周报 | 微生物重要期刊最新研究进展（20210426）

Nature 及其子刊

综述| Nature Reviews Microbiology：微生物的沿寄生虫-共生连续体的进化和转变

本文由艾奥里亚编译

   英国牛津大学（University of Oxford）的Georgia C. Drew于2021年04月19日在Nature Reviews Microbiology发表题为《Microbial evolution and transitions along the parasite - mutualist continuum》的文章，该校Kayla C. King担任该研究通讯作者。自然界中广泛存在着寄生互惠的微生物共生环境。当微生物（即细菌、真菌和病毒）栖息在动植物体内或表皮上时，这些相互作用就会发生，并对宿主造成有害或是有益的影响。该综述中，笔者讨论了寄主-微生物共生体沿着寄生虫-共生体连续的进化转变、这种进化转变的机制、所涉及的选择压力以及目前用于研究这些问题的常用经验方法。此外，笔者还简要讨论了当微生物的共生体被限制在连续体的末端时，微生物所面临的背景依赖性转变和结局。本综述还对真核生物宿主-微生物共生体进行了概述；由于可移动基因元件（MGEs）能够赋予有益的特性并对细菌宿主造成伤害（MGEs可以引起其微生物宿主的基因组改变。这些变化可以通过编码有害或有益于微生物宿主的性状，影响微生物-真核生物-宿主关系在寄生虫-共生连续体中作用），因此微生物与MGEs的相互作用类似于共生体。

摘要：包括人类在内的几乎所有的动植物，都是共生微生物的家园。共生相互作用可以是中性的，也可以是有害的，也可以对寄主有机体产生有益的影响。然而，越来越多的证据表明，微生物共生体可以快速进化，导致寄生虫-共生连续体的剧烈转变。在这篇综述中，我们结合理论和经验的发现来讨论支持这些进化转变的机制，生态驱动因素，以及为什么一些宿主-微生物的相互作用可能会滞留在连续体的终端。除了具有生物医学的影响，了解微生物的动态生命变化还揭示了共生作用是如何塑造有机体的整个群落，特别是在一个不断变化的环境下，了解这种变化尤为重要。

原名：Microbial evolution and transitions along the parasite - mutualist continuum

译名：微生物的沿寄生虫-共生连续体的进化和转变

期刊：Nature Reviews Microbiology

IF：34.209

发表时间：2021.04.19

通讯作者：Kayla C. King

通讯作者单位：英国牛津大学（University of Oxford）

DOI号：10.1038/s41579-021-00550-7

原文链接：

https://www.nature.com/articles/s41579-021-00550-7

科研| Nature Communications：非添加性微生物群落对环境复杂性的响应

本文由R. AUyghurii编译

   美国波士顿大学生物医学工程系Daniel Segrè等人于2021年4月22日在Nature Communications发表题为《Non-additive microbial community responses to environmental complexity》的文章，在这项研究中，作者研究了复杂的环境成分如何影响合成微生物群落的生长产量和分类结构。除了沿着环境复杂性轴（介质中存在的不同碳源的数量）绘制这些群落的表型外，作者的实验设计能够量化碳源相对的组合如何塑造微生物群落在每个构成集中的属性。通过测试多达280种合成微观环境中多达32种不同碳源的数量来增加所产生的响应。作者通过使用数学模型进一步将研究结果进行情境化，这些数学模型揭示了如何通过一系列结合环境的生态学规律来解释这些环境-表型之间的关系。

摘要：环境组成是微生物组动力学的暂还不被很了解很透彻但又是个主要决定因素。在这里，我们提出以下科学问题：一般性规律是否支配着微生物群落的生长产量和随着环境分子数量的增加而扩展的多样性？通过在体外组装数百个合成菌群，我们发现生长量可以保持恒定或以非累加的方式增加，且具有环境复杂性。相反，分类学多样性往往远低于预期。为了更好地理解这些偏差，我们制定了环境之间上位相互作用的度量标准，并使用它们将我们的结果与使用实验参数化的消费者资源模型模拟的微生物群进行比较。我们发现：关键的代谢和生态因素，包括物种相似性，专业化程度和代谢相互作用，可调节观察到的非可加性并控制群落对资源池组合的响应。我们的结果表明，仅凭环境的复杂性不足以维持群落的多样性，并为设计和控制微生物生态系统提供了实用的指导。

原名：Non-additive microbial community responses to environmental complexity

译名：非添加性微生物群落对环境复杂性的响应

期刊：Nature Communications

IF：12.121

发表时间：2021.04.22

通讯作者：Daniel Segrè

通讯作者单位：美国波士顿大学生物医学工程系

DOI号：10.1038/s41467-021-22426

原文链接：

https://www.nature.com/articles/s41467-021-22426-3

Gastroenterology

科研| Gastroenterology：抗生素抗性基因对肝硬化患者肠道菌群的影响

本文由如风编译

   美国弗吉尼亚联邦大学和中央弗吉尼亚退伍军人医疗保健系统肠胃病学、肝脏病学和营养学部的Jasmohan S.Bajaj等人于2021年4月20日在Gastroenterology发表题为《Impact of Antibiotic Resistance Genes in Gut Microbiome of Patients with Cirrhosis》的文章，本研究对接受宏基因组学研究的肝硬化门诊患者评估了ARG丰度随病情发展的变化，并研究了其对于结局变量的影响。同时，还使用利福昔明对ARGs在代偿性肝硬化中的作用进行了评估，并使用机器学习的方法对ARGs的情况进行了比较。研究发现，肝硬化与肠道微生物ARG基因负担高有关，它随着疾病的发展而恶化。本研究对肝硬化相关的肠道微生物变化及ARGs的关系提出了新的见解，对肝硬化患者从微生物角度进行分析和治疗提出了新的思路。

摘要：背景和目标：肝硬化与肠道微生物群的变化有关，可导致肝性脑病（HE）和感染状况，特别是与耐药微生物相关。然而，尚不清楚肠道微生物抗生素抗性基因（ARG）负荷对临床结局的影响。本研究的目的是确定肝硬化相关肠道宏基因组中的ARG对结局和疾病进展的影响，研究利福昔明对ARG负担的影响，并将肝硬化与慢性肾脏病（CKD）和糖尿病的ARGs进行比较。

方法：在接受宏基因组学研究的肝硬化门诊患者中，我们评估了ARG丰度随病情发展的变化以及他们对90天住院和1年内死亡的多变量影响。在一项开放性试验中，我们还研究了使用利福昔明之前和之后8周的ARGs在代偿性肝硬化中的作用。最后，使用机器学习方法对来自CKD和糖尿病研究的ARG与肝硬化进行了比较。

结果：研究包括163名肝硬化患者（43名代偿期肝硬化患者，20名腹水患者，30名HE患者，70名两者都有）和40名对照。肝硬化患者的ARG丰度比对照组高，并且随着肝硬化严重程度的增加而恶化。44名患者住院治疗，14人死亡。在控制肝硬化并发症、药物和人口统计学的情况下，ARG丰度与住院和死亡率有关。利福昔明试验：在19例利福昔明治疗后的患者中，ARG丰度模式受到的影响最小。CKD/糖尿病比较：肝硬化的ARG丰度模式在机器学习中是可以区分的，其中包括更多的革兰氏阳性的ARG。

结论：与对照组相比，肝硬化与肠道微生物ARG基因负担高有关，它随着疾病的发展而恶化，可能与CKD和糖尿病不同。ARG不受利福昔明的影响，并与住院和死亡相关。 

关键词：腹水；肝性脑病；利福昔明；感染；机器学习 

原名：Impact of Antibiotic Resistance Genes in Gut Microbiome of Patients with Cirrhosis

译名：抗生素抗性基因对肝硬化患者肠道菌群的影响

期刊：Gastroenterology

IF：17.373

发表时间：2021.4.20

通讯作者：Jasmohan S. Bajaj

通讯作者单位：美国弗吉尼亚联邦大学和中央弗吉尼亚退伍军人医疗保健系统肠胃病学、肝脏病学和营养学部

DOI号：10.1053/j.gastro.2021.04.013

原文链接：

https://www.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/S001650852100634X

图文摘要

Gut Microbes 

综述| Gut Microbes：产丁酸盐的人类肠道共生菌—丁酸梭菌，与健康和疾病的关系

本文由张凯编译 

   美国生物科技公司Pendulum Therapeutics的John Eid等人于2021年4月20日在Gut Microbes上发表题为《Butyrate-producing human gut symbiont, Clostridium butyricum, and its role in health and disease》的文章，本篇综述关注丁酸梭菌（Clostridium butyricum）的补充与宿主健康的关系，同时重点介绍该益生菌的作用机制。该篇综述主要分为两个部分：(1)丁酸梭菌与宿主生理和免疫途径之间的相互作用 (2)人类和人类疾病的小鼠模型中丁酸梭菌对健康的影响。肠道菌与宿主的健康息息相关，而丁酸梭菌可以帮助肠道减少由抗生素、病原菌或者其他因素引起的微生物结构以及免疫的变化，使它们在健康状况下具有潜在的干预的作用。本篇综述首先阐述了丁酸梭菌影响宿主健康和多种疾病下的机制，包括丁酸梭菌对肠道微生物组成、肠道屏障功能、免疫和炎症途径的影响，以及与Akt信号通路之间的相互作用。其次对丁酸梭菌在小鼠疾病模型以及人类疾病下的作用进行了分析。虽然丁酸梭菌已经在人类疾病的各种动物模型中表现出了有益的影响，但它们对这些疾病在人类中的有益影响的临床试验中仍未得到充分研究。与此同时，丁酸梭菌作为益生菌改善人类健康的全部潜力还没有完全被阐明，为了确定丁酸梭菌的真正的临床作用，还需要围绕机制以及假设进一步设计人体实验。

摘要：丁酸梭菌（Clostridium butyricum）是产丁酸盐的人类肠道共生菌，作为一种益生菌已经被安全的使用了几十年。已经有研究报道了丁酸梭菌对多种人类疾病的潜在的保护与改善作用，包括肠道获得性感染、肠道损伤、肠易激综合征、炎症性肠炎、神经退行性疾病、代谢性疾病和结直肠癌。在这篇综述中，我们总结了添加丁酸梭菌的研究，重点关注丁酸梭菌与健康有益的机制以及实验证据。这些机制以分子信号（尤其是丁酸盐）和消化系统中的免疫信号为中心，这些信号通过级联反应从肠道传递到肝、脂肪组织以及大脑等等。丁酸梭菌作为益生菌的安全性已经基本得到证明。其他的人类随机对照实验将为该菌作为一种干预手段的效用提供进一步有价值的数据。

原名：Butyrate-producing human gut symbiont, Clostridium butyricum, and its role in health and disease

译名：产丁酸盐的人类肠道共生菌—丁酸梭菌，与健康和疾病的关系

期刊：Gut Microbes

IF：7.74

发表时间：2021.04.20

通讯作者：John Eid

通讯作者单位：美国生物科技公司Pendulum Therapeutics

DOI号：10.1080/19490976.2021.1907272

原文链接：

https://www.tandfonline.com/doi/full/10.1080/19490976.2021.1907272

mSystems

科研| mSystems：在秀丽线虫模型（Caenorhabditis elegans Model）中，宿主免疫改变了微生物群落的生态位和稳定性

本文由艾奥里亚编译 

    美国埃默里大学（Emory University）的Megan Taylor于2021年04月20日在mSystems发表题为《Host Immunity Alters Community Ecology and Stability of the Microbiome in a Caenorhabditis elegans Model》的文章，N. M. Vega担任该研究通讯作者。该研究中，笔者使用Caenorhabditis elegans微生物群模型来证明先天免疫的遗传差异如何通过改变形成这些群落的生态过程来改变微生物群的组成、多样性和稳定性。通过实验研究，笔者证明了寄主遗传的差异可以改变微生物群落的生态动态，从而导致组装、演替和对干扰的响应的差异。利用线虫的一个最小的土著微生物群，我们在高度控制的条件下定殖了N2野生型宿主和具有良好特征的突变菌株，以确定宿主遗传对肠道群落结构和动态的影响。这些结果揭示了寄主遗传在控制寄主相关微生物群落生态中的作用，从而导致群落组成、演替轨迹和对干扰的反应的差异。

摘要：越来越多的数据表明，单物种的微生物群落在个体之间可能有很大的差异，但这种差异的原因以及对这些群落生态的影响仍然缺乏充分的理解。最近的研究发现，在哺乳动物中，宿主的代谢状态和免疫系统状态会对微生物菌群的组成造成影响，但在高等生物中进行定量生态微生物组的研究仍具有挑战性。本研究中，我们表明，这些现象可以在易驯服的线虫宿主Caenorhabditis elegans中被定量分析。特别是DAF-2/胰岛素生长因子（IGF）通路中的天然免疫中的突变体，被证明含有不同于野生型线虫的微生物组。我们从群落生态学的角度分析了这些差异的基础，将实验观察结果与中性取样模型的预测结果进行了比较，并得出结论：微生物群落生态学的根本差异是微生物群落组成差异的基础。我们通过在定殖条件中引入一个微小的扰动来检验这一假设，使我们能够评估不同寄主菌株中群落的稳定性。我们的结果表明，宿主免疫的改变，改变了微生物组内种间相互作用的重要性，从而导致宿主-微生物生态位的这些差异所产生的群落组成和稳定性的差异。

关键词：Caenorhabditis elegans，免疫低下宿主，微生物群落，微生物生态学 

原名：Host Immunity Alters Community Ecology and Stability of the Microbiome in a Caenorhabditis elegans Model

译名：在秀丽线虫模型中，宿主免疫改变了微生物群落的生态位和稳定性

期刊：mSystems

IF：6.633

发表时间：2021.04.20

通讯作者：N. M. Vega

通讯作者单位：美国埃默里大学（Emory University）

DOI号：10.1128/mSystems.00608-20

原文链接：

https://msystems.asm.org/content/6/2/e00608-20

SBB

科研| Soil Biology and Biochemistry：沿海受盐影响土壤中不同盐度下的细菌和真菌残体累积差异

本文由韬儿编译 

   山东农业大学资源与环境学院，土壤资源高效利用国家工程实验室，诸葛玉平和胡国庆等人于2021年4月21日在Soil Biology and Biochemistry发表题为《Distinct accumulation of bacterial and fungal residues along a salinity gradient in coastal salt-affected soils》的文章。土壤盐化作用在全世界范围内威胁着土壤肥力和碳固定。盐度对微生物群落（包括微生物生物量、组成和活性）有直接的影响，因为土壤溶液中高浓度的盐可能产生低渗透势。然而，不同盐梯度下微生物残体累积的研究还很少。与活体微生物量相比，微生物残体被认为是土壤稳定有机碳（SOC）的主要碳来源。微生物群落驱动微生物残体变化，因此，土壤盐度所影响的微生物群落变化会通过影响微生物残体来影响SOC。氨基糖经常被用来指示SOC循环中细菌和真菌残体变化。因此，本研究测定沿海受盐影响土壤中不同盐度下的氨基糖和磷脂脂肪酸含量、碳氮循环相关的酶活性，以及土壤物理化学性质。研究结果表明，土壤盐化作用降低总的微生物残体累积，其中，细菌残体累积增加，而真菌残体累积降低。另外，盐化作用增加微生物对SOC的相对贡献。盐度变化对细菌和真菌对SOC的贡献具有不同影响。

摘要：微生物残体对土壤有机碳（SOC）的贡献比传统所认为的大。然而，在受盐影响的土壤中，真菌和细菌残体累积特点以及它们对SOC的贡献还清楚。我们用氨基糖标记物来研究沿海受盐影响土壤中不同盐梯度下的细菌和真菌残体量变化。随盐度增加，真菌残体含量从337 mg kg^-1降低至111.60 mg kg^-1，而细菌残体从62.53 mg kg^-1增加至142.37 mg kg^-1。微生物残体对SOC的贡献取决于盐度。随盐度的增加，微生物残体对SOC的贡献增加，且微生物对SOC贡献由真菌残体主导变为由细菌残体主导。因此，盐化作用对微生物调控的SOC累积具有重要影响。

关键词：氨基糖，微生物残体，土壤有机碳，土壤盐化作用 

原名：Distinct accumulation of bacterial and fungal residues along a salinity gradient in coastal salt-affected soils

译名：沿海受盐影响土壤中不同盐度下的细菌和真菌残体累积差异

期刊：Soil Biology and Biochemistry

IF：5.795

发表时间：2021.4.21

通讯作者：诸葛玉平、胡国庆

通讯作者单位：山东农业大学资源与环境学院，土壤资源高效利用国家工程实验室

DOI号：10.1016/j.soilbio.2021.108266

原文链接：

https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0038071721001395

Environmental Microbiology

科研| EM：一株分离自人类肠道的具固氮功能的硫酸盐还原菌-固氮硫杆菌（Desulfovibrio diazotrophica sp. nov.）的分离与表征

本文由R. AUyghurii编译

   英国诺里奇研究园Quadram生物科学研究所Lizbeth Sayavedra等人于2021年4月19日在Environmental microbiology发表题为《Desulfovibrio diazotrophica sp. nov., a sulphate reducing bacterium from the human gut capable of nitrogen fixation》的文章，在这项研究中，作者报告从中国男性粪便样本中分离出的脱硫弧菌属的一个新物种（QI0027T菌株）的分离和鉴定。作者发现：该菌株编码了固氮基因。这项研究的目标 （i）表征QI0027T菌株，（ii）鉴定重氮营养是否普遍分布，以及人类有关的脱硫弧菌科中的研究等。作者用人类供体的45个宏基因组测序数据的综合分析，调查了QI0027T的分布，并用生理测试来检测了固氮酶活性。作者分离得到的菌株QI0027T是第一个被证明具固氮功能的脱硫弧菌人源的菌株，表明某些硫酸盐还原菌也可能在肠道中氮的利用中发挥作用。

摘要：硫酸盐还原菌（SRB）在人的肠道中广泛存在，但其丰度的提高与结肠疾病有关。我们报告了菌株QI0027T的分离，测序和生理学表征，QI0027T是一种属于类脱硫弧菌的新型SRB菌种。对来自45个中国人的粪便样本进行了元基因组测序，并与从不同地理位置的人类中回收的1690个由脱硫弧菌科的基因组组装的基因组进行了比较，发现QI0027T在另外22个个体中存在。QI0027T编码固氮基因，并基于乙炔还原测定法发现它能主动固氮。转录组学研究表明，与补充氨水的培养物相比，QI0027T在氮限制条件下过表达了42个基因，包括编码固氮酶，尿素吸收系统和尿素酶复合物的基因。对835个公共粪便超转录组数据的重新分析表明，在六个样品中表达了Desulfovibrio细菌的固氮酶基因，这表明固氮可能在肠道环境中也起作用。尽管人们经常认为氮是营养丰富的环境，但固氮可能会在人体肠道中发生。动物通常受到氮的限制，并且已经开发出多种策略来捕获生物活性氮，包括从氨基酸转运蛋白到与提供固定氮的有益微生物的稳定结合。QI0027T是第一个被证明具有固氮功能的脱硫弧菌人源的菌株株，这表明某些硫酸盐还原细菌也可能在肠道中氮的利用中发挥作用。

关键词：硫酸盐还原；固氮微生物；人类肠道微生物组

原名：Desulfovibrio diazotrophica sp. nov., a sulphate reducing bacterium from the human gut capable of nitrogen fixation

译名：一株分离自人类肠道的具固氮功能的硫酸盐还原细菌-固氮硫杆菌（Desulfovibrio diazotrophica sp. nov.）的分离与表征

期刊：Environmental microbiology

IF：4.933

发表时间：2021. 4.19

通讯作者：Lizbeth Sayavedra

通讯作者单位：英国诺里奇研究园Quadram生物科学研究所

DOI号：10.1111/1462-2920.15538

原文链接：

https://sfamjournals.onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/1462-2920.15538

科研| Environ. Microbiol.：综合激素避孕药 (CHCs) 与健康女性肠道微生物群组成和多样性的细微变化有关

本文由茗溪编译

    维也纳大学微生物学系/微生物与生态系统科学系微生物与环境系统科学中心的Jovana Mihajlovic，Michael Leutner 等人于2021年4月19日在Environmental Microbiology发表题为《Combined hormonal contraceptives (CHCs) are associated with minor changes in composition and diversity in gut microbiota of healthy women》的文章，David Berry作为该文章的通讯作者。本研究通过比较CHC服用组（7名健康绝经前妇女服用CHC药丸）与对照组（研究开始前6个月未使用激素避孕药的9名年龄匹配的健康女性）1个月经周期内的肠道微生物组成情况，揭示了CHC的使用与肠道微生物多样性和几种细菌类群丰度的差异有关这一规律。总之，本研究证明了进一步研究激素和激素避孕（hormonal contraceptive-related changes ）相关的肠道微生物群变化的潜在机制以及这些变化对女性健康的潜在影响具有必要性。

摘要：最近的人类和动物研究发现了肠道微生物群组成和血清性激素水平（serum levels of sex hormones）之间的联系，这表明它们可能是塑造微生物群的一个重要因素。然而，关于月经周期（the menstrual cycle）的定期激素波动（regular hormonal fluctuations）或CHC相关的激素水平变化对肠道微生物群结构、多样性和动态的影响，我们知之甚少。本研究的目的是研究CHCs对人体肠道微生物群组成的影响。本文主要研究了服用CHC药丸对7名健康绝经前妇女肠道菌群组成的影响，并与研究开始前6个月未使用激素避孕药的9名年龄匹配的健康女性对照组相比。通过分析2个组在1个月经周期内的肠道微生物组成，我们发现CHC的使用与肠道微生物多样性和几种细菌类群丰度的差异有关。这些结果表明，进一步研究激素和激素避孕（hormonal contraceptive-related changes ）相关的肠道微生物群变化的潜在机制以及这些变化对女性健康的潜在影响是有必要的。

原名：Combined hormonal contraceptives (CHCs) are associated with minor changes in composition and diversity in gut microbiota of healthy women

译名：综合激素避孕药 (CHCs) 与健康女性肠道微生物群组成和多样性的细微变化有关

期刊：Environmental Microbiology

IF：4.933

发表时间：2021.4.19

通讯作者：David Berry

通讯作者单位：维也纳大学微生物学系/微生物与生态系统科学系微生物与环境系统科学中心

DOI号：10.1111/1462-2920.15517

原文链接：

https://sfamjournals.onlinelibrary.wiley.com/doi/abs/10.1111/1462-2920.15517

Frontiers in Microbiology

科研| Front. Microbiol. ：在自然诱导的厌氧发酵中，咖啡种植的海拔高度可影响其微生物群落和生化化合物的变化

本文由茗溪编译

   巴西拉夫拉斯联邦大学生物学/微生物学的Rosane F. Schwan等人于2021年4月20日在Frontiers in Microbiology 发表题为《The altitude of coffee cultivation causes shifts in the microbial community assembly and biochemical compounds in natural induced anaerobic fermentation》的文章，本研究通过目标NGS测序（target NGS sequencing），色谱法（chromatography）和常规化学分析方法，从微生物和化学角度表征了来自不同海拔的发酵咖啡，结果表明，在海拔800 m和1000 m的咖啡果实中，葡糖杆菌属Gluconobacter和魏斯氏菌属Weissella占优势。而酵母菌（yeasts）在所有海拔的真核生物群落中是最占优势的。此外，本研究还证明了海拔高度是驱动微生物群落结构和生化化合物含量的重要变量，即使是在同一地区、同一品种的咖啡中也是如此。总之，本研究为咖啡的种植生产提供理论依据，为巴西地区提高咖啡的产量奠定基础。

摘要：在巴西MG Caparaó地区，海拔1000 m以上的咖啡产量与高品质饮料有关。在本研究中，我们通过目标NGS测序（target NGS sequencing），色谱法（chromatography）和常规化学分析，从微生物和化学方面对来自不同海拔的发酵咖啡进行了表征。在海拔800 m和1,000 m的咖啡果实中，葡糖杆菌属Gluconobacter和魏斯氏菌属Weissella占优势。在所有海拔的真核生物群落中，酵母菌（yeasts）是最占优势的。至于真菌，最占优势的属是Cystofilobasidium，它生活在寒冷的环境中，耐低温。在海拔1,200和1,400 m处，醋酸含量较高。乳酸（Lactic acid）与明串珠菌属Leuconostoc呈正相关（Pearson: 0.93）。挥发性醇（volatile alcohols）的相对浓度较高，其中2-正庚醇（2-heptanol）的相对浓度最高。来自800 m处的咖啡菌群数量较高，而来自1,000 m处的咖啡菌群多样性较为丰富。总之，本研究证明海拔高度是驱动微生物群落结构和生化化合物含量的重要变量，即使是在同一地区、同一品种的咖啡中也是如此。

关键词：目标测序，Caparáo地区，微生物群落，海拔，咖啡发酵

原名：The altitude of coffee cultivation causes shifts in the microbial community assembly and biochemical compounds in natural induced anaerobic fermentation

译名：在自然诱导的厌氧发酵中，咖啡种植的海拔高度可影响其微生物群落和生化化合物的变化

期刊：Frontiers in Microbiology

IF：4.235

发表时间：2021.4.20

通讯作者：Rosane F. Schwan

通讯作者单位：巴西拉夫拉斯联邦大学生物学/微生物学

DOI号：10.3389/fmicb.2021.671395

原文链接：

https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fmicb.2021.671395/abstract

Aquaculture

科研| Aquaculture：抗生素破坏肠道微生物群的草鱼模型

本文由咖啡里的茶编译

   苏州大学生物与基础医学学院宋学宏等人于2021年4月19日在Aquaculture发表题为《A grass carp model with an antibiotic-disrupted intestinal microbiota》的文章，目前，对受干扰菌群中致病菌和有益菌之间的相互作用以及肠道微生物与疾病的因果关系知之甚少。本研究旨在确定抗生素处理的适宜浓度和暴露时间，建立草鱼肠道菌群破坏模型，评估肠道菌群改变、组织病理学改变、生长性能、免疫状态和肠道基因表达谱。结果表明不同的抗生素处理方案对草鱼肠道微生物群的组成结构以及肠道炎症状况、生长性能和健康状况产生不同的影响。本研究中开发的模型可用于确定恢复或维持正常微生物群的有效策略，筛选益生菌菌株，并优化饲料配方。这意味着当用低剂量抗生素处理时，鱼类可能成为研究抗生素促进生长效果的一个有前途的模型。

摘要：由于肠道菌群在维持免疫稳态中的关键作用，它越来越被认为是宿主健康的主要决定因素。肠道微生物群被破坏的实验鱼类模型使我们能够确定恢复或调节微生物群组成的潜在策略。本研究的目的是通过不同浓度的万古霉素、恩诺沙星、氟苯尼考和甲硝哒唑组成的混合抗生素处理来破坏肠道微生物群，建立一个可靠的草鱼模型。为了确定抗生素处理破坏肠道微生物群所需的的适宜浓度和暴露时间，比较了五种抗生素方案对肠道微生物群组成、生长和健康状况以及肠道、肝胰腺和脾脏组织学变化的影响。并检测了抗生素诱导草鱼肠道炎症和凋亡相关基因表达的变化。结果表明，在28天的时间内达到最高抗生素浓度，通过显著扩大变形菌门（Proteobacteria）和抑制梭杆菌门（Proteobacteria）来破坏腔内和粘膜微生物群。该处理方案可导致肠内caspase-8、MLCK、ZO-1、IL-17N和IL-23R显著下调，IL-1β和IL-6上调，表明可能对肠上皮紧密连接和炎症状态有影响。这种处理没有产生实质性的组织病理学变化，也没有直接损害生长和健康。因此，这种抗生素方案可能为破坏草鱼肠道微生物群提供了一种合适的选择。此外，我们的研究还表明，当用低剂量抗生素处理时，鱼类可能成为研究抗生素促进生长效果的一个有前途的模型。

关键词：草鱼、肠道微生物群、抗生素混合物、实验模型、微生物群落组成

原名：A grass carp model with an antibiotic-disrupted intestinal microbiota

译名：抗生素破坏肠道微生物群的草鱼模型

期刊：Aquaculture

IF：3.224

发表时间：2021.04.19

通讯作者：宋学宏

通讯作者单位：苏州大学生物与基础医学学院

DOI号：10.1016/j.aquaculture.2021.736790

原文链接：

https://www.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/S0044848621004531