ChIP-seq结果绘图经典R包-ChIPseeker

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))    install.packages("BiocManager")BiocManager::install("ChIPseeker")BiocManager::install("TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene") library(ChIPseeker)#加载人基因组注释包require(TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene)

files <- getSampleFiles()files##读取peakpeak <- readPeakFile(files[[1]])#使用getPromoters函数，确定上下游，准备好窗口pro <- getPromoters(TxDb=txdb,upstream=3000, downstream=3000)#getTagMatrix函数，把peak比对到窗口，并生成矩阵tag <- getTagMatrix(peak, windows=pro)

covplot(files[[1]])

tagHeatmap(tag, xlim=c(-3000, 3000),color="blue")

plotAvgProf(tag, xlim=c(-3000, 3000), xlab="Genomic Region (5'->3')", ylab = "Read Count Frequency")

peakAnno <- annotatePeak(files[[1]], tssRegion=c(-3000, 3000), TxDb=txdb, annoDb="org.Hs.eg.db")##饼图形式plotAnnoPie(peakAnno)

plotAnnoBar(peakAnno)#柱状图形式

library(ggimage)library(ggupset)upsetplot(peakAnno, vennpie=TRUE)