非root用户,如何借助Anaconda,来安装R语言和R包

2021
01/26

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导语

GUIDE 

        非root用户 如何在conda环境下,实现安装自由?

                                                            -------以R语言和R包为例。   

 
背景介绍




之前我们介绍过:  非root用户,如何在集群上安装Anaconda的方法  ,后台的很多小伙伴已经反馈顺利安装。那么今天,小编继续为大家带来进阶版:非root用户,如何借助Anaconda,来安装R语言和R包。

 
安装步骤




01  
Step1.配置conda,添加一些源  

conda config --add channels conda-forgeconda config --add channels defaultsconda config --add channels rconda config --add channels bioconda


02  
Step2.安装特定版本的R语言  
以R version为3.6.3为例:


onda info --envs # 查看环境conda create -n r #创建名为r的独立运行的环境,这样不会由于不同程序的依赖关系而导致冲突;source activate r #进入并激活名为r的环境conda list #查看当前安装的软件conda install r-base=3.6.3 #安装R 指定为R版本为3.6.3conda deactivate # 退出当前环境conda remove --name r --all #移除r环境


03  
Step3.安装R包  
Conda安装R包有两种方式(以ggplot2为例):
第一种方式是使用conda命令安装:


source activate r conda install -c r-ggplot2 #R包通常需要以r-开头,以ggplot2为例。需要注意的是conda下面的r包的名称与普通R包的名称不一样,具体名称可以在官网上面查询(http://docs.anaconda.com/anaconda/packages/r-language-pkg-docs/)

第二种方式是直接从conda进入到R的交互界面,利用bioconductor或install.packages命令:


#用bioconductor的方式:if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE)) install.packages("BiocManager")BiocManager::install("ggplot2")#用install.packages命令:install.packages(ggplot2)
 
小编总结




非Root权限下,在 Anaconda环境中安装R和R包,你学会了吗? 


本文由作者自行上传,并且作者对本文图文涉及知识产权负全部责任。如有侵权请及时联系(邮箱:nanxingjun@hmkx.cn
关键词:
root,R语言,安装,环境,命令,方式,名称

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