蓝藻水华的爆发严重污染了淡水资源,进而可导致供水危机、影响人类生存。
编译:微科盟温水,编辑:微科盟木木夕、江舜尧。
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蓝藻水华的爆发严重污染了淡水资源,进而可导致供水危机、影响人类生存。太湖蓝藻水华的研究是科学界的关注热点,但是由于缺乏参考基因组,人们对蓝藻与蓝细菌之间的功能变化与联系知之甚少。另外,蓝藻水华的基本单位是蓝藻群体颗粒(CAs),同时CAs-附生细菌也发挥着重要作用,二者在不同藻华时期的变化大不相同。基于这些背景,从2015年4月到2016年2月,我们在太湖采集了16个CAs样品,通过16S高通量测序、宏基因组测序和宏转录组测序来研究不同时期藻华的微生物类群和功能。结果表明CAs中微生物类群和功能的动态变化受外部环境因子和内部代谢作用的共同影响。有55个OTUs、456个基因和37个转录子的丰度在藻华爆发前期、中期和后期都表现出显著差异(P<0.05)。总氮和总磷是影响CAs微生物类群和功能变化最重要的环境因子(r> 0.25,P <0.05)。我们构建了161个高质量的基因组组装图(MAGs),其中22个MAGs菌株具有多样化的能量路径、转运蛋白和原核生物防御系统。基于这些MAGs,我们进一步构建了蓝细菌(附生)细菌的共氮和共磷代谢通路,展示了氮和磷如何通过影响氮磷循环路径进而影响微生物的结构和功能。总体而言,不同藻华爆发时期CAs中微生物的类群、功能和代谢的变化不同。蓝细菌及其附生细菌的基因组组装和代谢分析表明,它们之间确实存在某种物质交换和信号转导。我们的研究为通过干预关键微生物表达的策略来控制藻华提供了生物学线索。
论文ID
原名:Responses of cyanobacterial aggregate microbial communities to algal blooms
译名:蓝藻群体颗粒微生物群落对藻华的响应
期刊:Water Research
通讯作者:陈挺
通讯作者单位:清华大学信息科学技术学院计算机科学与技术系
实验设计
结果
2 蓝藻群体颗粒CAs中微生物类群和功能结构的动态变化
在16S测序结果中发现的最丰富的细菌门为蓝细菌门(Cyanobacteria,47.6±5.8%)、变形菌门(Proteobacteria,26.8±5.2%)和拟杆菌门(Bacteroidetes,20.8±5.6%)。类似结果在MG和MT数据集中也可发现,其中16S和MG结果的相关系数为0.695、MG和MT结果的相关系数为0.854、16S和MT结果的相关系数为0.907,这表明所得数据集质量较优(图1A)。根据三个时期的OTUs丰度计算了α-多样性相关指标,结果表明爆发前期的α-多样性最高(图1B)。而爆发前期和中期样品的16S rRNA操纵子拷贝数和总氮水平相当。相比之下,爆发后期样品的α-多样性最低,但16S rRNA操纵子拷贝数和总氮水平最高,这与资源拷贝数理论(“更多资源,更多拷贝数”)和资源比率理论(“更多资源,更低多样性”)一致。
为了确定地理因素除外的CAs群落组成的环境驱动因素,我们通过偏曼特尔检验将校正地理距离后的微生物群落与主要环境因子进行了相关分析(图S1)。结果表明,水温(WT),总氮(TN),总磷(TP),化学耗氧量(COD),溶解氧(DO)和铵态氮(NH4+-N)与CAs的OTUs丰度相关(r > 0.25,P<0.05);TN、TP和COD与CAs的基因丰度相关;TN,TP和DO与CAs的转录子丰度相关。结果得到了在三个时期中丰度差异最大的前30个OTUs、基因和转录子及其相关的环境驱动因素。在前30个OTUs中,有27个至少与8大环境因子其1有显著的相关性(校正后P <0.05),并且将近一半(58%)是正相关关系(图2 A)。值得注意的是,有11个噬纤维菌科(Cytophagaceae)的OTUs与TP和TN呈正相关。在前30个基因中,有18个至少与8大环境因子其1有显著的相关性(校正后P <0.05),并且几乎所有(96%)是正相关关系(图2 B)。参与膦酸酯转运的基因K02043(r= 0.747,校正后P <0.01)和参与磷酸酶生物合成的基因K06269(r= 0.679,校正后P <0.01)与TP密切相关。在前30个转录子中,有14个至少与8大环境因子其1有显著的相关性(校正后P <0.05),并且几乎所有(95%)是正相关关系(图2 C)。一些亚基核糖体蛋白相关基因(如K02866,K02938,K02297和K02921)与TN高度相关(校正P <0.01)。这些结果表明,TN和TP显著影响CAs细菌群落的类群和功能结构。
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