BLAST的替代方案

2021
01/27

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司大勇
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生物信息学中的blast,是指一种快速的针对某个不太长的序列的比对算法,大多数人都习惯用NCBI来进行序列比对。

近年来由于网络不稳定,NCBI的blast特别缓慢,甚至难以应用。那么有没有替代方案呢?有,那就是国家基因库的blast功能。

国家基因库的blast和ncbi的类似,有几点注意事项,我这里提醒一下大家:

一,也比较慢,但是可用。有待服务器配置的提升。

二,目标数据库和ncbi有所异同,所以要合理选择数据库,并注意是否满足您的要求

三,核酸的程序类型,选默认比对不出来。需要换一个blastn.

当然,国家基因库的网站不光能blast,还可以检索基因序列和基因信息,检索文献,等等,是ncbi的有效的候补,非常方便!

本文由作者自行上传,并且作者对本文图文涉及知识产权负全部责任。如有侵权请及时联系(邮箱:nanxingjun@hmkx.cn
关键词:
BLAST,生物信息学,NCBI,基因库,数据库,方案,算法

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