一文揭秘NGS检测：从标本接收到出具检测报告

随着全球科学技术的发展，抗肿瘤领域的治疗进展飞速，每年，都会有新型的靶向新药获批上市。同时，随着PD-1药物进入医保，免疫治疗在临床上也得到了普及，抗肿瘤治疗领域已经从全身化疗时代迈入了个体化治疗和精准化治疗的时代。精准治疗，检测先行，随着个体化治疗不断的深入，NGS（二代测序）已经成为抗肿瘤治疗路上不可或缺的辅助诊断工具。

对于接受NGS检测的患者来说，只需提供组织标本（手术或活检、腔镜等）以及无创ctDNA（血液）标本，即可洞悉机体奥秘，为后续的肿瘤治疗策略提供参考，那么，对于一份珍贵的患者标本，它经历了什么样的实验室操作，需要注意哪些环节，最终能够成为辅助医生临床决策的报告的呢？今天，就让我们打开这个黑匣子，一探究竟。

图1 检验所NGS检测流程（QC：质量控制）

从样本接收到最终生成报告，要经历一系列复杂过程，这里简化作十步（图1）——一接，二查，三提取，四建，五捕，六测序，七八分析加注释，九十复核发报告。

图2 血浆分离

核酸抽提的目的是为抽提质和量均符合标准DNA进行文库构建。

将DNA进行超声物理打断后，为样本加上特定二维码，以免交叉污染的产生。其中，思路迪独有的Super-Seq技术，基于双端UMI降噪，高灵敏、高特异ctDNA定量分析技术就是在文库构建中实现的。

针对不同的panel类型采用不同的生物活性探针进行捕获，使文库从双链变成单链，将目标区域探针杂交结合，进行特异性富集，PCR扩增。

此时此刻，终于进行到了二代测序的“测序”环节，目前思路迪采用NovaSeq设备，保证测序通量和产能在同行业中达到领先水平。

标本经过一系列的兜兜转转后，终于迎来了下机数据，针对海量的下机数据，思路迪生信团队分别按照ASCO/AMP/CAP 等组织联合制定的体细胞变异解读指南、NGS 报告体细胞突变⁃药物敏感性证据分级标准、以及ACMG 推荐的胚系突变解读流程分别对体系及胚系突变进行注释及解读 ，与近期发布的《二代测序临床报告解读指引》一致，除了《指引》中的“药物敏感性与临床意义重要性”外，还增加了“耐药提示的变异与药物耐药证据等级”提示。

随着注释的完成，报告已经呈现在我们眼前了，在经历严格的复核环节后，最终版本的报告终于可以以严谨，可信的姿态呈现。

|转自：思路迪