双向功能(编码和非编码)RNA数据库介绍

2021
01/28

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医学数据库百科
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我们都知道,RNA根据其蛋白质编码能力与否分为mRNA和ncRNA,字面意思,mRNA会翻译为蛋白质来发挥作用,而ncRNA则作为调控因子在RNA水平发挥功能。然而越来越多的研究发现,许多先前注释的ncRNA可以编码小肽来发挥功能,比如lncRNA HOXB-AS3编码的小肽抑制结直肠癌的增殖。另一方面,一些mRNA也被证明具有非编码功能,而与它们编码的蛋白质无关,例如p53的mRNA可以与MDM2相互作用,阻断E3连接酶的活性,刺激p53 mRNA的翻译。说明在某些情况下,某些mRNA能够发挥与ncRNAs类似的调控功能。我们把这种既能以RNA形式发挥功能,又能以蛋白形式发挥功能的RNA称为cncRNA (coding and non-coding RNAs), 也叫双功能RNA。

既然这么新鲜,那今天就给大家介绍一个具有双功能RNA的数据库:cncRNAdb。目前该数据库收录了约2600条人工整理的cncRNA功能条目,并提供了实验室依据,涉及20多个物种的2000多个RNA(包括1300多个翻译的ncRNA和600多个未翻译的mRNA)。



下面我们就其菜单栏的主要功能进行简单介绍一下。

01

Search


此处包含3类检索方式,分别为关键词检索、位置检索及比对检索。

(1)Keyword Search

可以通过Gene NameDisease Name来检索cncRNA。

我们以人的非编码mRNA-VEGFA为例进行操作。首先,选择RNA type,这里提供两个选项(Untranslated mRNA、Translated ncRNA),这里我们选择Untranslated mRNA,物种选择人,选择Gene name后输入VEGFA,这里进行精确搜索,点击Search


所有的cncRNAs结果以表格形式呈现,通过Download可以下载该结果。

Detail一列会显示该条目的详细信息。我们以VEGFA作为调控性mRNA为例,进入详细页面,此处我们点击more

在详细页面,包括cncRNA ID、RNA名称、cncRNA类型、翻译肽的长度(仅针对翻译的ncRNA)、组织和物种等信息。

Basic Information包括cncdb ID、基因名称、基因ID、染色体位置、序列及物种信息。

Evidence support:包括验证cncRNA的具体模型、实验方法、组织以及实验支持描述。

Orthologues:cncRNA在其他物种(人,黑猩猩,小鼠,果蝇和斑马鱼)的直系同源基因情况。

References:与cncRNA相关的文献信息和描述。

Related Subcellular Localization, Related Diseases, Related Interactions: 与cncRNA相关的亚细胞定位,疾病和相互作用信息。

其中OMIM 全称叫做Online Mendelian Inheritance in Man,是一个不断更新的人类孟德尔遗传病的数据库,主要关注人类基因变异和表型性状之间的关系。

(2)Locus Search

根据基因所在染色体具体位置进行检索。

主要检索方法同上,选择正确的染色体后,输入基因组所在区域,点击Search。

结果解读同上。

(3)Blast Search

这里主要是依据输入的序列进行检索。

选择RNA type后,选择要输入序列的类型,此处以蛋白序列为例,输入蛋白序列后,点击Search.

结果解读同上。

02

Browse


在cncRNAdb的最新版本中,所有的cncRNA均可以分为两类:翻译的ncRNA和未翻译的mRNA。翻译的ncRNA进一步可分为6个子类别:lncRNA,pri-miRNA,circRNA,sRNA,rRNA和非翻译区(UTR)。未翻译的mRNA分为三个亚类:regulatory mRNAs, scaffold mRNAs and sponge mRNAs。

以lncRNA为例,点击进入,将显示该数据库内所有物种的lncRNA作为cncRNA的结果。

至于菜单栏的其他功能,看字面意思就已经很清楚了,而且小编之前在介绍别的数据库时已经做过详细介绍,所以这里就不过多介绍啦!

本文由作者自行上传,并且作者对本文图文涉及知识产权负全部责任。如有侵权请及时联系(邮箱:nanxingjun@hmkx.cn
关键词:
数据库,RNA,非编码,染色体,序列,检索,基因

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