程学院William T. Sloan等人于2021年3月8日在Environmental Microbiology发表题为《Drift dynamics in microbial communities and the effective community size》的文章，本研究通过观察一些简单系统中的动态，利用化学恒温器来控制目前已知能够影响漂移速率的因素，监测了两种具有可调节生长特性的转基因大肠杆菌菌株（两种菌株的不同之处仅在于它们基因组中完全相同的位置上添加了一个不同抗生素抗性基因的单一拷贝）的丰度动态，证明了种群构成（非环境）随机性的影响在动态中是非常明显的；同时可以利用模型和拟合方法从重复测量中独立验证测量误差的大小来可以量化漂移；并能通过调用“有效群落规模”让一些简单模型重现了检测到的动态；这些方法为微生物群落漂移动态与有效群落规模研究提供了重要的借鉴意义。

摘要：所有开放性微生物群落的结构和多样性是通过个体的出生与死亡、物种形成、迁移等事件所决定的；这些事件发生的确切时间是未知且无法预测的。这种随机性表现为种群动态中的生态漂移，其重要性一直是几十年来争论的焦点。理论上认为，大型微生物群落中的漂移是察觉不到的，但这与“即使在大型复杂群落中也能看到漂移造成的影响”这一间接证据相矛盾。为了解决这一问题，我们需要观察一些简单系统中的动态，在这些系统中可以直接测量迁移率、出生率和死亡率等关键参数。我们监测了两种具有可调节生长特性的转基因大肠杆菌菌株的丰度动态，将它们混合并不断加到10个相同的化学恒温器中。我们证明了种群构成（非环境）随机性的影响在动态中是非常明显的。然而，其中每个随机事件都是独立的，这不符合最简洁和最常用的数学模型。为了让这些简单模型重现监测到的动态，我们需要调用一个比普查群落规模更小的“有效群落规模”。

原名：Drift dynamics in microbial communities and the effective community size

译名：微生物群落漂移动态与有效群落规模

期刊：Environmental Microbiology

IF：4.933

发表时间：2021.03.08

通讯作者：William T. Sloan

通讯作者单位：英国格拉斯哥大学工程学院

DOI号：10.1111/1462-2920.15453

原文链接：

https://sfamjournals.onlinelibrary.wiley.com/doi/abs/10.1111/1462-2920.15453

AEM

科研| Applied and Environmental Microbiology：变形菌门甲烷氧化菌和反硝化菌的铜竞争增强土壤微生物群落中N₂O的排放

本文由宇星编译

    韩国高等科学与技术学院土木及环境工程系Sukhwan Yoon等人于2021年2月12日在Applied and Environmental Microbiology发表题为《Enhancement of nitrous oxide emissions in soil microbial consortia via copper competition between proteobacterial methanotrophs and denitrifiers》的文章，本研究通过一系列具有复杂微生物组成的水稻土泥浆培养实验，证实了铜介导的甲烷氧化菌与反硝化菌的相互作用可能发生在不同的甲烷氧化菌和反硝化菌共存的环境中。这一发现提示在估算水稻土、垃圾填埋场覆盖土、湿地土壤和旱地农业土壤等环境中的温室气体收支时，需要考虑甲烷氧化菌和N₂O还原剂之间铜介导的相互作用所排放的N₂O气体，为更准确的开发N₂O排放预测模型提供了重要参考。

摘要：研究发现变形菌群中甲烷氧化菌对铜清除存在独特的机制，特别是甲烷氧化菌素methanobactin的使用，作为一种新的核糖体翻译后修饰多肽，它与铜具有非常高的亲和力。本研究通过对稻田微生物群落进行的一系列室内实验，研究了甲烷氧化菌（methanotrophs）对铜的固定策略可能会干扰反硝化菌对土壤铜的吸收，从而增加N₂O排放的可能性。在反硝化水稻土壤中，添加纯化后的提取自甲烷氧化菌Methylosinus trichosporium OB3b的甲烷氧化菌素，显著提高了土壤N₂O产量，这种响应在铜含量较低的土壤中更加明显。本研究以稻田微生物联合体制备的甲基孢囊菌科Methylocystaceae微生物占优势的恒温培养物为接种物，验证了稻田土壤中mbnA天然表达的甲基孢囊菌科Methylocystaceae甲烷氧化菌对反硝化菌的N₂O排放增强作用。并在CH₄富集之前，通过改变产生甲烷氧化菌素的甲烷氧化菌Methylosinus trichosporium OB3b的细胞数量对微环境进行修正，模拟了不同比例产甲烷氧化菌素的甲基孢囊菌科微生物环境以及无法产甲烷菌素的甲烷氧化菌群。尽管甲基孢囊菌科Methylocystaceae优势富集区反硝化作用产生的N₂O增加程度高于甲基球菌科Methylococcaceae优势富集区，但两者N₂O产量均显著增加，这表明了甲烷氧化菌素介导的铜吸收的相对效力，同时也暗示了甲基球菌科Methylocystaceae存在可替代的铜提取机制。这些研究结果表明，当甲烷硝化菌和反硝化菌共同存在时，铜介导的甲烷营养菌群促进反硝化产生N₂O的假设是可行的。

原名：Enhancement of nitrous oxide emissions in soil microbial consortia via copper competition between proteobacterial methanotrophs and denitrifiers

译名：变形菌门甲烷氧化菌和反硝化菌的铜竞争增强土壤微生物群落中N₂O的排放

期刊：Applied and Environmental Microbiology

IF：4.016

发表时间：2021.02.12

通讯作者：Sukhwan Yoon

通讯作者单位：韩国高等科学与技术学院土木及环境工程系

DOI号：10.1101/2020.09.21.307504

原文链接：

https://aem.asm.org/content/87/5/e02301-20

Microbiological Research

科研| Microbiological Research：尾矿根际群落的宏基因组学分析及其面向生物修复的植物驯化

本文由WJ编译

   墨西哥国立自治大学Luis D. Alcaraz等人于2021年3月2日发表题为《Metagenomics of mine tailing rhizospheric communities and its selection for plant establishment towards bioremediation》的文章，本文利用16S rRNA基因和宏基因组鸟枪测序技术对根际微生物群落的多样性和可培养性进行了鉴定，为人造群落的建立提供了依据。“最终人造群落”的建立对尾矿植物定植，有毒物质的植物生态修复提供了一个新的策略。

摘要：采矿作业经常会产生尾矿坝，这些尾矿坝含有有毒残留物，如果不加以限制，就会成为污染源。在尾矿上方建立植物群落目前被认为是一种植物稳定修复的遏制策略。之前，我们发现了可以在矿山尾矿自然定植的植物，比如金合欢（Acacia farnesiana）、金钱草（Brickellia coulteri）、沙棘（Baccharis sarothroides）和银合欢（Gnaphalium leucocephalum）等，而且并未发现区域适应性。我们探讨了根际微生物在植物驯化中的关键作用，利用16S rRNA基因和宏基因组鸟枪测序技术对根际微生物群落的可培养性和原位多样性进行探究。并从尾矿中建立了一个可培养根际微生物的人造群落（SC）。人造群落为后续一系列以植物来源为营养源的生长实验奠定了基础，可以增强他们的重金属耐受性、群落合作和竞争性。连续传递实验的结果命名为“最终人造群落”(FSC)。总的来说，原位不可培养的微生物多样性逐渐降低，从根系（399个细菌属）到栽培群落（291个属）、“人造群落”（94个属），以及“最终人造群落”（43个属）。宏基因组分析表明多样性聚集在94,245个蛋白质家族中，其中发现了与促进植物生长相关的基因，如csgBAC和entCEBAH，编码在一个名为Kosakonia sp. Nacozari的集合基因组中。最后，利用“最终人造群落”对尾矿定植植株进行了温室接种试验。接种了“最终人造群落”的植株在无菌基质中相对生长较快。“最终人造群落”为植物稳定修复量身定制这一策略提供了希望。

关键词：尾矿；植物稳定修复；根际；微生物组；宏基因组学；中型实验生态系

缩写：SC，synthetic community，人工群落；FSC，final synthetic community，最终人造群落

原名：Metagenomics of mine tailing rhizospheric communities and its selection for plant establishment towards bioremediation

译名：尾矿根际群落的宏基因组学分析及其面向生物修复的植物驯化

期刊：Microbiological Research

IF：3.970

发表时间：2021.3.2

通讯作者：Luis D. Alcaraz

通讯作者单位：墨西哥国立自治大学

DOI号：10.1016/j.micres.2021.126732

原文链接：

https://doi.org/10.1016/j.micres.2021.126732

FEMS Microbiology Ecology

科研| FEMS Microbiology Ecology：新西兰海岸沙丘土壤年代序列中影响有机磷矿化的土壤微生物群落

本文由韬儿编译 

    加拿大圭尔夫大学环境科学学院Kari E. Dunfield等人于2021年2月20日在FEMS Microbiology Ecology发表题为《Soil microbial communities influencing organic phosphorus mineralization in a coastal dune chronosequence in New Zealand》的文章。土壤微生物群落参与生态系统发育过程，生态系统发育随时间的变化是可预测的，早期植物多样性和生物量增加（发展），与磷消耗相关的植物生物量之后会降低（退化）。生态系统发育程度越高，营养消耗越多。磷主要来源于土壤母质，并取决于母质的性质，土壤磷浓度在整个土壤发生过程中持续降低。土壤年代序列为“空间代替时间”提供了长期的自然实验条件，给研究者创造了研究土壤长期发育过程中的微生物群落动态的机会。新西兰哈斯特具备“土壤年代序列”这一天然条件。本研究采用实时定量PCR和高通量测序技术研究新西兰哈斯特土壤年代序列中影响土壤磷矿化的微生物群落。研究揭示了由于更老的沙丘中的主导群落（厚壁菌门和变形菌门）丰度降低，细菌多样性随生态系统发育而增加。392年后，真菌多样性最高，和最大树底面积和有机磷累积一致。细菌和真菌的比值随土壤发育而降低，其原因主要是细菌丰度降低。微生物功能随时间发生变化，在土壤发生和生态系统演替过程中，随有效磷的下降，有机磷矿化潜力增加。宏基因组预测功能的推断支持了实验结果，即酸性磷酸酶和肌醇六磷酸酶在发育较早的土壤中特别重要，并揭示了未来研究工作中的目标基因。

摘要：新西兰哈斯特土壤年代序列是一个形成时间约有6500年的沙丘系列，其特点是快速的灰化土发育、磷消耗和地上生物量降低。我们采用基于扩增子的高通量测序方法（lllumina MiSeq）检测矿质土壤组分中的细菌和真菌群落组成。我们靶向细菌非特异性的酸性（class A, phoN/phoC）和碱性（phoD）磷酸单酯酶基因，并采用实时定量PCR的方法定量特定基因和转录组。结果发现，经过4000年的生态系统发育，土壤细菌多样性最高，细菌多样性与增加的种系丰富度、显著降低的以往主导类群（厚壁菌门和变形菌门）相关。土壤真菌群落沿着土壤序列从以往主导的担子菌门过渡到子囊菌门，且其多样性在290-392年的土壤中最大，这与最大树底面积和有机磷累积相一致。网络分析表明细菌和真菌比在竞争过程中降低，并互相连接土壤群落。总的来说，在整个土壤发生和系统演替过程中，土壤微生物群落与土壤变化和磷的降低相关。我们发现对有机磷矿化的依赖性增加，正如通过检测酸性磷酸酶基因，土壤酸性磷酸酶活性，以及预测宏基因组（PICRUSt2）的功能推断所发现的一样。

关键词：哈斯特土壤年代序列，土壤发生，磷循环，磷酸酶，肌醇六磷酸酶，磷酸酯酶 

原名：Soil microbial communities influencing organic phosphorus mineralization in a coastal dune chronosequence in New Zealand

译名：新西兰海岸沙丘土壤年代序列中影响有机磷矿化的土壤微生物群落

期刊：FEMS Microbiology Ecology

IF：3.675

发表时间：2021年2月20日

通讯作者：Kari E. Dunfield

通讯作者单位：加拿大圭尔夫大学环境科学学院

DOI号：10.1093/femsec/fiab034/6145523

原文链接：

https://academic.oup.com/femsec/advance-article-abstract/doi/10.1093/femsec/fiab034/6145523?redirectedFrom=fulltext

科研| FEMS Microbiology Ecology：各种海洋动物的可培养体表微生物的特征研究

本文由R.A Uyghurii编译

   美国宾夕法尼亚州匹兹堡大学生物科学系Kristen E Whalen等人于2021年3月3日在FEMS Microbiology Ecology发表题为《Characterizing the culturable surface microbiomes of diverse marine animals》的文章。本文中，研究者利用一套针对多种生物膜形成微生物的培养条件，开发了一种巨大量培养的工作流程。作者鉴定了：代表15个细菌目的592个微生物分离株，这些细菌代表50个细菌属和两种真菌，构建了珊瑚和鲸鱼体表微生物库，该微生物库可为进一步探索微生物组的成员如何塑造其微生物生态位并影响宿主健康等研究提供原材料。

摘要：形成生物膜的细菌具有促进宿主健康，生理，行为和生态的潜力，并可以作为抵御环境不利条件的第一道防线。尽管宏条形码（metabarcoding）和宏基因组学信息技术加深了我们对微生物组组成的了解，但由于缺乏基于培养的研究，因此很少有研究使用培养的样品研究宿主及其微生物组之间的各种相互作用。这项研究探究了：从三种浅水珊瑚物种和两种鲸鱼物种培养的体表微生物群。这些独特的海洋动物在相似的环境和人为压力下对其共生微生物施加强大的选择性压力。 我们利用一套针对多种生物膜形成微生物的培养条件，开发了一种巨大量培养的工作流程。我们鉴定了：代表15个细菌目的592个微生物分离株，这些细菌代表50个细菌属和两种真菌。来自珊瑚和鲸鱼样品的可培养细菌与在不依赖培养的研究中确定的分类单元类同，包括通过不依赖培养的方法鉴定的为生物占在新星海藻皮肤微生物组中鉴定的所有细菌属的29％。该微生物库为探索微生物组的成员如何塑造其微生物生态位并影响宿主健康等这类更细致的研究提供了原材料和生物学投入。

原名：Characterizing the culturable surface microbiomes of diverse marine animal

译名：各种海洋动物的可培养体表微生物的特征研究

期刊：FEMS Microbiology Ecology

IF：3.675

发表时间：2021.3.3

通讯作者：Kristen E Whalen

通讯作者单位：美国宾夕法尼亚州哈弗福德哈弗福德学院生物系

DOI号：10.1093/femsec/fiab040

原文链接：

https://academic.oup.com/femsec/advance-article/doi/10.1093/femsec/fiab040/6157762

科研| FEMS Microbiology Ecology：欧洲室内尘螨Dermatophagoides pteronyssinus培养过程中微生物组的变化

本文由R.A Uyghurii编译 

     捷克生命科学大学农业生物学，食品和自然资源学院Jan Hubert等人于2021年3月1日在FEMS Microbiology Ecology发表题为《Microbiome variation during culture growth of the European house dust mite, Dermatophagoides pteronyssinus》的文章。本文中，研究者分析了：尘螨微生物群落的时间变化，包括“内部”群落（螨虫，食入）和“环境”群落（来自培养环境），发现：在整个培养环境和内部螨虫样品中，微生物群落结构随时间发生了显著变化。酿酒酵母（Saccharomyces cerevisiae）是螨虫饲料的主要组成成分，它在螨虫培养过程中逐渐消失，在“内部”和“环境”样本中都被曲霉属和念珠菌属的真菌所取代。在环境样品中，来自乳杆菌属和酿酒酵母属的细菌与鸟嘌呤含量呈负相关，而曲霉属和念珠菌丰度与鸟嘌呤含量呈正相关。在整个培养环境和内部螨虫样品中，微生物群落结构随时间发生了显著变化。

摘要：在培养过程中，室内尘螨Dermatophagoides pteronyssinus显示出不同的生长方式，但人们对螨培养过程中相关微生物群落的组成和变化知之甚少。在这项研究中，我们分析了：尘螨微生物群落的时间变化，包括“内部”群落（螨虫，食入）和“环境”群落（来自培养环境）。微生物群落结构与鸟嘌呤含量（螨的含氮排泄物）和螨种群密度相关。来自同一培养年龄组的生物重复组之间的内部和环境微生物群落都非常一致，并且由相对较少的主要分类单元（11个细菌）和3个真菌操作分类单元（OTU）组成。在整个培养环境和内部螨虫样品中，微生物群落结构随时间发生了显著变化。酿酒酵母（Saccharomyces cerevisiae）是螨虫饲料的主要组成成分，它在螨虫培养过程中逐渐消失，在“内部”和“环境”样本中都被曲霉属和念珠菌属的真菌所取代。在环境样品中，来自乳杆菌属和酿酒酵母属的细菌与鸟嘌呤含量呈负相关，而曲霉属和念珠菌丰度呈正相关。Kocuria属相对丰度随着螨虫密度的增加而增加，但随着鸟嘌呤含量的增加而降低。Virgibacillus属的相对丰度与“内部”样本中的螨密度呈负相关。在我们的实验中，革兰氏阳性菌在所有时间点都占主导地位，这表明疫苗被细菌内毒素（主要由革兰氏阴性菌产生的热稳定脂多糖）污染的可能性更加有限污染疫苗的可能性有限。

原名：Microbiome variation during culture growth of the European house dust mite, Dermatophagoides pteronyssinus

译名：欧洲室内尘螨Dermatophagoides pteronyssinus培养过程中微生物组的变化

期刊：FEMS Microbiology Ecology

IF：3.675

发表时间：2021.3.1

通讯作者：Jan Hubert

通讯作者单位：捷克生命科学大学农业生物学，食品和自然资源学院

DOI号：10.1093/femsec/fiab039

原文链接：

https://academic.oup.com/femsec/advance-article/doi/10.1093/femsec/fiab039/6155062?login=true

Plant and Soil

科研| Plant and Soil：借助特征脂肪酸联合¹³C脉冲标记技术研究光合碳在草原植被-土壤微生物分配的时间特征

本文由莫扎她编译

    瑞典隆德大学数学和自然科学院生物系Jonathan R. Lloyd和Pål Axel Olsson于2021年2月8日在Plant and Soil发表题为《Temporal patterns of carbon flow from grassland vegetation to soil microorganisms measured using ¹³C-labelling and signature fatty acids》的文章，本研究借助特征脂肪酸联合原位¹³C脉冲标记技术对光合碳在草原植被-土壤微生物分配的时间特征（temporal patterns）进行研究，系统分析了不同微生物类群在1年时间内对植物光合碳的吸收利用情况，以及其含量变化与微生物生物量、植物生长速率和植被组成之间的关系，解析了年内碳流过程与腐生营养活性及植被变化的关系。其结果对于全面认识陆地生态系统植物-微生物间碳循环及其跨界对话机制具有重要的科学意义。

摘要：[目的]本研究调查了光合碳在温带草原植物-微生物间的全年分配时间特征（temporal patterns）。此外，还对碳流过程与腐生营养特性和植被变化的关系进行了研究。[方法]采用原位稳定性同位素脉冲标记技术（¹³CO₂）和特征脂肪酸标记法研究光合碳在植物-微生物系统的流动过程。同时在室内培养标记细菌和真菌的生长情况。[结果]植物向丛枝菌根（Arbuscular mycorrhiza, AM）真菌分配的光合碳含量在夏季最高，而腐生性微生物的光合碳含量随时间变化的差异不大。植物分配了大量的光合碳给腐生性真菌。细菌和真菌的生长表现出明显的时间变异特征，均表现为在8月达到生长高峰。这表明碳源从冬季根际碳源向夏季（8月）传统碳源转变。[结论] 在全年中，丛枝菌根（Arbuscular mycorrhiza, AM）真菌、腐生性真菌和细菌从植物中固定的碳在数量上存在差异。因此，在解析生态系统功能时需要考虑其时间特征。研究植物群落中的冬季一年生植物能够向腐生性真菌分配大量光合碳。

关键词：丛枝菌根（Arbuscular mycorrhiza, AM）、脂肪酸、根际、季节、磷脂脂肪酸（phospholipid fatty acid, PLFA）、¹³C、时间特征（temporal patterns）

原名：Temporal patterns of carbon flow from grassland vegetation to soil microorganisms measured using ¹³C-labelling and signature fatty acids

译名：借助特征脂肪酸联合¹³C脉冲标记技术研究光合碳在草原植被-土壤微生物分配的时间特征

期刊：Plant and Soil

IF：3.299

发表时间：2021.2.8

通讯作者：Pål Axel Olsson

通讯作者单位：瑞典隆德大学数学和自然科学院生物系

DOI号：10.1007/s11104-021-04854-8

原文链接：

https://link.springer.com/article/10.1007/s11104-021-04854-8

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